bench/yarv/bm_so_reverse_complement.rb

   1 #!/usr/bin/ruby\r
   2 # The Great Computer Language Shootout\r
   3 # http://shootout.alioth.debian.org/\r
   4 #\r
   5 # Contributed by Peter Bjarke Olsen\r
   6 # Modified by Doug King\r
   7 \r
   8 seq=Array.new\r
   9 \r
  10 def revcomp(seq)\r
  11   seq.reverse!.tr!('wsatugcyrkmbdhvnATUGCYRKMBDHVN','WSTAACGRYMKVHDBNTAACGRYMKVHDBN')\r
  12   stringlen=seq.length\r
  13   0.step(stringlen-1,60) {|x| print seq.slice(x,60) , "\n"}\r
  14 end\r
  15 \r
  16 input = open(File.join(File.dirname($0), 'fasta.output.2500000'), 'rb')\r
  17 \r
  18 while input.gets\r
  19   if $_ =~ />/\r
  20     if seq.length != 0\r
  21       revcomp(seq.join)\r
  22       seq=Array.new\r
  23     end\r
  24     puts $_\r
  25   else\r
  26     $_.sub(/\n/,'')\r
  27     seq.push $_\r
  28   end\r
  29 end\r
  30 revcomp(seq.join)\r