share/hoomd/examples/init_reset

   1 hoomd_script::init::create_random hoomd_script::pair::lj hoomd_script::integrate::mode_standard hoomd_script::integrate::nvt hoomd_script::init::reset
   2 # Due to deficiencies in doxygen, the commands used in this example are listed explicitly here
   3 # run this script with "python -x filename" to skip the first line, or remove this header
   4
   5 # ---- init_reset.py ----
   6 from hoomd_script import *
   7
   8 # create a list ranging from 1000 to 2000 in steps of 100
   9 size_array = range(1000,2000,100)
  10
  11 # loop over the system sizes in the array
  12 for size in size_array:
  13     # create size random particles of name A
  14     init.create_random(N=size, phi_p=0.01, name='A')
  15
  16     # specify Lennard-Jones interactions between particle pairs
  17     lj = pair.lj(r_cut=3.0)
  18     lj.pair_coeff.set('A', 'A', epsilon=1.0, sigma=1.0)
  19
  20     # integrate at constant temperature
  21     all = group.all()
  22     integrate.mode_standard(dt=0.005)
  23     integrate.nvt(group=all, T=1.2, tau=0.5)
  24
  25     # run 10,000 time steps
  26     run(10e3)
  27
  28     # we need to clear all saved variables before resetting and
  29     # starting the next simulation so there is no memory leak
  30     del lj
  31     init.reset()
  32