doc/src/compute_property_atom.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute property/atom command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID property/atom input1 input2 ... :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command :ulb,l
  16 property/atom = style name of this compute command :l
  17 input = one or more atom attributes :l
  18   possible attributes = id, mol, proc, type, mass,
  19                         x, y, z, xs, ys, zs, xu, yu, zu, ix, iy, iz,
  20                         vx, vy, vz, fx, fy, fz,
  21                         q, mux, muy, muz, mu,
  22                         radius, diameter, omegax, omegay, omegaz,
  23                         angmomx, angmomy, angmomz,
  24                         shapex,shapey, shapez,
  25                         quatw, quati, quatj, quatk, tqx, tqy, tqz,
  26                         end1x, end1y, end1z, end2x, end2y, end2z,
  27                         corner1x, corner1y, corner1z,
  28                         corner2x, corner2y, corner2z,
  29                         corner3x, corner3y, corner3z,
  30                         nbonds,
  31                         vfrac, s0,
  32                         spin, eradius, ervel, erforce,
  33                         rho, drho, e, de, cv,
  34                         i_name, d_name :pre
  35       id = atom ID
  36       mol = molecule ID
  37       proc = ID of processor that owns atom
  38       type = atom type
  39       mass = atom mass
  40       x,y,z = unscaled atom coordinates
  41       xs,ys,zs = scaled atom coordinates
  42       xu,yu,zu = unwrapped atom coordinates
  43       ix,iy,iz = box image that the atom is in
  44       vx,vy,vz = atom velocities
  45       fx,fy,fz = forces on atoms
  46       q = atom charge
  47       mux,muy,muz = orientation of dipole moment of atom
  48       mu = magnitude of dipole moment of atom
  49       radius,diameter = radius,diameter of spherical particle
  50       omegax,omegay,omegaz = angular velocity of spherical particle
  51       angmomx,angmomy,angmomz = angular momentum of aspherical particle
  52       shapex,shapey,shapez = 3 diameters of aspherical particle
  53       quatw,quati,quatj,quatk = quaternion components for aspherical or body particles
  54       tqx,tqy,tqz = torque on finite-size particles
  55       end12x, end12y, end12z = end points of line segment
  56       corner123x, corner123y, corner123z = corner points of triangle
  57       nbonds = number of bonds assigned to an atom :pre
  58
  59       PERI package per-atom properties:
  60       vfrac = ???
  61       s0 = ??? :pre
  62
  63       USER-EFF and USER-AWPMD package per-atom properties:
  64       spin = electron spin
  65       eradius = electron radius
  66       ervel = electron radial velocity
  67       erforce = electron radial force :pre
  68
  69       USER-SPH package per-atom properties:
  70       rho = ???
  71       drho = ???
  72       e = ???
  73       de = ???
  74       cv = ??? :pre
  75
  76       "fix property/atom"_fix_property_atom.html per-atom properties:
  77       i_name = custom integer vector with name
  78       d_name = custom integer vector with name :pre
  79 :ule
  80
  81 [Examples:]
  82
  83 compute 1 all property/atom xs vx fx mux
  84 compute 2 all property/atom type
  85 compute 1 all property/atom ix iy iz :pre
  86
  87 [Description:]
  88
  89 Define a computation that simply stores atom attributes for each atom
  90 in the group.  This is useful so that the values can be used by other
  91 "output commands"_Section_howto.html#howto_15 that take computes as
  92 inputs.  See for example, the "compute reduce"_compute_reduce.html,
  93 "fix ave/atom"_fix_ave_atom.html, "fix ave/histo"_fix_ave_histo.html,
  94 "fix ave/chunk"_fix_ave_chunk.html, and "atom-style
  95 variable"_variable.html commands.
  96
  97 The list of possible attributes is the same as that used by the "dump
  98 custom"_dump.html command, which describes their meaning, with some
  99 additional quantities that are only defined for certain "atom
 100 styles"_atom_style.html.  Basically, this augmented list gives an
 101 input script access to any per-atom quantity stored by LAMMPS.
 102
 103 The values are stored in a per-atom vector or array as discussed
 104 below.  Zeroes are stored for atoms not in the specified group or for
 105 quantities that are not defined for a particular particle in the group
 106 (e.g. {shapex} if the particle is not an ellipsoid).
 107
 108 The additional quantities only accessible via this command, and not
 109 directly via the "dump custom"_dump.html command, are as follows.
 110
 111 {Shapex}, {shapey}, and {shapez} are defined for ellipsoidal particles
 112 and define the 3d shape of each particle.
 113
 114 {Quatw}, {quati}, {quatj}, and {quatk} are defined for ellipsoidal
 115 particles and body particles and store the 4-vector quaternion
 116 representing the orientation of each particle.  See the "set"_set.html
 117 command for an explanation of the quaternion vector.
 118
 119 {End1x}, {end1y}, {end1z}, {end2x}, {end2y}, {end2z}, are defined for
 120 line segment particles and define the end points of each line segment.
 121
 122 {Corner1x}, {corner1y}, {corner1z}, {corner2x}, {corner2y},
 123 {corner2z}, {corner3x}, {corner3y}, {corner3z}, are defined for
 124 triangular particles and define the corner points of each triangle.
 125
 126 {Nbonds} is available for all molecular atom styles and refers to the
 127 number of explicit bonds assigned to an atom.  Note that if the
 128 "newton bond"_newton.html command is set to {on}, which is the
 129 default, then every bond in the system is assigned to only one of the
 130 two atoms in the bond.  Thus a bond between atoms I,J may be tallied
 131 for either atom I or atom J.  If "newton bond off"_newton.html is set,
 132 it will be tallied with both atom I and atom J.
 133
 134 The {i_name} and {d_name} attributes refer to custom integer and
 135 floating-point properties that have been added to each atom via the
 136 "fix property/atom"_fix_property_atom.html command.  When that command
 137 is used specific names are given to each attribute which are what is
 138 specified as the "name" portion of {i_name} or {d_name}.
 139
 140 [Output info:]
 141
 142 This compute calculates a per-atom vector or per-atom array depending
 143 on the number of input values.  If a single input is specified, a
 144 per-atom vector is produced.  If two or more inputs are specified, a
 145 per-atom array is produced where the number of columns = the number of
 146 inputs.  The vector or array can be accessed by any command that uses
 147 per-atom values from a compute as input.  See "this
 148 section"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
 149 options.
 150
 151 The vector or array values will be in whatever "units"_units.html the
 152 corresponding attribute is in, e.g. velocity units for vx, charge
 153 units for q, etc.
 154
 155 [Restrictions:] none
 156
 157 [Related commands:]
 158
 159 "dump custom"_dump.html, "compute reduce"_compute_reduce.html, "fix
 160 ave/atom"_fix_ave_atom.html, "fix ave/chunk"_fix_ave_chunk.html,
 161 "fix property/atom"_fix_property_atom.html
 162
 163 [Default:] none