admin/programs.txt

   1 HEAD|Generating topologies and coordinates
   2 pdb2gmx|converts pdb files to topology and coordinate files
   3 x2top|generates a primitive topology from coordinates
   4 editconf|edits the box and writes subgroups
   5 genbox|solvates a system
   6 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
   7 genconf|multiplies a conformation in 'random' orientations
   8 genrestr|generates position restraints or distance restraints for index groups
   9 protonate|protonates structures
  10 END
  11
  12 HEAD|Running a simulation
  13 grompp|makes a run input file
  14 tpbconv|makes a run input file for restarting a crashed run
  15 mdrun|performs a simulation, do a normal mode analysis or an energy minimization
  16 END
  17
  18 HEAD|Viewing trajectories
  19 ngmx|displays a trajectory
  20 highway|X-windows gadget for highway simulations
  21 END
  22
  23 HEAD|Processing energies
  24 g_energy|writes energies to xvg files and displays averages
  25 g_enemat|extracts an energy matrix from an energy file
  26 mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames
  27 END
  28
  29 HEAD|Converting files
  30 editconf|converts and manipulates structure files
  31 trjconv|converts and manipulates trajectory files
  32 trjcat|concatenates trajectory files
  33 eneconv|converts energy files
  34 xmp2ps|converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
  35 sigeps|convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
  36 END
  37
  38 HEAD|Tools
  39 make_ndx|makes index files
  40 mk_angndx|generates index files for g_angle
  41 gmxcheck|checks and compares files
  42 gmxdump|makes binary files human readable
  43 gen_table|generate tables for use by mdrun
  44 g_traj|plots x, v and f of selected atoms/groups (and more) from a trajectory
  45 g_analyze|analyzes data sets
  46 trjorder|orders molecules according to their distance to a group
  47 g_filter|frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
  48 g_lie|free energy estimate from linear combinations
  49 g_dyndom|interpolate and extrapolate structure rotations
  50 g_morph|linear interpolation of conformations
  51 g_wham|weighted histogram analysis after umbrella sampling
  52 ffscan|scan and modify force field data for a single point energy calculation
  53 xpm2ps|convert XPM (XPixelMap) file to postscript
  54 g_sham|read/write xmgr and xvgr data sets
  55 g_spatial|calculates the spatial distribution function (more control than g_sdf)
  56 g_sdf|calculates the spatial distribution function (faster than g_spatial)
  57 END
  58
  59 HEAD|Distances between structures
  60 g_rms|calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
  61 g_confrms|fits two structures and calculates the rmsd
  62 g_cluster|clusters structures
  63 g_rmsf|calculates atomic fluctuations
  64 END
  65
  66 HEAD|Distances in structures over time
  67 g_mindist|calculates the minimum distance between two groups
  68 g_dist|calculates the distances between the centers of mass of two groups
  69 g_bond|calculates distances between atoms
  70 g_mdmat|calculates residue contact maps
  71 g_polystat|calculates static properties of polymers
  72 g_rmsdist|calculates atom pair distances averaged with power 2, -3 or -6
  73 END
  74
  75 HEAD|Mass distribution properties over time
  76 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
  77 g_gyrate|calculates the radius of gyration
  78 g_msd|calculates mean square displacements
  79 g_polystat|calculates static properties of polymers
  80 g_rotacf|calculates the rotational correlation function for molecules
  81 g_rotmat|plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
  82 g_vanhove|calculates Van Hove displacement functions
  83 END
  84
  85 HEAD|Analyzing bonded interactions
  86 g_bond|calculates bond length distributions
  87 mk_angndx|generates index files for g_angle
  88 g_angle|calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
  89 g_dih|analyzes dihedral transitions
  90 END
  91
  92 HEAD|Structural properties
  93 g_hbond|computes and analyzes hydrogen bonds
  94 g_saltbr|computes salt bridges
  95 g_sas|computes solvent accessible surface area
  96 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
  97 g_principal|calculates axes of inertia for a group of atoms
  98 g_rdf|calculates radial distribution functions
  99 g_sdf|calculates solvent distribution functions
 100 g_sgangle|computes the angle and distance between two groups
 101 g_sorient|analyzes solvent orientation around solutes
 102 g_spol|analyzes solvent dipole orientation and polarization around solutes
 103 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. helices
 104 g_disre|analyzes distance restraints
 105 g_clustsize|calculate size distributions of atomic clusters
 106 anadock|cluster structures from Autodock runs
 107 END
 108
 109 HEAD|Kinetic properties
 110 g_traj|plots x, v, f, box, temperature and rotational energy
 111 g_velacc|calculates velocity autocorrelation functions
 112 g_tcaf|calculates viscosities of liquids
 113 g_kinetics|derives information about kinetic processes from you trajectories
 114 END
 115
 116 HEAD|Electrostatic properties
 117 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
 118 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 119 g_dipoles|computes the total dipole plus fluctuations
 120 g_dielectric|calculates frequency dependent dielectric constants
 121 g_current|calculates dielectric constants for charged systems
 122 END
 123
 124 HEAD|Protein specific analysis
 125 do_dssp|assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
 126 g_chi|calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
 127 g_helix|calculates basic properties of alpha helices
 128 g_helixorient|calculates local pitch/bending/rotation/orientation inside helices
 129 g_rama|computes Ramachandran plots
 130 xrama|shows animated Ramachandran plots
 131 wheel|plots helical wheels
 132 END
 133
 134 HEAD|Interfaces
 135 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 136 g_density|calculates the density of the system
 137 g_densmap|calculates 2D planar or axial-radial density maps
 138 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 139 g_h2order|computes the orientation of water molecules
 140 g_bundle|analyzes bundles of axes, e.g. transmembrane helices
 141 END
 142
 143
 144 HEAD|Covariance analysis
 145 g_covar|calculates and diagonalizes the covariance matrix
 146 g_anaeig|analyzes the eigenvectors
 147 make_edi|generate input files for essential dynamics sampling
 148 END
 149
 150 HEAD|Normal modes
 151 grompp|makes a run input file
 152 mdrun|finds a potential energy minimum
 153 mdrun|calculates the Hessian
 154 g_nmeig|diagonalizes the Hessian
 155 g_nmtraj|generate oscillating trajectory of an eigenmode
 156 g_anaeig|analyzes the normal modes
 157 g_nmens|generates an ensemble of structures from the normal modes
 158 END