man/man1/genrestr.1

   1 .TH genrestr 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 genrestr - generates position restraints or distance restraints for index groups
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genrestr\fP
   8 .BI "-f" " conf.gro "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-o" " posre.itp "
  11 .BI "-of" " freeze.ndx "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-fc" " vector "
  15 .BI "-freeze" " real "
  16 .BI "-[no]disre" ""
  17 .BI "-disre_dist" " real "
  18 .BI "-disre_frac" " real "
  19 .BI "-disre_up2" " real "
  20 .BI "-[no]constr" ""
  21 .SH DESCRIPTION
  22 genrestr produces an include file for a topology containing
  23 a list of atom numbers and three force constants for the
  24 X, Y and Z direction. A single isotropic force constant may
  25 be given on the command line instead of three components.
  26
  27
  28 WARNING: position restraints only work for the one molecule at a time.
  29 Position restraints are interactions within molecules, therefore
  30 they should be included within the correct
  31 .B [ moleculetype ]
  32
  33 block in the topology. Since the atom numbers in every moleculetype
  34 in the topology start at 1 and the numbers in the input file for
  35 genpr number consecutively from 1, genpr will only produce a useful
  36 file for the first molecule.
  37
  38
  39 The -of option produces an index file that can be used for
  40 freezing atoms. In this case the input file must be a pdb file.
  41
  42
  43 With the
  44 .B -disre
  45 option half a matrix of distance restraints
  46 is generated instead of position restraints. With this matrix, that
  47 one typically would apply to C-alpha atoms in a protein, one can
  48 maintain the overall conformation of a protein without tieing it to
  49 a specific position (as with position restraints).
  50 .SH FILES
  51 .BI "-f" " conf.gro"
  52 .B Input
  53  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  54
  55 .BI "-n" " index.ndx"
  56 .B Input, Opt.
  57  Index file
  58
  59 .BI "-o" " posre.itp"
  60 .B Output
  61  Include file for topology
  62
  63 .BI "-of" " freeze.ndx"
  64 .B Output, Opt.
  65  Index file
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  67 .SH OTHER OPTIONS
  68 .BI "-[no]h"  "no    "
  69  Print help info and quit
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  71 .BI "-nice"  " int" " 0"
  72  Set the nicelevel
  73
  74 .BI "-fc"  " vector" " 1000 1000 1000"
  75  force constants (kJ mol-1 nm-2)
  76
  77 .BI "-freeze"  " real" " 0     "
  78  if the -of option or this one is given an index file will be written containing atom numbers of all atoms that have a B-factor less than the level given here
  79
  80 .BI "-[no]disre"  "no    "
  81  Generate a distance restraint matrix for all the atoms in index
  82
  83 .BI "-disre_dist"  " real" " 0.1   "
  84  Distance range around the actual distance for generating distance restraints
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  86 .BI "-disre_frac"  " real" " 0     "
  87  Fraction of distance to be used as interval rather than a fixed distance. If the fraction of the distance that you specify here is less than the distance given in the previous option, that one is used instead.
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  89 .BI "-disre_up2"  " real" " 1     "
  90  Distance between upper bound for distance restraints, and the distance at which the force becomes constant (see manual)
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  92 .BI "-[no]constr"  "no    "
  93  Generate a constraint matrix rather than distance restraints
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