man/man1/make_ndx.1

   1 .TH make_ndx 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 make_ndx - makes index files
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3make_ndx\fP
   8 .BI "-f" " conf.gro "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-o" " index.ndx "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-natoms" " int "
  14 .SH DESCRIPTION
  15 Index groups are necessary for almost every gromacs program.
  16 All these programs can generate default index groups. You ONLY
  17 have to use make_ndx when you need SPECIAL index groups.
  18 There is a default index group for the whole system, 9 default
  19 index groups are generated for proteins, a default index group
  20 is generated for every other residue name.
  21
  22 When no index file is supplied, also make_ndx will generate the
  23 default groups.
  24 With the index editor you can select on atom, residue and chain names
  25 and numbers.
  26 When a run input file is supplied you can also select on atom type.
  27 You can use NOT, AND and OR, you can split groups
  28 into chains, residues or atoms. You can delete and rename groups.
  29
  30
  31 The atom numbering in the editor and the index file starts at 1.
  32 .SH FILES
  33 .BI "-f" " conf.gro"
  34 .B Input, Opt.
  35  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  36
  37 .BI "-n" " index.ndx"
  38 .B Input, Opt., Mult.
  39  Index file
  40
  41 .BI "-o" " index.ndx"
  42 .B Output
  43  Index file
  44
  45 .SH OTHER OPTIONS
  46 .BI "-[no]h"  "no    "
  47  Print help info and quit
  48
  49 .BI "-nice"  " int" " 0"
  50  Set the nicelevel
  51
  52 .BI "-natoms"  " int" " 0"
  53  set number of atoms (default: read from coordinate or index file)
  54