doc/src/compute_com_chunk.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute com/chunk command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID com/chunk chunkID :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 com/chunk = style name of this compute command
  17 chunkID = ID of "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command :ul
  18
  19 [Examples:]
  20
  21 compute 1 fluid com/chunk molchunk :pre
  22
  23 [Description:]
  24
  25 Define a computation that calculates the center-of-mass for multiple
  26 chunks of atoms.
  27
  28 In LAMMPS, chunks are collections of atoms defined by a "compute
  29 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command, which assigns each atom
  30 to a single chunk (or no chunk).  The ID for this command is specified
  31 as chunkID.  For example, a single chunk could be the atoms in a
  32 molecule or atoms in a spatial bin.  See the "compute
  33 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html doc page and "Section
  34 6.23"_Section_howto.html#howto_23 for details of how chunks can be
  35 defined and examples of how they can be used to measure properties of
  36 a system.
  37
  38 This compute calculates the x,y,z coordinates of the center-of-mass
  39 for each chunk, which includes all effects due to atoms passing thru
  40 periodic boundaries.
  41
  42 Note that only atoms in the specified group contribute to the
  43 calculation.  The "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command
  44 defines its own group; atoms will have a chunk ID = 0 if they are not
  45 in that group, signifying they are not assigned to a chunk, and will
  46 thus also not contribute to this calculation.  You can specify the
  47 "all" group for this command if you simply want to include atoms with
  48 non-zero chunk IDs.
  49
  50 NOTE: The coordinates of an atom contribute to the chunk's
  51 center-of-mass in "unwrapped" form, by using the image flags
  52 associated with each atom.  See the "dump custom"_dump.html command
  53 for a discussion of "unwrapped" coordinates.  See the Atoms section of
  54 the "read_data"_read_data.html command for a discussion of image flags
  55 and how they are set for each atom.  You can reset the image flags
  56 (e.g. to 0) before invoking this compute by using the "set
  57 image"_set.html command.
  58
  59 The simplest way to output the results of the compute com/chunk
  60 calculation to a file is to use the "fix ave/time"_fix_ave_time.html
  61 command, for example:
  62
  63 compute cc1 all chunk/atom molecule
  64 compute myChunk all com/chunk cc1
  65 fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myChunk\[*\] file tmp.out mode vector :pre
  66
  67 [Output info:]
  68
  69 This compute calculates a global array where the number of rows = the
  70 number of chunks {Nchunk} as calculated by the specified "compute
  71 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command.  The number of columns =
  72 3 for the x,y,z center-of-mass coordinates of each chunk.  These
  73 values can be accessed by any command that uses global array values
  74 from a compute as input.  See "Section
  75 6.15"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
  76 options.
  77
  78 The array values are "intensive".  The array values will be in
  79 distance "units"_units.html.
  80
  81 [Restrictions:] none
  82
  83 [Related commands:]
  84
  85 "compute com"_compute_com.html
  86
  87 [Default:] none