doc/src/compute_pe_atom.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute pe/atom command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID pe/atom keyword ... :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 pe/atom = style name of this compute command
  17 zero or more keywords may be appended
  18 keyword = {pair} or {bond} or {angle} or {dihedral} or {improper} or {kspace} or {fix} :ul
  19
  20 [Examples:]
  21
  22 compute 1 all pe/atom
  23 compute 1 all pe/atom pair
  24 compute 1 all pe/atom pair bond :pre
  25
  26 [Description:]
  27
  28 Define a computation that computes the per-atom potential energy for
  29 each atom in a group.  See the "compute pe"_compute_pe.html command if
  30 you want the potential energy of the entire system.
  31
  32 The per-atom energy is calculated by the various pair, bond, etc
  33 potentials defined for the simulation.  If no extra keywords are
  34 listed, then the potential energy is the sum of pair, bond, angle,
  35 dihedral,improper, kspace (long-range), and fix energy.  I.e. it is as
  36 if all the keywords were listed.  If any extra keywords are listed,
  37 then only those components are summed to compute the potential energy.
  38
  39 Note that the energy of each atom is due to its interaction with all
  40 other atoms in the simulation, not just with other atoms in the group.
  41
  42 For an energy contribution produced by a small set of atoms (e.g. 4
  43 atoms in a dihedral or 3 atoms in a Tersoff 3-body interaction), that
  44 energy is assigned in equal portions to each atom in the set.
  45 E.g. 1/4 of the dihedral energy to each of the 4 atoms.
  46
  47 The "dihedral_style charmm"_dihedral_charmm.html style calculates
  48 pairwise interactions between 1-4 atoms.  The energy contribution of
  49 these terms is included in the pair energy, not the dihedral energy.
  50
  51 The KSpace contribution is calculated using the method in
  52 "(Heyes)"_#Heyes for the Ewald method and a related method for PPPM,
  53 as specified by the "kspace_style pppm"_kspace_style.html command.
  54 For PPPM, the calcluation requires 1 extra FFT each timestep that
  55 per-atom energy is calculated.  This "document"_PDF/kspace.pdf
  56 describes how the long-range per-atom energy calculation is performed.
  57
  58 Various fixes can contribute to the per-atom potential energy of the
  59 system if the {fix} contribution is included.  See the doc pages for
  60 "individual fixes"_fix.html for details of which ones compute a
  61 per-atom potential energy.
  62
  63 NOTE: The "fix_modify energy yes"_fix_modify.html command must also be
  64 specified if a fix is to contribute per-atom potential energy to this
  65 command.
  66
  67 As an example of per-atom potential energy compared to total potential
  68 energy, these lines in an input script should yield the same result
  69 in the last 2 columns of thermo output:
  70
  71 compute        peratom all pe/atom
  72 compute        pe all reduce sum c_peratom
  73 thermo_style   custom step temp etotal press pe c_pe :pre
  74
  75 NOTE: The per-atom energy does not include any Lennard-Jones tail
  76 corrections to the energy added by the "pair_modify tail
  77 yes"_pair_modify.html command, since those are contributions to the
  78 global system energy.
  79
  80 [Output info:]
  81
  82 This compute calculates a per-atom vector, which can be accessed by
  83 any command that uses per-atom values from a compute as input.  See
  84 "Section 6.15"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of
  85 LAMMPS output options.
  86
  87 The per-atom vector values will be in energy "units"_units.html.
  88
  89 [Restrictions:]
  90
  91 [Related commands:]
  92
  93 "compute pe"_compute_pe.html, "compute
  94 stress/atom"_compute_stress_atom.html
  95
  96 [Default:] none
  97
  98 :line
  99
 100 :link(Heyes)
 101 [(Heyes)] Heyes, Phys Rev B 49, 755 (1994),