doc/src/compute_temp_drude.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute temp/drude command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID temp/drude :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 temp/drude = style name of this compute command :ul
  17
  18 [Examples:]
  19
  20 compute TDRUDE all temp/drude :pre
  21
  22 [Description:]
  23
  24 Define a computation that calculates the temperatures of core-Drude
  25 pairs. This compute is designed to be used with the
  26 "thermalized Drude oscillator model"_tutorial_drude.html.  Polarizable
  27 models in LAMMPS are described in "this
  28 Section"_Section_howto.html#howto_25.
  29
  30 Drude oscillators consist of a core particle and a Drude particle
  31 connected by a harmonic bond, and the relative motion of these Drude
  32 oscillators is usually maintained cold by a specific thermostat that
  33 acts on the relative motion of the core-Drude particle
  34 pairs. Therefore, because LAMMPS considers Drude particles as normal
  35 atoms in its default temperature compute ("compute
  36 temp"_compute_temp.html command), the reduced temperature of the
  37 core-Drude particle pairs is not calculated correctly.
  38
  39 By contrast, this compute calculates the temperature of the cores
  40 using center-of-mass velocities of the core-Drude pairs, and the
  41 reduced temperature of the Drude particles using the relative
  42 velocities of the Drude particles with respect to their cores.
  43 Non-polarizable atoms are considered as cores.  Their velocities
  44 contribute to the temperature of the cores.
  45
  46 [Output info:]
  47
  48 This compute calculates a global scalar (the temperature) and a global
  49 vector of length 6, which can be accessed by indices 1-6, whose components
  50 are
  51
  52 temperature of the centers of mass (temperature units)
  53 temperature of the dipoles (temperature units)
  54 number of degrees of freedom of the centers of mass
  55 number of degrees of freedom of the dipoles
  56 kinetic energy of the centers of mass (energy units)
  57 kinetic energy of the dipoles (energy units) :ol
  58
  59 These values can be used by any command that uses global scalar or
  60 vector values from a compute as input.  See "this
  61 section"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
  62 options.
  63
  64 Both the scalar value and the first two values of the vector
  65 calculated by this compute are "intensive".  The other 4 vector values
  66 are "extensive".
  67
  68 [Restrictions:]
  69
  70 The number of degrees of freedom contributing to the temperature is
  71 assumed to be constant for the duration of the run unless the
  72 {fix_modify} command sets the option {dynamic yes}.
  73
  74 [Related commands:]
  75
  76 "fix drude"_fix_drude.html, "fix
  77 langevin/drude"_fix_langevin_drude.html, "fix
  78 drude/transform"_fix_drude_transform.html, "pair_style
  79 thole"_pair_thole.html, "compute temp"_compute_temp.html
  80
  81 [Default:] none