doc/user/credits.dox

   1 /*
   2 Highly Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics -- Blue Edition
   3 (HOOMD-blue) Open Source Software License Copyright 2009-2014 The Regents of
   4 the University of Michigan All rights reserved.
   5
   6 HOOMD-blue may contain modifications ("Contributions") provided, and to which
   7 copyright is held, by various Contributors who have granted The Regents of the
   8 University of Michigan the right to modify and/or distribute such Contributions.
   9
  10 You may redistribute, use, and create derivate works of HOOMD-blue, in source
  11 and binary forms, provided you abide by the following conditions:
  12
  13 * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
  14 list of conditions, and the following disclaimer both in the code and
  15 prominently in any materials provided with the distribution.
  16
  17 * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, this
  18 list of conditions, and the following disclaimer in the documentation and/or
  19 other materials provided with the distribution.
  20
  21 * All publications and presentations based on HOOMD-blue, including any reports
  22 or published results obtained, in whole or in part, with HOOMD-blue, will
  23 acknowledge its use according to the terms posted at the time of submission on:
  24 http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue/citations.html
  25
  26 * Any electronic documents citing HOOMD-Blue will link to the HOOMD-Blue website:
  27 http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue/
  28
  29 * Apart from the above required attributions, neither the name of the copyright
  30 holder nor the names of HOOMD-blue's contributors may be used to endorse or
  31 promote products derived from this software without specific prior written
  32 permission.
  33
  34 Disclaimer
  35
  36 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDER AND CONTRIBUTORS ``AS IS'' AND
  37 ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
  38 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, AND/OR ANY
  39 WARRANTIES THAT THIS SOFTWARE IS FREE OF INFRINGEMENT ARE DISCLAIMED.
  40
  41 IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT,
  42 INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING,
  43 BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
  44 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF
  45 LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE
  46 OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
  47 ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  48 */
  49
  50
  51 /*!
  52 \page page_credits Credits
  53
  54 <hr>
  55 <h1>HOOMD-blue Developers:</h1>
  56 <hr>
  57 Joshua Anderson, University of Michigan - <b>Lead developer</b>
  58
  59 Alex Travesset, Iowa State University and Ames Laboratory
  60
  61 Rastko Sknepnek, Northwestern
  62  - integrate.npt
  63  - pair.morse
  64
  65 Carolyn Phillips, University of Michigan
  66  - dihedral.table
  67  - angle.table
  68  - bond.table
  69  - pair.dpdlj
  70  - pair.dpd
  71  - pair.dpd_conservative
  72  - integrate.bdnvt
  73  - bond.fene
  74  - pair.slj
  75  - Initial testing and debugging of HOOMD on Mac OS X systems
  76
  77 Aaron Keys, University of Michigan
  78   - update.enforce2d and other updates enabling to 2D simulations
  79   - hoomd c++ compilation helper script
  80   - binary restart files
  81   - integrate.mode_minimize_fire
  82
  83 Axel Kohlmeyer, David LeBard, Ben Levine, from the ICMS group at Temple University
  84   - pair.cgcmm
  85   - angle.harmonic
  86   - angle.cgcmm
  87   - dihedral.harmonic
  88   - improper.harmonic
  89   - numerous other small contributions enhancing the usability of HOOMD
  90
  91 Igor Morozov, Andrey Kazennov, Roman Bystryi, Joint Institute for High Temperatures of RAS (Moscow, Russia)
  92   - pair.eam
  93
  94 Philipp Mertmann, Ruhr University Bochum
  95  - charge.pppm
  96  - pair.ewald
  97
  98 Stephen Barr, Princeton University
  99  - charge.pppm
 100  - pair.ewald
 101
 102 Greg van Anders, Benjamin Schultz, University of Michigan
 103  - refactoring of ForceCompute
 104
 105 Eric Irrgang, University of Michigan
 106  - RPM packaging and daily builds
 107
 108 Ross Smith, University of Michigan
 109  - Deb packaging and daily builds
 110
 111 Peter Palm, Jens Glaser, Leipzig University
 112  - group functionality in force.constant
 113  - misc bug fixes
 114  - conversion of bond forces to template evaluator implementation
 115
 116 Jens Glaser, University of Michigan
 117  - integrate.npt anisotropic integration (mkt)
 118  - pair.force_shifted_lj
 119  - Dynamic addition/removal of bonds
 120  - Computation of virial and pressure tensor
 121  - integrate.nph
 122  - Framework for external potentials
 123  - external.periodic
 124  - ParticleData refactoring
 125  - MPI communication
 126  - Optimization of MPI communication for strong scaling
 127  - Neighborlist and pair force performance improvements (multiple threads per particle)
 128  - Enable cell based neighbor list on small boxes
 129  - Testing of angle.table and dihedral.table
 130  - Replicate command
 131
 132 Pavani Medapuram, University of Minnesota
 133  - Framework for external potentials
 134  - external.periodic
 135
 136 Brandon D. Smith, University of Michigan
 137  - full double precision compile time option
 138  - integrate.berendsen
 139  - pair.tersoff
 140
 141 Trung Dac Nguyen, University of Michigan
 142  - integreate.nve_rigid
 143  - integrate.bdnvt_rigid
 144  - integrate.nvt_rigid
 145  - integrate.npt_rigid
 146  - integrate.mode_minimize_rigid_fire
 147  - associated rigid body data structures and helper functions
 148  - integrate.nph_rigid
 149
 150 Ryan Marson, University of Michigan
 151  - unwrap_rigid option to dump.dcd
 152
 153 David Tarjan, University of Virginia
 154  - performance tweaks to the neighbor list and pair force code
 155
 156 <hr>
 157 <h1>Source code</h1>
 158 <hr>
 159 <b>HOOMD:</b> HOOMD-blue is a continuation of the HOOMD project (http://www.ameslab.gov/hoomd/). The code from the original project is used under
 160 the following license:<br>
 161
 162 \verbatim
 163 Highly Optimized Object-Oriented Molecular Dynamics (HOOMD) Open
 164 Source Software License
 165 Copyright (c) 2008 Ames Laboratory Iowa State University
 166 All rights reserved.
 167
 168 Redistribution and use of HOOMD, in source and binary forms, with or
 169 without modification, are permitted, provided that the following
 170 conditions are met:
 171
 172 * Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
 173 this list of conditions and the following disclaimer.
 174
 175 * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 176 notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 177 documentation and/or other materials provided with the distribution.
 178
 179 * Neither the name of the copyright holder nor the names HOOMD's
 180 contributors may be used to endorse or promote products derived from this
 181 software without specific prior written permission.
 182
 183 Disclaimer
 184
 185 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDER AND
 186 CONTRIBUTORS ``AS IS''  AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES,
 187 INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY
 188 AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED.
 189
 190 IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS  BE LIABLE
 191 FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
 192 CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
 193 SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
 194 INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
 195 CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
 196 ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF
 197 THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 198 \endverbatim
 199
 200 <hr>
 201 <b>Sockets code</b> from VMD is used for the IMDInterface to VMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) - Used under the UIUC Open Source License.<br>
 202 <b>Molfile plugin code</b> from VMD is used for generic file format reading and writing - Used under the UIUC Open Source License<br>
 203 \verbatim
 204 University of Illinois Open Source License
 205 Copyright 2006 Theoretical and Computational Biophysics Group,
 206 All rights reserved.
 207
 208 Developed by: Theoretical and Computational Biophysics Group
 209               University of Illinois at Urbana-Champaign
 210               http://www.ks.uiuc.edu/
 211
 212 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
 213 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
 214 the Software without restriction, including without limitation the rights to
 215 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
 216 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
 217 do so, subject to the following conditions:
 218
 219 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
 220 this list of conditions and the following disclaimers.
 221
 222 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
 223 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
 224 and/or other materials provided with the distribution.
 225
 226 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
 227 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
 228 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
 229 specific prior written permission.
 230
 231 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
 232 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
 233 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
 234 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
 235 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
 236 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
 237 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
 238 \endverbatim
 239 <hr>
 240 <b>XML parsing</b> is performed with XML.c from http://www.applied-mathematics.net/tools/xmlParser.html - Used under the BSD License<br>
 241 <br>
 242 Copyright (c) 2002, Frank Vanden Berghen<br>
 243 All rights reserved.<br>
 244 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
 245 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
 246
 247  - Redistributions of source code must retain the above copyright
 248       notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 249  - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 250       notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 251       documentation and/or other materials provided with the distribution.
 252  - Neither the name of the Frank Vanden Berghen nor the
 253       names of its contributors may be used to endorse or promote products
 254       derived from this software without specific prior written permission.
 255
 256 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE REGENTS AND CONTRIBUTORS ``AS IS'' AND ANY
 257 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
 258 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
 259 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE REGENTS AND CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY
 260 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
 261 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
 262 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
 263 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
 264 INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
 265 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 266 <hr>
 267 <b>FindCUDA.cmake</b> (http://www.sci.utah.edu/~abe/FindCuda.html) has been modified slightly and is used as part of the build system - Used under the MIT License<br>
 268 \verbatim
 269 The MIT License
 270
 271 Copyright (c) 2008-2009
 272 NVIDIA Corp.
 273
 274 Copyright (c) 2007-2009
 275 Scientific Computing and Imaging Institute, University of Utah
 276
 277 License for the specific language governing rights and limitations under
 278 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
 279 copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
 280 to deal in the Software without restriction, including without limitation
 281 the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
 282 and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
 283 Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
 284
 285 The above copyright notice and this permission notice shall be included
 286 in all copies or substantial portions of the Software.
 287 \endverbatim
 288 <hr>
 289 <b>Saru</b> is used for random number generation - Used under the following license<br>
 290 Copyright (c) 2008 Steve Worley < m a t h g e e k@(my last name).com >
 291
 292 Permission to use, copy, modify, and distribute this software for any
 293 purpose with or without fee is hereby granted, provided that the above
 294 copyright notice and this permission notice appear in all copies.
 295
 296 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" AND THE AUTHOR DISCLAIMS ALL WARRANTIES
 297 WITH REGARD TO THIS SOFTWARE INCLUDING ALL IMPLIED WARRANTIES OF
 298 MERCHANTABILITY AND FITNESS. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR
 299 ANY SPECIAL, DIRECT, INDIRECT, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGES
 300 WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN
 301 ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF
 302 OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE.
 303 <hr>
 304 Some <b>CUDA API headers</b> are included in the HOOMD-blue source code for code compatibility in CPU only biulds - Used under the following license<br>
 305 \verbatim
 306 Copyright 1993-2008 NVIDIA Corporation.  All rights reserved.
 307
 308 NOTICE TO USER:
 309
 310 This source code is subject to NVIDIA ownership rights under U.S. and
 311 international Copyright laws.  Users and possessors of this source code
 312 are hereby granted a nonexclusive, royalty-free license to use this code
 313 in individual and commercial software.
 314
 315 NVIDIA MAKES NO REPRESENTATION ABOUT THE SUITABILITY OF THIS SOURCE
 316 CODE FOR ANY PURPOSE.  IT IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT EXPRESS OR
 317 IMPLIED WARRANTY OF ANY KIND.  NVIDIA DISCLAIMS ALL WARRANTIES WITH
 318 REGARD TO THIS SOURCE CODE, INCLUDING ALL IMPLIED WARRANTIES OF
 319 MERCHANTABILITY, NONINFRINGEMENT, AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
 320 IN NO EVENT SHALL NVIDIA BE LIABLE FOR ANY SPECIAL, INDIRECT, INCIDENTAL,
 321 OR CONSEQUENTIAL DAMAGES, OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS
 322 OF USE, DATA OR PROFITS,  WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE
 323 OR OTHER TORTIOUS ACTION,  ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE
 324 OR PERFORMANCE OF THIS SOURCE CODE.
 325
 326 U.S. Government End Users.   This source code is a "commercial item" as
 327 that term is defined at  48 C.F.R. 2.101 (OCT 1995), consisting  of
 328 "commercial computer  software"  and "commercial computer software
 329 documentation" as such terms are  used in 48 C.F.R. 12.212 (SEPT 1995)
 330 and is provided to the U.S. Government only as a commercial end item.
 331 Consistent with 48 C.F.R.12.212 and 48 C.F.R. 227.7202-1 through
 332 227.7202-4 (JUNE 1995), all U.S. Government End Users acquire the
 333 source code with only those rights set forth herein.
 334
 335 Any use of this source code in individual and commercial software must
 336 include, in the user documentation and internal comments to the code,
 337 the above Disclaimer and U.S. Government End Users Notice.
 338 \endverbatim
 339
 340 <hr>
 341 FFTs on the CPU reference implementation of PPPM are performed using <b>kissFFT</b> from http://sourceforge.net/projects/kissfft/,
 342 used under the following license
 343 <br>
 344 \verbatim
 345 Copyright (c) 2003-2010 Mark Borgerding
 346
 347 All rights reserved.
 348
 349 Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification,
 350 are permitted provided that the following conditions are met:
 351
 352 * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
 353 list of conditions and the following disclaimer.
 354
 355 * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice, this
 356 list of conditions and the following disclaimer in the documentation and/or
 357 other materials provided with the distribution.
 358
 359 * Neither the author nor the names of any contributors may be used to endorse or
 360 promote products derived from this software without specific prior written
 361 permission.
 362
 363 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
 364 ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
 365 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
 366 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
 367 ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
 368 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
 369 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON
 370 ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
 371 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
 372 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 373 \endverbatim
 374
 375 <hr>
 376 ModernGPU source code is embedded in HOOMD's package and is used for various tasks: http://nvlabs.github.io/moderngpu/
 377
 378 \verbatim
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 402 \endverbatim
 403
 404 <hr>
 405 <h1>Libraries</h1>
 406 <hr>
 407 HOOMD-blue links to the following libraries, possibly statically or dynamically depending on configuration options chosen at build time <br>
 408  - \b boost - Used under the Boost Software License, Version 1.0 (http://www.boost.org/LICENSE_1_0.txt)<br>
 409  - \b zlib - Used under the zlib license (http://www.zlib.net/zlib_license.html)<br>
 410  - \b python - Used under the Python license (http://www.python.org/psf/license/)<br>
 411  - \b cuFFT - Used under the same license as the NVIDIA CUDA toolkit<br>
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 413 <hr>
 414 */