complex/butane/grompp4.mdp

   1 ;
   2 ;       File 'mdout.mdp' was generated
   3 ;       By user: mark (257)
   4 ;       On host: mabraham.anu.edu.au
   5 ;       At date: Tue Aug 11 13:10:51 2009
   6 ;
   7
   8 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   9 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
  10 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/hoe
  11 include                  =
  12 ; e.g.: -DI_Want_Cookies -DMe_Too
  13 define                   =
  14
  15 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  16 integrator               = md
  17 ; Start time and timestep in ps
  18 tinit                    = 0.0
  19 dt                       = 0.001
  20 nsteps                   = 50
  21 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  22 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  23 simulation_part          = 1
  24 init_step                = 0
  25 ; mode for center of mass motion removal
  26 comm-mode                = Linear
  27 ; number of steps for center of mass motion removal
  28 nstcomm                  = 1
  29 ; group(s) for center of mass motion removal
  30 comm-grps                =
  31
  32 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  33 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  34 bd-fric                  = 0
  35 ld-seed                  = 1993
  36
  37 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  38 ; Force tolerance and initial step-size
  39 emtol                    = 100
  40 emstep                   = 0.01
  41 ; Max number of iterations in relax_shells
  42 niter                    = 20
  43 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  44 fcstep                   = 0
  45 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  46 nstcgsteep               = 1000
  47 nbfgscorr                = 10
  48
  49 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  50 rtpi                     = 0.05
  51
  52 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  53 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  54 nstxout                  = 0
  55 nstvout                  = 0
  56 nstfout                  = 0
  57 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  58 nstlog                   = 0
  59 nstenergy                = 1
  60 ; Output frequency and precision for xtc file
  61 nstxtcout                = 0
  62 xtc-precision            = 1000
  63 ; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can
  64 ; select multiple groups. By default all atoms will be written.
  65 xtc-grps                 =
  66 ; Selection of energy groups
  67 energygrps               =
  68
  69 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  70 ; nblist update frequency
  71 nstlist                  = 10
  72 ; ns algorithm (simple or grid)
  73 ns_type                  = grid
  74 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  75 pbc                      = xyz
  76 periodic_molecules       = no
  77 ; nblist cut-off
  78 rlist                    = 1
  79
  80 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  81 ; Method for doing electrostatics
  82 coulombtype              = Cut-off
  83 rcoulomb-switch          = 0
  84 rcoulomb                 = 1
  85 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  86 epsilon-r                = 1
  87 epsilon_rf               = 1
  88 ; Method for doing Van der Waals
  89 vdw-type                 = Cut-off
  90 ; cut-off lengths
  91 rvdw-switch              = 0
  92 rvdw                     = 1
  93 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
  94 DispCorr                 = No
  95 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
  96 table-extension          = 1
  97 ; Seperate tables between energy group pairs
  98 energygrp_table          =
  99 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 100 fourierspacing           = 0.12
 101 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 102 fourier_nx               = 0
 103 fourier_ny               = 0
 104 fourier_nz               = 0
 105 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 106 pme_order                = 4
 107 ewald_rtol               = 1e-05
 108 ewald_geometry           = 3d
 109 epsilon_surface          = 0
 110 optimize_fft             = no
 111
 112 ; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM
 113 implicit_solvent         = No
 114
 115 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
 116 ; Algorithm for calculating Born radii
 117 gb_algorithm             = Still
 118 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
 119 nstgbradii               = 1
 120 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
 121 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
 122 rgbradii                 = 2
 123 ; Dielectric coefficient of the implicit solvent
 124 gb_epsilon_solvent       = 80
 125 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
 126 gb_saltconc              = 0
 127 ; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)
 128 gb_obc_alpha             = 1
 129 gb_obc_beta              = 0.8
 130 gb_obc_gamma             = 4.85
 131 ; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA
 132 ; The default value (2.092) corresponds to 0.005 kcal/mol/Angstrom^2.
 133 sa_surface_tension       = 2.092
 134
 135 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 136 ; Temperature coupling
 137 Tcoupl                   = yes
 138 ; Groups to couple separately
 139 tc-grps                  = BUT
 140 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 141 tau_t                    = 0.1
 142 ref_t                    = 270
 143 ; Pressure coupling
 144 Pcoupl                   = no
 145 Pcoupltype               = Isotropic
 146 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 147 tau_p                    = 0.5
 148 compressibility          =
 149 ref_p                    = 1.0
 150 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 151 refcoord_scaling         = No
 152 ; Random seed for Andersen thermostat
 153 andersen_seed            = 815131
 154
 155 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 156 QMMM                     = no
 157 ; Groups treated Quantum Mechanically
 158 QMMM-grps                =
 159 ; QM method
 160 QMmethod                 =
 161 ; QMMM scheme
 162 QMMMscheme               = normal
 163 ; QM basisset
 164 QMbasis                  =
 165 ; QM charge
 166 QMcharge                 =
 167 ; QM multiplicity
 168 QMmult                   =
 169 ; Surface Hopping
 170 SH                       =
 171 ; CAS space options
 172 CASorbitals              =
 173 CASelectrons             =
 174 SAon                     =
 175 SAoff                    =
 176 SAsteps                  =
 177 ; Scale factor for MM charges
 178 MMChargeScaleFactor      = 1
 179 ; Optimization of QM subsystem
 180 bOPT                     =
 181 bTS                      =
 182
 183 ; SIMULATED ANNEALING
 184 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 185 annealing                = no
 186 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 187 annealing_npoints        =
 188 ; List of times at the annealing points for each group
 189 annealing_time           =
 190 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 191 annealing_temp           =
 192
 193 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 194 gen_vel                  = no
 195 gen_temp                 = 263.150000
 196 gen_seed                 = 280686
 197
 198 ; OPTIONS FOR BONDS
 199 constraints              = all-bonds
 200 ; Type of constraint algorithm
 201 constraint-algorithm     = Lincs
 202 ; Do not constrain the start configuration
 203 continuation             = no
 204 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 205 Shake-SOR                = no
 206 ; Relative tolerance of shake
 207 shake-tol                = 1e-04
 208 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 209 lincs-order              = 4
 210 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 211 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 212 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 213 lincs-iter               = 1
 214 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 215 ; rotates over more degrees than
 216 lincs-warnangle          = 30
 217 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 218 morse                    = no
 219
 220 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 221 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 222 energygrp_excl           =
 223
 224 ; WALLS
 225 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 226 nwall                    = 0
 227 wall_type                = 9-3
 228 wall_r_linpot            = -1
 229 wall_atomtype            =
 230 wall_density             =
 231 wall_ewald_zfac          = 3
 232
 233 ; COM PULLING
 234 ; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force
 235 pull                     = no
 236
 237 ; NMR refinement stuff
 238 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 239 disre                    = No
 240 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 241 disre-weighting          = Equal
 242 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 243 disre-mixed              = no
 244 disre-fc                 = 1000
 245 disre-tau                = 0
 246 ; Output frequency for pair distances to energy file
 247 nstdisreout              = 100
 248 ; Orientation restraints: No or Yes
 249 orire                    = no
 250 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 251 orire-fc                 = 0
 252 orire-tau                = 0
 253 orire-fitgrp             =
 254 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 255 nstorireout              = 100
 256 ; Dihedral angle restraints: No or Yes
 257 dihre                    = No
 258 dihre-fc                 = 1000
 259
 260 ; Free energy control stuff
 261 free-energy              = no
 262 init-lambda              = 0
 263 delta-lambda             = 0
 264 sc-alpha                 = 0
 265 sc-power                 = 0
 266 sc-sigma                 = 0.3
 267 couple-moltype           =
 268 couple-lambda0           = vdw-q
 269 couple-lambda1           = vdw-q
 270 couple-intramol          = no
 271
 272 ; Non-equilibrium MD stuff
 273 acc-grps                 =
 274 accelerate               =
 275 freezegrps               =
 276 freezedim                =
 277 cos-acceleration         = 0
 278 deform                   =
 279
 280 ; Electric fields
 281 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)
 282 ; and a phase angle (real)
 283 E-x                      =
 284 E-xt                     =
 285 E-y                      =
 286 E-yt                     =
 287 E-z                      =
 288 E-zt                     =
 289
 290 ; User defined thingies
 291 user1-grps               =
 292 user2-grps               =
 293 userint1                 = 0
 294 userint2                 = 0
 295 userint3                 = 0
 296 userint4                 = 0
 297 userreal1                = 0
 298 userreal2                = 0
 299 userreal3                = 0
 300 userreal4                = 0