share/hoomd/examples/create_random_polymers

   1 hoomd_script::init::create_random_polymers hoomd_script::dump::xml hoomd_script::dump::dcd hoomd_script::pair::lj hoomd_script::bond::harmonic hoomd_script::integrate::mode_standard hoomd_script::integrate::nvt
   2 # Due to deficiencies in doxygen, the commands used in this example are listed explicitly here
   3 # run this script with "python -x filename" to skip the first line, or remove this header
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   5 # ---- create_random_polymers.py ----
   6 from hoomd_script import *
   7 import math
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   9 # parameters
  10 phi_P = 0.25
  11 n_poly = 600
  12 T = 1.2
  13 polymer1 = dict(bond_len=1.2, type=['A']*6 + ['B']*7 + ['A']*6,
  14                 bond="linear", count=n_poly)
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  16 # perform some simple math to find the length of the box
  17 N = len(polymer1['type']) * polymer1['count']
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  19 # generate the polymer system
  20 init.create_random_polymers(box=data.boxdim(volume=math.pi * N / (6.0 * phi_P)), polymers=[polymer1],
  21                             separation=dict(A=0.35, B=0.35), seed=12)
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  23 # force field setup
  24 harmonic = bond.harmonic()
  25 harmonic.bond_coeff.set('polymer', k=330.0, r0=0.84)
  26 lj = pair.lj(r_cut=3.0)
  27 lj.pair_coeff.set('A', 'A', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=0.0)
  28 lj.pair_coeff.set('A', 'B', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=0.0)
  29 lj.pair_coeff.set('B', 'B', epsilon=1.0, sigma=1.0, alpha=1.0)
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  31 # dump every 100,000 steps
  32 dump.xml(filename="create_random_polymers.xml", vis=True)
  33 dump.dcd(filename="create_random_polymers.dcd", period=100000)
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  35 # integrate NVT for a bunch of time steps
  36 all = group.all()
  37 integrate.mode_standard(dt=0.005)
  38 integrate.nvt(group=all, T=1.2, tau=0.5)
  39 run(2000)
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  41 # uncomment the next run() command if you have a few hours to spare
  42 # running this on a GPU the resulting dump files should show the
  43 # polymers self-assembling into the hex phase
  44 # run(10e6)
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