doc/src/compute_ke_atom_eff.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute ke/atom/eff command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID ke/atom/eff :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 ke/atom/eff = style name of this compute command :ul
  17
  18 [Examples:]
  19
  20 compute 1 all ke/atom/eff :pre
  21
  22 [Description:]
  23
  24 Define a computation that calculates the per-atom translational
  25 (nuclei and electrons) and radial kinetic energy (electron only) in a
  26 group.  The particles are assumed to be nuclei and electrons modeled
  27 with the "electronic force field"_pair_eff.html.
  28
  29 The kinetic energy for each nucleus is computed as 1/2 m v^2, where m
  30 corresponds to the corresponding nuclear mass, and the kinetic energy
  31 for each electron is computed as 1/2 (me v^2 + 3/4 me s^2), where me
  32 and v correspond to the mass and translational velocity of each
  33 electron, and s to its radial velocity, respectively.
  34
  35 There is a subtle difference between the quantity calculated by this
  36 compute and the kinetic energy calculated by the {ke} or {etotal}
  37 keyword used in thermodynamic output, as specified by the
  38 "thermo_style"_thermo_style.html command. For this compute, kinetic
  39 energy is "translational" plus electronic "radial" kinetic energy,
  40 calculated by the simple formula above. For thermodynamic output, the
  41 {ke} keyword infers kinetic energy from the temperature of the system
  42 with 1/2 Kb T of energy for each (nuclear-only) degree of freedom in
  43 eFF.
  44
  45 NOTE: The temperature in eFF should be monitored via the "compute
  46 temp/eff"_compute_temp_eff.html command, which can be printed with
  47 thermodynamic output by using the "thermo_modify"_thermo_modify.html
  48 command, as shown in the following example:
  49
  50 compute         effTemp all temp/eff
  51 thermo_style    custom step etotal pe ke temp press
  52 thermo_modify   temp effTemp :pre
  53
  54 The value of the kinetic energy will be 0.0 for atoms (nuclei or
  55 electrons) not in the specified compute group.
  56
  57 [Output info:]
  58
  59 This compute calculates a scalar quantity for each atom, which can be
  60 accessed by any command that uses per-atom computes as input.  See
  61 "Section 6.15"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of
  62 LAMMPS output options.
  63
  64 The per-atom vector values will be in energy "units"_units.html.
  65
  66 [Restrictions:]
  67
  68 This compute is part of the USER-EFF package.  It is only enabled if
  69 LAMMPS was built with that package.  See the "Making
  70 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  71
  72 [Related commands:]
  73
  74 "dump custom"_dump.html
  75
  76 [Default:] none