doc/src/compute_dipole_chunk.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute dipole/chunk command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID dipole/chunk chunkID charge-correction :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 dipole/chunk = style name of this compute command
  17 chunkID = ID of "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command
  18 charge-correction = {mass} or {geometry}, use COM or geometric center for charged chunk correction (optional) :ul
  19
  20 [Examples:]
  21
  22 compute 1 fluid dipole/chunk molchunk
  23 compute dw water dipole/chunk 1 geometry :pre
  24
  25 [Description:]
  26
  27 Define a computation that calculates the dipole vector and total dipole
  28 for multiple chunks of atoms.
  29
  30 In LAMMPS, chunks are collections of atoms defined by a "compute
  31 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command, which assigns each atom
  32 to a single chunk (or no chunk).  The ID for this command is specified
  33 as chunkID.  For example, a single chunk could be the atoms in a
  34 molecule or atoms in a spatial bin.  See the "compute
  35 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html doc page and "Section
  36 6.23"_Section_howto.html#howto_23 for details of how chunks can be
  37 defined and examples of how they can be used to measure properties of
  38 a system.
  39
  40 This compute calculates the x,y,z coordinates of the dipole vector
  41 and the total dipole moment for each chunk, which includes all effects
  42 due to atoms passing thru periodic boundaries. For chunks with a net
  43 charge the resulting dipole is made position independent by subtracting
  44 the position vector of the center of mass or geometric center times the
  45 net charge from the computed dipole vector.
  46
  47 Note that only atoms in the specified group contribute to the
  48 calculation.  The "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command
  49 defines its own group; atoms will have a chunk ID = 0 if they are not
  50 in that group, signifying they are not assigned to a chunk, and will
  51 thus also not contribute to this calculation.  You can specify the
  52 "all" group for this command if you simply want to include atoms with
  53 non-zero chunk IDs.
  54
  55 NOTE: The coordinates of an atom contribute to the chunk's
  56 dipole in "unwrapped" form, by using the image flags
  57 associated with each atom.  See the "dump custom"_dump.html command
  58 for a discussion of "unwrapped" coordinates.  See the Atoms section of
  59 the "read_data"_read_data.html command for a discussion of image flags
  60 and how they are set for each atom.  You can reset the image flags
  61 (e.g. to 0) before invoking this compute by using the "set
  62 image"_set.html command.
  63
  64 The simplest way to output the results of the compute com/chunk
  65 calculation to a file is to use the "fix ave/time"_fix_ave_time.html
  66 command, for example:
  67
  68 compute cc1 all chunk/atom molecule
  69 compute myChunk all dipole/chunk cc1
  70 fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myChunk\[*\] file tmp.out mode vector :pre
  71
  72 [Output info:]
  73
  74 This compute calculates a global array where the number of rows = the
  75 number of chunks {Nchunk} as calculated by the specified "compute
  76 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command.  The number of columns =
  77 4 for the x,y,z dipole vector components and the total dipole of each
  78 chunk. These values can be accessed by any command that uses global
  79 array values from a compute as input.  See "Section
  80 6.15"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
  81 options.
  82
  83 The array values are "intensive".  The array values will be in
  84 dipole units, i.e. charge units times distance "units"_units.html.
  85
  86 [Restrictions:] none
  87
  88 [Related commands:]
  89
  90 "compute com/chunk"_compute_com_chunk.html
  91
  92 [Default:] none