man/man1/trjcat.1

   1 .TH trjcat 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 trjcat - concatenates trajectory files
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3trjcat\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-o" " trajout.xtc "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-demux" " remd.xvg "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-tu" " enum "
  15 .BI "-[no]xvgr" ""
  16 .BI "-b" " time "
  17 .BI "-e" " time "
  18 .BI "-dt" " time "
  19 .BI "-prec" " int "
  20 .BI "-[no]vel" ""
  21 .BI "-[no]settime" ""
  22 .BI "-[no]sort" ""
  23 .BI "-[no]keeplast" ""
  24 .BI "-[no]cat" ""
  25 .SH DESCRIPTION
  26 trjcat concatenates several input trajectory files in sorted order.
  27 In case of double time frames the one in the later file is used.
  28 By specifying
  29 .B -settime
  30 you will be asked for the start time
  31 of each file. The input files are taken from the command line,
  32 such that a command like
  33 .B trjcat -o fixed.trr *.trr
  34 should do
  35 the trick. Using
  36 .B -cat
  37 you can simply paste several files
  38 together without removal of frames with identical time stamps.
  39
  40
  41 One important option is inferred when the output file is amongst the
  42 input files. In that case that particular file will be appended to
  43 which implies you do not need to store double the amount of data.
  44 Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting
  45 time since one can only append at the end of a file.
  46
  47
  48 If the
  49 .B -demux
  50 option is given, the N trajectories that are
  51 read, are written in another order as specified in the xvg file.The xvg file should contain something like:
  52
  53
  54 0  0  1  2  3  4  5
  55
  56 2  1  0  2  3  5  4
  57
  58 Where the first number is the time, and subsequent numbers point to
  59 trajectory indices.
  60 The frames corresponding to the numbers present at the first line
  61 are collected into the output trajectory. If the number of frames in
  62 the trajectory does not match that in the xvg file then the program
  63 tries to be smart. Beware.
  64 .SH FILES
  65 .BI "-f" " traj.xtc"
  66 .B Input, Mult.
  67  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  68
  69 .BI "-o" " trajout.xtc"
  70 .B Output, Mult.
  71  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  72
  73 .BI "-n" " index.ndx"
  74 .B Input, Opt.
  75  Index file
  76
  77 .BI "-demux" " remd.xvg"
  78 .B Input, Opt.
  79  xvgr/xmgr file
  80
  81 .SH OTHER OPTIONS
  82 .BI "-[no]h"  "no    "
  83  Print help info and quit
  84
  85 .BI "-nice"  " int" " 19"
  86  Set the nicelevel
  87
  88 .BI "-tu"  " enum" " ps"
  89  Time unit:
  90 .B ps
  91 ,
  92 .B fs
  93 ,
  94 .B ns
  95 ,
  96 .B us
  97 ,
  98 .B ms
  99 or
 100 .B s
 101
 102
 103 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 104  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 105
 106 .BI "-b"  " time" " -1    "
 107  First time to use (ps)
 108
 109 .BI "-e"  " time" " -1    "
 110  Last time to use (ps)
 111
 112 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 113  Only write frame when t MOD dt = first time (ps)
 114
 115 .BI "-prec"  " int" " 3"
 116  Precision for .xtc and .gro writing in number of decimal places
 117
 118 .BI "-[no]vel"  "yes   "
 119  Read and write velocities if possible
 120
 121 .BI "-[no]settime"  "no    "
 122  Change starting time interactively
 123
 124 .BI "-[no]sort"  "yes   "
 125  Sort trajectory files (not frames)
 126
 127 .BI "-[no]keeplast"  "no    "
 128  keep overlapping frames at end of trajectory
 129
 130 .BI "-[no]cat"  "no    "
 131  do not discard double time frames
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