share/hoomd/examples/angle_table.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
   2 <hoomd_xml>
   3 <configuration time_step="0">
   4 <box Lx="10" Ly="10" Lz="10"/>
   5 <!-- Setup the initial condition to place all particles in a line -->
   6 <position>
   7 -3 0 0
   8 -2 0 0
   9 -1 0 0
  10 0 0 0
  11 1 0 0
  12 2 0 0
  13 3 0 0
  14 </position>
  15 <!-- Name the first 3 particles A and the rest B -->
  16 <type>
  17 A
  18 A
  19 A
  20 B
  21 B
  22 B
  23 B
  24 </type>
  25 <!-- Bond the particles together into a polymer chain -->
  26 <bond>
  27 polymer 0 1
  28 polymer 1 2
  29 polymer 2 3
  30 polymer 3 4
  31 polymer 4 5
  32 polymer 5 6
  33 </bond>
  34 <!-- add angle bonds -->
  35 <angle>
  36 angle 0 1 2
  37 angle 1 2 3
  38 angle 3 4 5
  39 angle 4 5 6
  40 </angle>
  41 <!-- and dihedrals -->
  42 <dihedral>
  43 dihedral 0 1 2 3
  44 dihedral 1 2 3 4
  45 dihedral 3 4 5 6
  46 </dihedral>
  47 </configuration>
  48 </hoomd_xml>