complex/butane/reference_d.log

   1 Log file opened on Thu Dec 20 14:16:54 2012
   2 Host: amd2  pid: 32931  nodeid: 0  nnodes:  1
   3 Gromacs version:    VERSION 4.6-beta2-dev-20121220-4d3a2d4
   4 GIT SHA1 hash:      4d3a2d48d7bdde9d1297230221ea2d088af0e8cc
   5 Branched from:      66ba29b16bd066b88f06813f62f43a5233723780 (1 newer local commits)
   6 Precision:          double
   7 MPI library:        none
   8 OpenMP support:     disabled
   9 GPU support:        disabled
  10 invsqrt routine:    (1.0/sqrt(x))
  11 CPU acceleration:   None
  12 FFT library:        fftpack (built-in)
  13 Large file support: enabled
  14 RDTSCP usage:       enabled
  15 Built on:           Thu Dec 20 14:12:15 CET 2012
  16 Built by:           mark@amd2 [CMAKE]
  17 Build OS/arch:      Linux 3.2.0-29-generic x86_64
  18 Build CPU vendor:   AuthenticAMD
  19 Build CPU brand:    AMD Opteron(tm) Processor 6176
  20 Build CPU family:   16   Model: 9   Stepping: 1
  21 Build CPU features: apic clfsh cmov cx8 cx16 htt lahf_lm misalignsse mmx msr nonstop_tsc pdpe1gb popcnt pse rdtscp sse2 sse3 sse4a
  22 C compiler:         /usr/bin/gcc-4.7 GNU gcc-4.7 (Ubuntu/Linaro 4.7.2-4precise1) 4.7.2
  23 C compiler flags:    -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wno-unknown-pragmas   -O0 -g
  24
  25
  26                          :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:
  27
  28                    Groningen Machine for Chemical Simulation
  29
  30                 :-)  VERSION 4.6-beta2-dev-20121220-4d3a2d4  (-:
  31
  32         Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,
  33       Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,
  34         Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,
  35            Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,
  36                 Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,
  37
  38                Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.
  39
  40        Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  41             Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at
  42         Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.
  43             check out http://www.gromacs.org for more information.
  44
  45          This program is free software; you can redistribute it and/or
  46        modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  47         as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  48              of the License, or (at your option) any later version.
  49
  50                       :-)  mdrun_d (double precision)  (-:
  51
  52
  53 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
  54 B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl
  55 GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable
  56 molecular simulation
  57 J. Chem. Theory Comput. 4 (2008) pp. 435-447
  58 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
  59
  60
  61 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
  62 D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C.
  63 Berendsen
  64 GROMACS: Fast, Flexible and Free
  65 J. Comp. Chem. 26 (2005) pp. 1701-1719
  66 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
  67
  68
  69 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
  70 E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel
  71 GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis
  72 J. Mol. Mod. 7 (2001) pp. 306-317
  73 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
  74
  75
  76 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
  77 H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  78 GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  79 Comp. Phys. Comm. 91 (1995) pp. 43-56
  80 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
  81
  82 Input Parameters:
  83    integrator           = md
  84    nsteps               = 20
  85    init-step            = 0
  86    cutoff-scheme        = Group
  87    ns_type              = Grid
  88    nstlist              = 10
  89    ndelta               = 2
  90    nstcomm              = 1
  91    comm-mode            = Linear
  92    nstlog               = 0
  93    nstxout              = 20
  94    nstvout              = 20
  95    nstfout              = 20
  96    nstcalcenergy        = 1
  97    nstenergy            = 1
  98    nstxtcout            = 0
  99    init-t               = 0
 100    delta-t              = 0.001
 101    xtcprec              = 1000
 102    fourierspacing       = 0.12
 103    nkx                  = 0
 104    nky                  = 0
 105    nkz                  = 0
 106    pme-order            = 4
 107    ewald-rtol           = 1e-05
 108    ewald-geometry       = 0
 109    epsilon-surface      = 0
 110    optimize-fft         = FALSE
 111    ePBC                 = xyz
 112    bPeriodicMols        = FALSE
 113    bContinuation        = FALSE
 114    bShakeSOR            = FALSE
 115    etc                  = Berendsen
 116    bPrintNHChains       = FALSE
 117    nsttcouple           = 10
 118    epc                  = No
 119    epctype              = Isotropic
 120    nstpcouple           = -1
 121    tau-p                = 0.5
 122    ref-p (3x3):
 123       ref-p[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 124       ref-p[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 125       ref-p[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 126    compress (3x3):
 127       compress[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 128       compress[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 129       compress[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 130    refcoord-scaling     = No
 131    posres-com (3):
 132       posres-com[0]= 0.00000e+00
 133       posres-com[1]= 0.00000e+00
 134       posres-com[2]= 0.00000e+00
 135    posres-comB (3):
 136       posres-comB[0]= 0.00000e+00
 137       posres-comB[1]= 0.00000e+00
 138       posres-comB[2]= 0.00000e+00
 139    verlet-buffer-drift  = 0.005
 140    rlist                = 1
 141    rlistlong            = 1
 142    nstcalclr            = 0
 143    rtpi                 = 0.05
 144    coulombtype          = Cut-off
 145    coulomb-modifier     = None
 146    rcoulomb-switch      = 0
 147    rcoulomb             = 1
 148    vdwtype              = Cut-off
 149    vdw-modifier         = None
 150    rvdw-switch          = 0
 151    rvdw                 = 1
 152    epsilon-r            = 1
 153    epsilon-rf           = 1
 154    tabext               = 1
 155    implicit-solvent     = No
 156    gb-algorithm         = Still
 157    gb-epsilon-solvent   = 80
 158    nstgbradii           = 1
 159    rgbradii             = 2
 160    gb-saltconc          = 0
 161    gb-obc-alpha         = 1
 162    gb-obc-beta          = 0.8
 163    gb-obc-gamma         = 4.85
 164    gb-dielectric-offset = 0.009
 165    sa-algorithm         = Ace-approximation
 166    sa-surface-tension   = 2.05016
 167    DispCorr             = No
 168    bSimTemp             = FALSE
 169    free-energy          = no
 170    nwall                = 0
 171    wall-type            = 9-3
 172    wall-atomtype[0]     = -1
 173    wall-atomtype[1]     = -1
 174    wall-density[0]      = 0
 175    wall-density[1]      = 0
 176    wall-ewald-zfac      = 3
 177    pull                 = no
 178    rotation             = FALSE
 179    disre                = No
 180    disre-weighting      = Equal
 181    disre-mixed          = FALSE
 182    dr-fc                = 1000
 183    dr-tau               = 0
 184    nstdisreout          = 100
 185    orires-fc            = 0
 186    orires-tau           = 0
 187    nstorireout          = 100
 188    dihre-fc             = 0
 189    em-stepsize          = 0.01
 190    em-tol               = 100
 191    niter                = 20
 192    fc-stepsize          = 0
 193    nstcgsteep           = 1000
 194    nbfgscorr            = 10
 195    ConstAlg             = Lincs
 196    shake-tol            = 0.0001
 197    lincs-order          = 4
 198    lincs-warnangle      = 30
 199    lincs-iter           = 1
 200    bd-fric              = 0
 201    ld-seed              = 1993
 202    cos-accel            = 0
 203    deform (3x3):
 204       deform[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 205       deform[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 206       deform[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}
 207    adress               = FALSE
 208    userint1             = 0
 209    userint2             = 0
 210    userint3             = 0
 211    userint4             = 0
 212    userreal1            = 0
 213    userreal2            = 0
 214    userreal3            = 0
 215    userreal4            = 0
 216 grpopts:
 217    nrdf:        1122
 218    ref-t:         270
 219    tau-t:         0.1
 220 anneal:          No
 221 ann-npoints:           0
 222    acc:            0           0           0
 223    nfreeze:           N           N           N
 224    energygrp-flags[  0]: 0
 225    efield-x:
 226       n = 0
 227    efield-xt:
 228       n = 0
 229    efield-y:
 230       n = 0
 231    efield-yt:
 232       n = 0
 233    efield-z:
 234       n = 0
 235    efield-zt:
 236       n = 0
 237    bQMMM                = FALSE
 238    QMconstraints        = 0
 239    QMMMscheme           = 0
 240    scalefactor          = 1
 241 qm-opts:
 242    ngQM                 = 0
 243
 244 Detecting CPU-specific acceleration.
 245 Present hardware specification:
 246 Vendor: AuthenticAMD
 247 Brand:  AMD Opteron(tm) Processor 6176
 248 Family: 16  Model:  9  Stepping:  1
 249 Features: apic clfsh cmov cx8 cx16 htt lahf_lm misalignsse mmx msr nonstop_tsc pdpe1gb popcnt pse rdtscp sse2 sse3 sse4a
 250 Acceleration most likely to fit this hardware: SSE2
 251 Acceleration selected at GROMACS compile time: None
 252
 253
 254 Binary not matching hardware - you might be losing performance.
 255 Acceleration most likely to fit this hardware: SSE2
 256 Acceleration selected at GROMACS compile time: None
 257
 258 Table routines are used for coulomb: FALSE
 259 Table routines are used for vdw:     FALSE
 260 Cut-off's:   NS: 1   Coulomb: 1   LJ: 1
 261 System total charge: 0.000
 262 Potential shift: LJ r^-12: 0.000 r^-6 0.000, Coulomb 0.000
 263 Removing pbc first time
 264
 265 Initializing LINear Constraint Solver
 266
 267 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
 268 B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije
 269 LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations
 270 J. Comp. Chem. 18 (1997) pp. 1463-1472
 271 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
 272
 273 The number of constraints is 375
 274 Center of mass motion removal mode is Linear
 275 We have the following groups for center of mass motion removal:
 276   0:  rest
 277
 278 ++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
 279 H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak
 280 Molecular dynamics with coupling to an external bath
 281 J. Chem. Phys. 81 (1984) pp. 3684-3690
 282 -------- -------- --- Thank You --- -------- --------
 283
 284 There are: 500 Atoms
 285 Max number of connections per atom is 7
 286 Total number of connections is 2500
 287 Max number of graph edges per atom is 2
 288 Total number of graph edges is 750
 289
 290 Constraining the starting coordinates (step 0)
 291
 292 Constraining the coordinates at t0-dt (step 0)
 293 RMS relative constraint deviation after constraining: 1.44e-14
 294 Initial temperature: 7.62351e-10 K
 295
 296 Started mdrun on node 0 Thu Dec 20 14:16:54 2012
 297
 298            Step           Time         Lambda
 299               0        0.00000        0.00000
 300
 301
 302 Grid: 4 x 4 x 4 cells
 303    Energies (kJ/mol)
 304           Angle Ryckaert-Bell.        LJ (SR)   Coulomb (SR)      Potential
 305     3.12043e+00    3.77106e+00   -3.97643e+03    0.00000e+00   -3.96954e+03
 306     Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
 307     8.53746e-03   -3.96953e+03    1.83033e-03   -7.03618e+02    3.61978e-11
 308
 309            Step           Time         Lambda
 310              20        0.02000        0.00000
 311
 312 Writing checkpoint, step 20 at Thu Dec 20 14:16:54 2012
 313
 314
 315    Energies (kJ/mol)
 316           Angle Ryckaert-Bell.        LJ (SR)   Coulomb (SR)      Potential
 317     1.11347e+00    3.58142e+00   -3.97756e+03    0.00000e+00   -3.97287e+03
 318     Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
 319     4.36430e+00   -3.96850e+03    9.35653e-01   -3.78248e+02    6.15510e-11
 320
 321         <======  ###############  ==>
 322         <====  A V E R A G E S  ====>
 323         <==  ###############  ======>
 324
 325         Statistics over 21 steps using 21 frames
 326
 327    Energies (kJ/mol)
 328           Angle Ryckaert-Bell.        LJ (SR)   Coulomb (SR)      Potential
 329     1.94845e+00    3.70400e+00   -3.97686e+03    0.00000e+00   -3.97121e+03
 330     Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
 331     2.13613e+00   -3.96907e+03    4.57961e-01   -5.84126e+02    0.00000e+00
 332
 333    Total Virial (kJ/mol)
 334     2.88662e+02    1.15694e+01   -1.18250e+01
 335     1.15694e+01    2.74859e+02   -5.03694e+00
 336    -1.18250e+01   -5.03694e+00    2.26986e+02
 337
 338    Pressure (bar)
 339    -6.40057e+02   -2.57982e+01    2.61376e+01
 340    -2.57982e+01   -6.09270e+02    1.11575e+01
 341     2.61376e+01    1.11575e+01   -5.03051e+02
 342
 343
 344         M E G A - F L O P S   A C C O U N T I N G
 345
 346  NB=Group-cutoff nonbonded kernels    NxN=N-by-N cluster Verlet kernels
 347  RF=Reaction-Field  VdW=Van der Waals  QSTab=quadratic-spline table
 348  W3=SPC/TIP3p  W4=TIP4p (single or pairs)
 349  V&F=Potential and force  V=Potential only  F=Force only
 350
 351  Computing:                               M-Number         M-Flops  % Flops
 352 -----------------------------------------------------------------------------
 353  NB VdW [V&F]                            23.622001          23.622    70.3
 354  NS-Pairs                                 0.314218           6.599    19.6
 355  Reset In Box                             0.001500           0.005     0.0
 356  Shift-X                                  0.021000           0.126     0.4
 357  CG-CoM                                   0.001500           0.005     0.0
 358  Angles                                   0.005250           0.882     2.6
 359  RB-Dihedrals                             0.002625           0.648     1.9
 360  Virial                                   0.011445           0.206     0.6
 361  Stop-CM                                  0.011000           0.110     0.3
 362  Calc-Ekin                                0.011000           0.297     0.9
 363  Lincs                                    0.008625           0.517     1.5
 364  Lincs-Mat                                0.069000           0.276     0.8
 365  Constraint-V                             0.016500           0.132     0.4
 366  Constraint-Vir                           0.007875           0.189     0.6
 367 -----------------------------------------------------------------------------
 368  Total                                                      33.613   100.0
 369 -----------------------------------------------------------------------------
 370
 371
 372      R E A L   C Y C L E   A N D   T I M E   A C C O U N T I N G
 373
 374  Computing:         Nodes   Th.     Count  Wall t (s)     G-Cycles       %
 375 -----------------------------------------------------------------------------
 376  Neighbor search        1    1          3       0.032        0.075    24.6
 377  Force                  1    1         21       0.075        0.174    57.1
 378  Write traj.            1    1          2       0.011        0.026     8.7
 379  Update                 1    1         21       0.001        0.002     0.5
 380  Constraints            1    1         21       0.007        0.016     5.2
 381  Rest                   1                       0.005        0.012     4.0
 382 -----------------------------------------------------------------------------
 383  Total                  1                       0.132        0.305   100.0
 384 -----------------------------------------------------------------------------
 385
 386                Core t (s)   Wall t (s)        (%)
 387        Time:        0.120        0.132       91.2
 388                  (ns/day)    (hour/ns)
 389 Performance:       13.795        1.740
 390 Finished mdrun on node 0 Thu Dec 20 14:16:54 2012