doc/src/bond_fene_expand.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 bond_style fene/expand command :h3
  10 bond_style fene/expand/omp command :h3
  11
  12 [Syntax:]
  13
  14 bond_style fene/expand :pre
  15
  16 [Examples:]
  17
  18 bond_style fene/expand
  19 bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0 0.5 :pre
  20
  21 [Description:]
  22
  23 The {fene/expand} bond style uses the potential
  24
  25 :c,image(Eqs/bond_fene_expand.jpg)
  26
  27 to define a finite extensible nonlinear elastic (FENE) potential
  28 "(Kremer)"_#feneexpand-Kremer, used for bead-spring polymer models.  The first
  29 term is attractive, the 2nd Lennard-Jones term is repulsive.
  30
  31 The {fene/expand} bond style is similar to {fene} except that an extra
  32 shift factor of delta (positive or negative) is added to {r} to
  33 effectively change the bead size of the bonded atoms.  The first term
  34 now extends to R0 + delta and the 2nd term is cutoff at 2^(1/6) sigma
  35 + delta.
  36
  37 The following coefficients must be defined for each bond type via the
  38 "bond_coeff"_bond_coeff.html command as in the example above, or in
  39 the data file or restart files read by the "read_data"_read_data.html
  40 or "read_restart"_read_restart.html commands:
  41
  42 K (energy/distance^2)
  43 R0 (distance)
  44 epsilon (energy)
  45 sigma (distance)
  46 delta (distance) :ul
  47
  48 :line
  49
  50 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  51 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  52 They have been optimized to run faster, depending on your available
  53 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  54 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  55 should produce the same results, except for round-off and precision
  56 issues.
  57
  58 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  59 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  60 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  61 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  62
  63 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  64 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  65 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  66 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  67
  68 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
  69 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
  70
  71 :line
  72
  73 [Restrictions:]
  74
  75 This bond style can only be used if LAMMPS was built with the
  76 MOLECULE package.  See the "Making
  77 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  78
  79 You typically should specify "special_bonds fene"_special_bonds.html
  80 or "special_bonds lj/coul 0 1 1"_special_bonds.html to use this bond
  81 style.  LAMMPS will issue a warning it that's not the case.
  82
  83 [Related commands:]
  84
  85 "bond_coeff"_bond_coeff.html, "delete_bonds"_delete_bonds.html
  86
  87 [Default:] none
  88
  89 :line
  90
  91 :link(feneexpand-Kremer)
  92 [(Kremer)] Kremer, Grest, J Chem Phys, 92, 5057 (1990).