doc/src/compute_temp_com.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute temp/com command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID temp/com :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 temp/com = style name of this compute command :ul
  17
  18 [Examples:]
  19
  20 compute 1 all temp/com
  21 compute myTemp mobile temp/com :pre
  22
  23 [Description:]
  24
  25 Define a computation that calculates the temperature of a group of
  26 atoms, after subtracting out the center-of-mass velocity of the group.
  27 This is useful if the group is expected to have a non-zero net
  28 velocity for some reason.  A compute of this style can be used by any
  29 command that computes a temperature,
  30 e.g. "thermo_modify"_thermo_modify.html, "fix
  31 temp/rescale"_fix_temp_rescale.html, "fix npt"_fix_nh.html, etc.
  32
  33 After the center-of-mass velocity has been subtracted from each atom,
  34 the temperature is calculated by the formula KE = dim/2 N k T, where
  35 KE = total kinetic energy of the group of atoms (sum of 1/2 m v^2),
  36 dim = 2 or 3 = dimensionality of the simulation, N = number of atoms
  37 in the group, k = Boltzmann constant, and T = temperature.
  38
  39 A kinetic energy tensor, stored as a 6-element vector, is also
  40 calculated by this compute for use in the computation of a pressure
  41 tensor.  The formula for the components of the tensor is the same as
  42 the above formula, except that v^2 is replaced by vx*vy for the xy
  43 component, etc.  The 6 components of the vector are ordered xx, yy,
  44 zz, xy, xz, yz.
  45
  46 The number of atoms contributing to the temperature is assumed to be
  47 constant for the duration of the run; use the {dynamic} option of the
  48 "compute_modify"_compute_modify.html command if this is not the case.
  49
  50 The removal of the center-of-mass velocity by this fix is essentially
  51 computing the temperature after a "bias" has been removed from the
  52 velocity of the atoms.  If this compute is used with a fix command
  53 that performs thermostatting then this bias will be subtracted from
  54 each atom, thermostatting of the remaining thermal velocity will be
  55 performed, and the bias will be added back in.  Thermostatting fixes
  56 that work in this way include "fix nvt"_fix_nh.html, "fix
  57 temp/rescale"_fix_temp_rescale.html, "fix
  58 temp/berendsen"_fix_temp_berendsen.html, and "fix
  59 langevin"_fix_langevin.html.
  60
  61 This compute subtracts out degrees-of-freedom due to fixes that
  62 constrain molecular motion, such as "fix shake"_fix_shake.html and
  63 "fix rigid"_fix_rigid.html.  This means the temperature of groups of
  64 atoms that include these constraints will be computed correctly.  If
  65 needed, the subtracted degrees-of-freedom can be altered using the
  66 {extra} option of the "compute_modify"_compute_modify.html command.
  67
  68 See "this howto section"_Section_howto.html#howto_16 of the manual for
  69 a discussion of different ways to compute temperature and perform
  70 thermostatting.
  71
  72 [Output info:]
  73
  74 This compute calculates a global scalar (the temperature) and a global
  75 vector of length 6 (KE tensor), which can be accessed by indices 1-6.
  76 These values can be used by any command that uses global scalar or
  77 vector values from a compute as input.  See "this
  78 section"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
  79 options.
  80
  81 The scalar value calculated by this compute is "intensive".  The
  82 vector values are "extensive".
  83
  84 The scalar value will be in temperature "units"_units.html.  The
  85 vector values will be in energy "units"_units.html.
  86
  87 [Restrictions:] none
  88
  89 [Related commands:]
  90
  91 "compute temp"_compute_temp.html
  92
  93 [Default:] none