share/hoomd/examples/init_xml

   1 hoomd_script::init::read_xml hoomd_script::dump::dcd hoomd_script::pair::lj hoomd_script::bond::harmonic hoomd_script::integrate::mode_standard hoomd_script::integrate::nvt
   2 # Due to deficiencies in doxygen, the commands used in this example are listed explicitly here
   3 # run this script with "python -x filename" to skip the first line, or remove this header
   4
   5 # ---- init_xml.py ----
   6 from hoomd_script import *
   7 import math
   8
   9 # read in the file
  10 init.read_xml(filename="init_xml.xml")
  11
  12 # example4.xml defines a single polymer: use the same force field as in example 3
  13 # force field setup
  14 harmonic = bond.harmonic()
  15 harmonic.set_coeff('polymer', k=330.0, r0=0.84)
  16 lj = pair.lj(r_cut=3.0)
  17 lj.pair_coeff.set('A', 'A', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=0.0)
  18 lj.pair_coeff.set('A', 'B', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=0.0)
  19 lj.pair_coeff.set('B', 'B', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=1.0)
  20
  21 # dump every few steps
  22 dump.dcd(filename="init_xml.dcd", period=10)
  23
  24 # integrate NVT for a bunch of time steps
  25 all = group.all()
  26 integrate.mode_standard(dt=0.005)
  27 integrate.nvt(group=all, T=1.2, tau=0.5)
  28 run(2000)