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blob49cc09fa01f7922f5f5ea3332cdbfacf9b65232c
1 shopt -s extglob
2 _anadock_compl() {
3 local p c
4 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
5 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -ox -od -of -g -h -nice -noxvgr -free -norms -cutoff' -- $c)); return 0; fi
6 case "$p" in
7 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
8 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
9 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
10 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
11 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
12 esac }
13 complete -F _anadock_compl anadock
14 shopt -s extglob
15 _do_dssp_compl() {
16 local p c
17 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
18 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -ssdump -map -o -sc -a -ta -aa -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -sss' -- $c)); return 0; fi
19 case "$p" in
20 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
21 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
22 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
23 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
24 -ssdump) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
25 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.map*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
26 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
27 -sc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
28 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
29 -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
30 -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
31 esac }
32 complete -F _do_dssp_compl do_dssp
33 shopt -s extglob
34 _editconf_compl() {
35 local p c
36 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
37 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -o -mead -bf -h -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -translate -rotate -princ -scale -density -pbc -grasp -rvdw -sig56 -vdwread -atom -legend -label' -- $c)); return 0; fi
38 case "$p" in
39 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' triclinic cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
40 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
41 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
42 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
43 -mead) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pqr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
44 -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
45 esac }
46 complete -F _editconf_compl editconf
47 shopt -s extglob
48 _eneconv_compl() {
49 local p c
50 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
51 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -h -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
52 case "$p" in
53 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
54 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
55 esac }
56 complete -F _eneconv_compl eneconv
57 shopt -s extglob
58 _g_anaeig_compl() {
59 local p c
60 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
61 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -v -v2 -f -s -n -eig -eig2 -comp -rmsf -proj -2d -3d -filt -extr -over -inpr -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -first -last -skip -max -nframes -split -entropy -temp -nevskip' -- $c)); return 0; fi
62 case "$p" in
63 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
64 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
65 -v2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
66 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
67 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
68 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
69 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
70 -eig2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
71 -comp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
72 -rmsf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
73 -proj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
74 -2d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
75 -3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
76 -filt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
77 -extr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
78 -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
79 -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
80 esac }
81 complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
82 shopt -s extglob
83 _g_analyze_compl() {
84 local p c
85 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
86 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -ac -msd -cc -dist -av -ee -g -h -nice -w -noxvgr -notime -b -e -n -d -bw -errbar -integrate -aver_start -xydy -regression -luzar -temp -fitstart -smooth -filter -power -nosubav -oneacf -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
87 case "$p" in
88 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
89 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
90 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
91 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
92 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
93 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
94 -cc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
95 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
96 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
97 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
98 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
99 esac }
100 complete -F _g_analyze_compl g_analyze
101 shopt -s extglob
102 _g_angle_compl() {
103 local p c
104 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
105 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -od -ov -of -ot -oh -oc -or -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -type -all -binwidth -noperiodic -chandler -avercorr -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
106 case "$p" in
107 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
108 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
109 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
110 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
111 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
112 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
113 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
114 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
115 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
116 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
117 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
118 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.trr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
119 esac }
120 complete -F _g_angle_compl g_angle
121 shopt -s extglob
122 _g_bond_compl() {
123 local p c
124 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
125 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -o -l -d -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -blen -tol -noaver -noaverdist' -- $c)); return 0; fi
126 case "$p" in
127 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
128 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
129 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
130 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
131 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
132 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
133 esac }
134 complete -F _g_bond_compl g_bond
135 shopt -s extglob
136 _g_bundle_compl() {
137 local p c
138 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
139 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -ol -od -oz -ot -otr -otl -ok -okr -okl -oa -h -nice -b -e -dt -tu -noxvgr -na -z' -- $c)); return 0; fi
140 case "$p" in
141 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
142 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
143 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
144 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
145 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
146 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
147 -oz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
148 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
149 -otr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
150 -otl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
151 -ok) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
152 -okr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
153 -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
154 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
155 esac }
156 complete -F _g_bundle_compl g_bundle
157 shopt -s extglob
158 _g_chi_compl() {
159 local p c
160 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
161 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -o -p -ss -jc -corr -g -ot -oh -rt -cp -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -r0 -phi -psi -omega -rama -viol -noperiodic -all -rad -shift -binwidth -core_rotamer -maxchi -nonormhisto -ramomega -bfact -chi_prod -HChi -bmax -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
162 case "$p" in
163 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
164 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
165 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
166 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
167 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
168 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
169 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
170 -ss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
171 -jc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
172 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
173 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
174 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
175 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
176 -rt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
177 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
178 esac }
179 complete -F _g_chi_compl g_chi
180 shopt -s extglob
181 _g_cluster_compl() {
182 local p c
183 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
184 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT' -- $c)); return 0; fi
185 case "$p" in
186 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
187 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
188 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
189 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
190 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
191 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
192 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
193 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
194 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
195 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
196 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
197 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
198 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
199 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
200 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
201 esac }
202 complete -F _g_cluster_compl g_cluster
203 shopt -s extglob
204 _g_clustsize_compl() {
205 local p c
206 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
207 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -ow -nc -mc -ac -hc -temp -mcn -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -cut -mol -nopbc -nskip -nlevels -ndf -rgblo -rgbhi' -- $c)); return 0; fi
208 case "$p" in
209 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
210 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
211 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tpr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
212 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
213 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
214 -ow) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
215 -nc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
216 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
217 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
218 -hc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
219 -temp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
220 -mcn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
221 esac }
222 complete -F _g_clustsize_compl g_clustsize
223 shopt -s extglob
224 _g_confrms_compl() {
225 local p c
226 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
227 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f1 -f2 -o -n1 -n2 -no -h -nice -w -one -nomw -pbc -nofit -name -label -bfac' -- $c)); return 0; fi
228 case "$p" in
229 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
230 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
231 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
232 -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
233 -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
234 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
235 esac }
236 complete -F _g_confrms_compl g_confrms
237 shopt -s extglob
238 _g_covar_compl() {
239 local p c
240 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
241 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -v -av -l -ascii -xpm -xpma -h -nice -b -e -dt -tu -noxvgr -nofit -ref -mwa -last -nopbc' -- $c)); return 0; fi
242 case "$p" in
243 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
244 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
245 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
246 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
247 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
248 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
249 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
250 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
251 -ascii) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
252 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
253 -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
254 esac }
255 complete -F _g_covar_compl g_covar
256 shopt -s extglob
257 _g_current_compl() {
258 local p c
259 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
260 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -n -f -o -caf -dsp -md -mj -mc -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -sh -nonojump -eps -bfit -efit -bvit -evit -tr -temp' -- $c)); return 0; fi
261 case "$p" in
262 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
263 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
264 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
265 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
266 -caf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
267 -dsp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
268 -md) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
269 -mj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
270 -mc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
271 esac }
272 complete -F _g_current_compl g_current
273 shopt -s extglob
274 _g_density_compl() {
275 local p c
276 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
277 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -ei -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -d -sl -dens -ng -symm -center' -- $c)); return 0; fi
278 case "$p" in
279 -dens) COMPREPLY=( $(compgen -W ' mass number charge electron ' -- $c ));;
280 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
281 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
282 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
283 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
284 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
285 esac }
286 complete -F _g_density_compl g_density
287 shopt -s extglob
288 _g_densmap_compl() {
289 local p c
290 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
291 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -h -nice -b -e -dt -w -bin -aver -xmin -xmax -n1 -n2 -amax -rmax -mirror -unit -dmin -dmax' -- $c)); return 0; fi
292 case "$p" in
293 -aver) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z y x ' -- $c ));;
294 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' nm-3 nm-2 count ' -- $c ));;
295 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
296 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
297 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
298 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
299 esac }
300 complete -F _g_densmap_compl g_densmap
301 shopt -s extglob
302 _g_dielectric_compl() {
303 local p c
304 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
305 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -d -o -c -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
306 case "$p" in
307 -ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
308 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
309 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
310 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
311 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
312 esac }
313 complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
314 shopt -s extglob
315 _g_dih_compl() {
316 local p c
317 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
318 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -o -h -nice -b -e -dt -w -sa -mult' -- $c)); return 0; fi
319 case "$p" in
320 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
321 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
322 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
323 esac }
324 complete -F _g_dih_compl g_dih
325 shopt -s extglob
326 _g_dipoles_compl() {
327 local p c
328 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
329 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -enx -f -s -n -o -eps -a -d -c -g -adip -dip3d -cos -cmap -q -slab -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -mu -mumax -epsilonRF -skip -temp -corr -nopairs -ncos -axis -sl -gkratom -gkratom2 -rcmax -phi -nlevels -ndegrees -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
330 case "$p" in
331 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol molsep total ' -- $c ));;
332 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
333 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
334 -enx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
335 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
336 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
337 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
338 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
339 -eps) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
340 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
341 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
342 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
343 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
344 -adip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
345 -dip3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
346 -cos) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
347 -cmap) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
348 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
349 -slab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
350 esac }
351 complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
352 shopt -s extglob
353 _g_disre_compl() {
354 local p c
355 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
356 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -ds -da -dn -dm -dr -l -n -q -c -x -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -ntop -maxdr -nlevels -nothird' -- $c)); return 0; fi
357 case "$p" in
358 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
359 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
360 -ds) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
361 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
362 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
363 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
364 -dr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
365 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
366 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
367 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
368 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
369 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
370 esac }
371 complete -F _g_disre_compl g_disre
372 shopt -s extglob
373 _g_dist_compl() {
374 local p c
375 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
376 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -lt -h -nice -b -e -dt -noxvgr -dist' -- $c)); return 0; fi
377 case "$p" in
378 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
379 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
380 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
381 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
382 -lt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
383 esac }
384 complete -F _g_dist_compl g_dist
385 shopt -s extglob
386 _g_dyndom_compl() {
387 local p c
388 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
389 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -n -h -nice -firstangle -lastangle -nframe -maxangle -trans -head -tail' -- $c)); return 0; fi
390 case "$p" in
391 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
392 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
393 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
394 esac }
395 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
396 shopt -s extglob
397 _genbox_compl() {
398 local p c
399 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
400 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell -maxsol -vel' -- $c)); return 0; fi
401 case "$p" in
402 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
403 -cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
404 -ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
405 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
406 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
407 esac }
408 complete -F _genbox_compl genbox
409 shopt -s extglob
410 _genconf_compl() {
411 local p c
412 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
413 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -trj -h -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -norenumber' -- $c)); return 0; fi
414 case "$p" in
415 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
416 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
417 -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
418 esac }
419 complete -F _genconf_compl genconf
420 shopt -s extglob
421 _g_enemat_compl() {
422 local p c
423 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
424 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -groups -eref -emat -etot -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -sum -skip -nomean -nlevels -max -min -nocoul -coulr -coul14 -nolj -lj -lj14 -bhamsr -bhamlr -nofree -temp' -- $c)); return 0; fi
425 case "$p" in
426 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
427 -groups) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
428 -eref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
429 -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
430 -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
431 esac }
432 complete -F _g_enemat_compl g_enemat
433 shopt -s extglob
434 _g_energy_compl() {
435 local p c
436 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
437 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -ora -ort -oda -odr -odt -oten -corr -vis -ravg -h -nice -b -e -w -noxvgr -fee -fetemp -zero -sum -dp -mutot -nouni -skip -aver -nmol -ndf -fluc -orinst -ovec -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
438 case "$p" in
439 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
440 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
441 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
442 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
443 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
444 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
445 -viol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
446 -pairs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
447 -ora) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
448 -ort) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
449 -oda) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
450 -odr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
451 -odt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
452 -oten) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
453 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
454 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
455 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
456 esac }
457 complete -F _g_energy_compl g_energy
458 shopt -s extglob
459 _genion_compl() {
460 local p c
461 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
462 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -table -n -o -g -pot -p -h -nice -noxvgr -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -norandom -seed -scale -conc -neutral' -- $c)); return 0; fi
463 case "$p" in
464 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
465 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
466 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
467 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
468 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
469 -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
470 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
471 esac }
472 complete -F _genion_compl genion
473 shopt -s extglob
474 _genrestr_compl() {
475 local p c
476 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
477 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -o -of -h -nice -fc -freeze -disre -disre_dist -disre_frac -disre_up2 -constr' -- $c)); return 0; fi
478 case "$p" in
479 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
480 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
481 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
482 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
483 esac }
484 complete -F _genrestr_compl genrestr
485 shopt -s extglob
486 _g_filter_compl() {
487 local p c
488 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
489 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -ol -oh -h -nice -b -e -dt -w -nf -all -nonojump -fit' -- $c)); return 0; fi
490 case "$p" in
491 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
492 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
493 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
494 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
495 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
496 esac }
497 complete -F _g_filter_compl g_filter
498 shopt -s extglob
499 _g_gyrate_compl() {
500 local p c
501 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
502 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -acf -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -nmol -q -p -moi -nz -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
503 case "$p" in
504 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
505 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
506 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
507 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
508 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
509 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
510 -acf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
511 esac }
512 complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
513 shopt -s extglob
514 _g_h2order_compl() {
515 local p c
516 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
517 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -nm -s -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -d -sl' -- $c)); return 0; fi
518 case "$p" in
519 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
520 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
521 -nm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
522 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
523 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
524 esac }
525 complete -F _g_h2order_compl g_h2order
526 shopt -s extglob
527 _g_hbond_compl() {
528 local p c
529 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
530 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -h -nice -b -e -dt -noxvgr -ins -a -r -noda -r2 -abin -rbin -nonitacc -contact -shell -fitstart -temp -smooth -dump -max_hb -nomerge -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
531 case "$p" in
532 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
533 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
534 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
535 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
536 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
537 -num) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
538 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
539 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
540 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
541 -ang) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
542 -hx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
543 -hbn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
544 -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
545 -don) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
546 -dan) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
547 -life) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
548 -nhbdist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
549 esac }
550 complete -F _g_hbond_compl g_hbond
551 shopt -s extglob
552 _g_helix_compl() {
553 local p c
554 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
555 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -n -f -to -cz -co -h -nice -b -e -dt -w -r0 -q -noF -db -prop -ev -ahxstart -ahxend' -- $c)); return 0; fi
556 case "$p" in
557 -prop) COMPREPLY=( $(compgen -W ' RAD TWIST RISE LEN NHX DIP RMS CPHI RMSA PHI PSI HB3 HB4 HB5 CD222 ' -- $c ));;
558 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
559 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
560 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
561 -to) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.g87*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
562 -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
563 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
564 esac }
565 complete -F _g_helix_compl g_helix
566 shopt -s extglob
567 _g_helixorient_compl() {
568 local p c
569 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
570 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -n -oaxis -ocenter -orise -oradius -otwist -obending -otilt -orot -h -nice -b -e -dt -noxvgr -sidechain -incremental' -- $c)); return 0; fi
571 case "$p" in
572 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
573 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
574 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
575 -oaxis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
576 -ocenter) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
577 -orise) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
578 -oradius) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
579 -otwist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
580 -obending) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
581 -otilt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
582 -orot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
583 esac }
584 complete -F _g_helixorient_compl g_helixorient
585 shopt -s extglob
586 _g_lie_compl() {
587 local p c
588 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
589 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -Elj -Eqq -Clj -Cqq -ligand' -- $c)); return 0; fi
590 case "$p" in
591 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
592 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
593 esac }
594 complete -F _g_lie_compl g_lie
595 shopt -s extglob
596 _g_mdmat_compl() {
597 local p c
598 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
599 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -mean -frames -no -h -nice -b -e -dt -noxvgr -t -nlevels' -- $c)); return 0; fi
600 case "$p" in
601 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
602 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
603 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
604 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
605 -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
606 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
607 esac }
608 complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
609 shopt -s extglob
610 _g_mindist_compl() {
611 local p c
612 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
613 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -od -on -o -ox -or -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -matrix -max -d -pi -split -ng -nopbc' -- $c)); return 0; fi
614 case "$p" in
615 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
616 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
617 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
618 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
619 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
620 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
621 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
622 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
623 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
624 esac }
625 complete -F _g_mindist_compl g_mindist
626 shopt -s extglob
627 _g_morph_compl() {
628 local p c
629 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
630 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f1 -f2 -o -or -n -h -nice -w -noxvgr -ninterm -first -last -nofit' -- $c)); return 0; fi
631 case "$p" in
632 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
633 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
634 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
635 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
636 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
637 esac }
638 complete -F _g_morph_compl g_morph
639 shopt -s extglob
640 _g_msd_compl() {
641 local p c
642 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
643 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -mol -pdb -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -type -lateral -ten -ngroup -nomw -rmcomm -tpdb -trestart -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
644 case "$p" in
645 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
646 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
647 -lateral) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
648 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
649 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
650 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
651 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
652 -mol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
653 -pdb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
654 esac }
655 complete -F _g_msd_compl g_msd
656 shopt -s extglob
657 _gmxcheck_compl() {
658 local p c
659 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
660 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -n -m -h -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -tol -ab -lastener' -- $c)); return 0; fi
661 case "$p" in
662 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
663 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
664 -s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
665 -s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
666 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
667 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
668 -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
669 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
670 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.tex*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
671 esac }
672 complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
673 shopt -s extglob
674 _gmxdump_compl() {
675 local p c
676 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
677 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -e -cp -om -h -nice -nonr -sys' -- $c)); return 0; fi
678 case "$p" in
679 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
680 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
681 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
682 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
683 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
684 esac }
685 complete -F _gmxdump_compl gmxdump
686 shopt -s extglob
687 _g_nmeig_compl() {
688 local p c
689 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
690 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -of -ol -v -h -nice -noxvgr -nom -first -last' -- $c)); return 0; fi
691 case "$p" in
692 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
693 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
694 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
695 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
696 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
697 esac }
698 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
699 shopt -s extglob
700 _g_nmens_compl() {
701 local p c
702 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
703 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -v -e -s -n -o -h -nice -noxvgr -temp -seed -num -first -last' -- $c)); return 0; fi
704 case "$p" in
705 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
706 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
707 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
708 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
709 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
710 esac }
711 complete -F _g_nmens_compl g_nmens
712 shopt -s extglob
713 _g_nmtraj_compl() {
714 local p c
715 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
716 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -v -o -h -nice -eignr -phases -temp -amplitude -nframes' -- $c)); return 0; fi
717 case "$p" in
718 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
719 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
720 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
721 esac }
722 complete -F _g_nmtraj_compl g_nmtraj
723 shopt -s extglob
724 _g_order_compl() {
725 local p c
726 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
727 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -o -od -os -Sg -Sk -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -d -sl -szonly -unsat' -- $c)); return 0; fi
728 case "$p" in
729 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
730 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
731 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
732 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
733 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
734 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
735 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
736 -Sg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
737 -Sk) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
738 esac }
739 complete -F _g_order_compl g_order
740 shopt -s extglob
741 _g_polystat_compl() {
742 local p c
743 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
744 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -n -o -v -p -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -nomw -pc' -- $c)); return 0; fi
745 case "$p" in
746 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
747 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
748 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
749 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
750 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
751 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
752 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
753 esac }
754 complete -F _g_polystat_compl g_polystat
755 shopt -s extglob
756 _g_potential_compl() {
757 local p c
758 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
759 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -o -oc -of -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -d -sl -cb -ce -tz -spherical -ng -correct' -- $c)); return 0; fi
760 case "$p" in
761 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
762 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
763 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
764 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
765 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
766 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
767 esac }
768 complete -F _g_potential_compl g_potential
769 shopt -s extglob
770 _g_principal_compl() {
771 local p c
772 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
773 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -a1 -a2 -a3 -om -h -nice -b -e -dt -tu -w -foo' -- $c)); return 0; fi
774 case "$p" in
775 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
776 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
777 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
778 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
779 -a1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
780 -a2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
781 -a3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
782 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
783 esac }
784 complete -F _g_principal_compl g_principal
785 shopt -s extglob
786 _g_rama_compl() {
787 local p c
788 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
789 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr' -- $c)); return 0; fi
790 case "$p" in
791 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
792 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
793 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
794 esac }
795 complete -F _g_rama_compl g_rama
796 shopt -s extglob
797 _g_rdf_compl() {
798 local p c
799 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
800 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -sq -cn -hq -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -bin -com -rdf -nopbc -nonorm -xy -cut -ng -fade -nlevel -startq -endq -energy' -- $c)); return 0; fi
801 case "$p" in
802 -rdf) COMPREPLY=( $(compgen -W ' atom mol_com mol_cog res_com res_cog ' -- $c ));;
803 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
804 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
805 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
806 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
807 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
808 -cn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
809 -hq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
810 esac }
811 complete -F _g_rdf_compl g_rdf
812 shopt -s extglob
813 _g_rms_compl() {
814 local p c
815 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
816 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -f2 -n -o -mir -a -dist -m -bin -bm -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -what -nopbc -fit -prev -split -skip -skip2 -max -min -bmax -bmin -nomw -nlevels -ng' -- $c)); return 0; fi
817 case "$p" in
818 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
819 -what) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rmsd rho rhosc ' -- $c ));;
820 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rot+trans translation none ' -- $c ));;
821 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
822 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
823 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
824 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
825 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
826 -mir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
827 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
828 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
829 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
830 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
831 -bm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
832 esac }
833 complete -F _g_rms_compl g_rms
834 shopt -s extglob
835 _g_rmsdist_compl() {
836 local p c
837 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
838 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -equiv -o -rms -scl -mean -nmr3 -nmr6 -noe -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -nlevels -max -nosumh' -- $c)); return 0; fi
839 case "$p" in
840 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
841 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
842 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
843 -equiv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
844 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
845 -rms) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
846 -scl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
847 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
848 -nmr3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
849 -nmr6) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
850 -noe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
851 esac }
852 complete -F _g_rmsdist_compl g_rmsdist
853 shopt -s extglob
854 _g_rmsf_compl() {
855 local p c
856 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
857 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -q -oq -ox -o -od -oc -dir -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -res -aniso -nofit' -- $c)); return 0; fi
858 case "$p" in
859 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
860 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
861 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
862 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
863 -oq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
864 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
865 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
866 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
867 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
868 -dir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
869 esac }
870 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
871 shopt -s extglob
872 _grompp_compl() {
873 local p c
874 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
875 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -po -c -r -rb -n -p -pp -o -t -e -h -nice -nov -time -normvsbds -maxwarn -zero -norenum' -- $c)); return 0; fi
876 case "$p" in
877 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
878 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
879 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
880 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
881 -rb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
882 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
883 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
884 -pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
885 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
886 -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
887 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
888 esac }
889 complete -F _grompp_compl grompp
890 shopt -s extglob
891 _g_rotacf_compl() {
892 local p c
893 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
894 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -d -noaver -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
895 case "$p" in
896 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
897 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
898 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
899 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
900 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
901 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
902 esac }
903 complete -F _g_rotacf_compl g_rotacf
904 shopt -s extglob
905 _g_saltbr_compl() {
906 local p c
907 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
908 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -h -nice -b -e -dt -t -sep' -- $c)); return 0; fi
909 case "$p" in
910 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
911 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
912 esac }
913 complete -F _g_saltbr_compl g_saltbr
914 shopt -s extglob
915 _g_sas_compl() {
916 local p c
917 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
918 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -o -or -oa -tv -q -n -i -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -probe -ndots -qmax -f_index -minarea -nopbc -noprot -dgs' -- $c)); return 0; fi
919 case "$p" in
920 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
921 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
922 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
923 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
924 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
925 -tv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
926 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
927 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
928 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
929 esac }
930 complete -F _g_sas_compl g_sas
931 shopt -s extglob
932 _g_sdf_compl() {
933 local p c
934 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
935 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -o -r -h -nice -b -e -dt -mode -triangle -dtri -bin -grid' -- $c)); return 0; fi
936 case "$p" in
937 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
938 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
939 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
940 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
941 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
942 esac }
943 complete -F _g_sdf_compl g_sdf
944 shopt -s extglob
945 _g_sgangle_compl() {
946 local p c
947 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
948 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -s -oa -od -od1 -od2 -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -one -z' -- $c)); return 0; fi
949 case "$p" in
950 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
951 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
952 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
953 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
954 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
955 -od1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
956 -od2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
957 esac }
958 complete -F _g_sgangle_compl g_sgangle
959 shopt -s extglob
960 _g_sham_compl() {
961 local p c
962 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
963 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -ge -ene -dist -histo -bin -lp -ls -lsh -lss -map -ls3 -mdata -g -h -nice -w -noxvgr -notime -b -e -ttol -n -d -bw -nosham -tsham -pmin -dim -ngrid -xmin -xmax -pmax -gmax -emin -emax -nlevels -mname' -- $c)); return 0; fi
964 case "$p" in
965 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
966 -ge) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
967 -ene) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
968 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
969 -histo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
970 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
971 -lp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
972 -ls) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
973 -lsh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
974 -lss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
975 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
976 -ls3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
977 -mdata) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
978 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
979 esac }
980 complete -F _g_sham_compl g_sham
981 shopt -s extglob
982 _g_sorient_compl() {
983 local p c
984 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
985 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -no -ro -co -rc -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -com -v23 -rmin -rmax -cbin -rbin -pbc' -- $c)); return 0; fi
986 case "$p" in
987 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
988 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
989 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
990 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
991 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
992 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
993 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
994 -rc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
995 esac }
996 complete -F _g_sorient_compl g_sorient
997 shopt -s extglob
998 _g_spatial_compl() {
999 local p c
1000 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1001 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -dista -nlevels -cutoff -nofit -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -minstruct -binary -M -P -seed -niter -kT' -- $c)); return 0; fi
1002 case "$p" in
1003 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
1004 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
1005 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1006 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1007 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1008 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1009 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1010 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1011 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1012 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1013 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1014 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1015 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1016 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1017 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1018 esac }
1019 complete -F _g_spatial_compl g_spatial
1020 shopt -s extglob
1021 _g_spol_compl() {
1022 local p c
1023 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1024 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -com -refat -rmin -rmax -dip -bw' -- $c)); return 0; fi
1025 case "$p" in
1026 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1027 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1028 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1029 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1030 esac }
1031 complete -F _g_spol_compl g_spol
1032 shopt -s extglob
1033 _g_tcaf_compl() {
1034 local p c
1035 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1036 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -ot -oa -o -of -oc -ov -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -mol -k34 -wt -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1037 case "$p" in
1038 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1039 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
1040 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1041 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1042 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1043 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1044 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1045 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1046 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1047 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1048 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1049 esac }
1050 complete -F _g_tcaf_compl g_tcaf
1051 shopt -s extglob
1052 _g_traj_compl() {
1053 local p c
1054 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1055 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -ox -oxt -ov -of -ob -ot -ekt -ekr -vd -cv -cf -av -af -h -nice -b -e -dt -tu -w -noxvgr -com -mol -nojump -nox -noy -noz -ng -len -bin -scale' -- $c)); return 0; fi
1056 case "$p" in
1057 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
1058 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1059 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1060 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1061 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1062 -oxt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1063 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1064 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1065 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1066 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1067 -ekt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1068 -ekr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1069 -vd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1070 -cv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1071 -cf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1072 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1073 -af) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1074 esac }
1075 complete -F _g_traj_compl g_traj
1076 shopt -s extglob
1077 _g_tune_pme_compl() {
1078 local p c
1079 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1080 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -p -so -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dgdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -nice -noxvgr -np -r -max -min -fac -ntpr -four -steps -simsteps -launch -deffnm -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -nosum -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -append -maxh -multi -replex -reseed -glas -ionize' -- $c)); return 0; fi
1081 case "$p" in
1082 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1083 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1084 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1085 -so) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1086 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1087 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1088 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1089 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1090 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1091 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|xyz)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1092 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edr*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1093 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1094 -dgdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1095 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1096 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1097 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1098 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1099 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1100 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1101 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1102 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1103 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1104 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1105 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1106 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1107 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1108 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1109 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1110 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1111 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1112 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1113 esac }
1114 complete -F _g_tune_pme_compl g_tune_pme
1115 shopt -s extglob
1116 _g_vanhove_compl() {
1117 local p c
1118 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1119 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -om -or -ot -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -sqrt -fm -rmax -rbin -mmax -nlevels -nr -fr -rt -ft' -- $c)); return 0; fi
1120 case "$p" in
1121 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1122 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1123 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1124 -om) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1125 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1126 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1127 esac }
1128 complete -F _g_vanhove_compl g_vanhove
1129 shopt -s extglob
1130 _g_velacc_compl() {
1131 local p c
1132 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1133 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -h -nice -b -e -dt -w -noxvgr -m -mol -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
1134 case "$p" in
1135 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
1136 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac exp5 exp7 exp9 ' -- $c ));;
1137 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1138 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1139 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1140 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1141 esac }
1142 complete -F _g_velacc_compl g_velacc
1143 shopt -s extglob
1144 _g_wham_compl() {
1145 local p c
1146 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1147 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -ix -if -it -ip -o -hist -bsres -bsprof -tab -wcorr -h -nice -noxvgr -min -max -noauto -bins -temp -tol -v -b -e -dt -histonly -boundsonly -nolog -unit -zprof0 -cycl -alpha -flip -hist-eq -nBootstrap -bs-dt -bs-seed -nohistbs -histbs-block -vbs' -- $c)); return 0; fi
1148 case "$p" in
1149 -unit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' kJ kCal kT ' -- $c ));;
1150 -cycl) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no yes weighted ' -- $c ));;
1151 -ix) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1152 -if) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1153 -it) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1154 -ip) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1155 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1156 -hist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1157 -bsres) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1158 -bsprof) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1159 -tab) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1160 -wcorr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1161 esac }
1162 complete -F _g_wham_compl g_wham
1163 shopt -s extglob
1164 _highway_compl() {
1165 local p c
1166 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1167 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -h -nice' -- $c)); return 0; fi
1168 case "$p" in
1169 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1170 esac }
1171 complete -F _highway_compl highway
1172 shopt -s extglob
1173 _make_edi_compl() {
1174 local p c
1175 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1176 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -eig -s -n -tar -ori -o -h -nice -noxvgr -mon -linfix -linacc -flood -radfix -radacc -radcon -outfrq -slope -maxedsteps -deltaF0 -deltaF -tau -eqsteps -Eflnull -T -alpha -linstep -accdir -radstep -restrain -hessian -harmonic' -- $c)); return 0; fi
1177 case "$p" in
1178 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1179 -eig) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1180 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1181 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1182 -tar) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1183 -ori) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1184 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1185 esac }
1186 complete -F _make_edi_compl make_edi
1187 shopt -s extglob
1188 _make_ndx_compl() {
1189 local p c
1190 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1191 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -n -o -h -nice -natoms' -- $c)); return 0; fi
1192 case "$p" in
1193 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1194 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1195 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1196 esac }
1197 complete -F _make_ndx_compl make_ndx
1198 shopt -s extglob
1199 _mdrun_compl() {
1200 local p c
1201 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1202 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -o -x -cpi -cpo -c -e -g -dgdl -field -table -tablep -tableb -rerun -tpi -tpid -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -px -pf -mtx -dn -h -nice -deffnm -noxvgr -pd -dd -npme -ddorder -noddcheck -rdd -rcon -dlb -dds -nosum -v -nocompact -seppot -pforce -reprod -cpt -append -maxh -multi -replex -reseed -glas -ionize' -- $c)); return 0; fi
1203 case "$p" in
1204 -ddorder) COMPREPLY=( $(compgen -W ' interleave pp_pme cartesian ' -- $c ));;
1205 -dlb) COMPREPLY=( $(compgen -W ' auto no yes ' -- $c ));;
1206 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1207 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1208 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1209 -cpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1210 -cpo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.cpt*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1211 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1212 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1213 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1214 -dgdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1215 -field) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1216 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1217 -tablep) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1218 -tableb) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1219 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1220 -tpi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1221 -tpid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1222 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1223 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1224 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1225 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1226 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1227 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1228 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1229 -px) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1230 -pf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1231 -mtx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1232 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1233 esac }
1234 complete -F _mdrun_compl mdrun
1235 shopt -s extglob
1236 _mk_angndx_compl() {
1237 local p c
1238 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1239 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -n -h -nice -type -nohyd' -- $c)); return 0; fi
1240 case "$p" in
1241 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
1242 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1243 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1244 esac }
1245 complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
1246 shopt -s extglob
1247 _ngmx_compl() {
1248 local p c
1249 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1250 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -h -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1251 case "$p" in
1252 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1253 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1254 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1255 esac }
1256 complete -F _ngmx_compl ngmx
1257 shopt -s extglob
1258 _pdb2gmx_compl() {
1259 local p c
1260 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1261 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -p -i -n -q -h -nice -merge -ff -water -inter -ss -ter -lys -arg -asp -glu -gln -his -angle -dist -una -ignh -missing -v -posrefc -vsite -heavyh -deuterate' -- $c)); return 0; fi
1262 case "$p" in
1263 -water) COMPREPLY=( $(compgen -W ' spc spce tip3p tip4p tip5p f3c ' -- $c ));;
1264 -vsite) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
1265 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1266 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1267 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1268 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1269 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1270 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1271 esac }
1272 complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
1273 shopt -s extglob
1274 _protonate_compl() {
1275 local p c
1276 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1277 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -n -o -h -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1278 case "$p" in
1279 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1280 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1281 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1282 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1283 esac }
1284 complete -F _protonate_compl protonate
1285 shopt -s extglob
1286 _sigeps_compl() {
1287 local p c
1288 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1289 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -o -h -nice -w -noxvgr -c6 -cn -pow -sig -eps -A -B -C -qi -qj -sigfac' -- $c)); return 0; fi
1290 case "$p" in
1291 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1292 esac }
1293 complete -F _sigeps_compl sigeps
1294 shopt -s extglob
1295 _tpbconv_compl() {
1296 local p c
1297 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1298 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -s -f -e -n -o -h -nice -nsteps -runtime -time -extend -until -zeroq -nocont' -- $c)); return 0; fi
1299 case "$p" in
1300 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1301 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|cpt|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1302 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1303 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1304 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1305 esac }
1306 complete -F _tpbconv_compl tpbconv
1307 shopt -s extglob
1308 _trjcat_compl() {
1309 local p c
1310 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1311 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -n -demux -h -nice -tu -noxvgr -b -e -dt -prec -novel -settime -nosort -keeplast -cat' -- $c)); return 0; fi
1312 case "$p" in
1313 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
1314 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1315 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1316 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1317 -demux) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1318 esac }
1319 complete -F _trjcat_compl trjcat
1320 shopt -s extglob
1321 _trjconv_compl() {
1322 local p c
1323 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1324 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -s -n -fr -sub -drop -h -nice -b -e -tu -w -noxvgr -skip -dt -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -boxcenter -box -trans -shift -fit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep -nzero -ter -dropunder -dropover' -- $c)); return 0; fi
1325 case "$p" in
1326 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s ' -- $c ));;
1327 -pbc) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none mol res atom nojump cluster whole ' -- $c ));;
1328 -ur) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rect tric compact ' -- $c ));;
1329 -boxcenter) COMPREPLY=( $(compgen -W ' tric rect zero ' -- $c ));;
1330 -fit) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none rot+trans rotxy+transxy translation transxy progressive ' -- $c ));;
1331 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1332 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1333 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1334 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1335 -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1336 -sub) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1337 -drop) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1338 esac }
1339 complete -F _trjconv_compl trjconv
1340 shopt -s extglob
1341 _trjorder_compl() {
1342 local p c
1343 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1344 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -n -o -nshell -h -nice -b -e -dt -noxvgr -na -da -com -r' -- $c)); return 0; fi
1345 case "$p" in
1346 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1347 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1348 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1349 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1350 -nshell) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1351 esac }
1352 complete -F _trjorder_compl trjorder
1353 shopt -s extglob
1354 _wheel_compl() {
1355 local p c
1356 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1357 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -h -nice -r0 -rot0 -T -nonn' -- $c)); return 0; fi
1358 case "$p" in
1359 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1360 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1361 esac }
1362 complete -F _wheel_compl wheel
1363 shopt -s extglob
1364 _x2top_compl() {
1365 local p c
1366 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1367 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -o -r -h -nice -ff -v -nexcl -noH14 -alldih -remdih -nopairs -name -nopbc -pdbq -noparam -noround -kb -kt -kp' -- $c)); return 0; fi
1368 case "$p" in
1369 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|esp|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1370 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1371 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1372 esac }
1373 complete -F _x2top_compl x2top
1374 shopt -s extglob
1375 _xpm2ps_compl() {
1376 local p c
1377 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1378 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -f2 -di -do -o -xpm -h -nice -w -noframe -title -yonce -legend -diag -size -bx -by -rainbow -gradient -skip -zeroline -legoffset -combine -cmin -cmax' -- $c)); return 0; fi
1379 case "$p" in
1380 -title) COMPREPLY=( $(compgen -W ' top once ylabel none ' -- $c ));;
1381 -legend) COMPREPLY=( $(compgen -W ' both first second none ' -- $c ));;
1382 -diag) COMPREPLY=( $(compgen -W ' first second none ' -- $c ));;
1383 -rainbow) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no blue red ' -- $c ));;
1384 -combine) COMPREPLY=( $(compgen -W ' halves add sub mult div ' -- $c ));;
1385 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1386 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1387 -di) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1388 -do) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1389 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1390 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1391 esac }
1392 complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps
1393 shopt -s extglob
1394 _xrama_compl() {
1395 local p c
1396 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1397 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen -W ' -f -s -h -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1398 case "$p" in
1399 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|cpt|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1400 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1401 esac }
1402 complete -F _xrama_compl xrama
Atempt to write QMMM interface for Gamess-US