doc/src/compute_temp_ramp.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute temp/ramp command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID temp/ramp vdim vlo vhi dim clo chi keyword value ... :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 temp/ramp = style name of this compute command
  17 vdim = {vx} or {vy} or {vz}
  18 vlo,vhi = subtract velocities between vlo and vhi (velocity units)
  19 dim = {x} or {y} or {z}
  20 clo,chi = lower and upper bound of domain to subtract from (distance units)
  21 zero or more keyword/value pairs may be appended
  22 keyword = {units} :ul
  23   {units} value = {lattice} or {box} :pre
  24
  25 [Examples:]
  26
  27 compute 2nd middle temp/ramp vx 0 8 y 2 12 units lattice :pre
  28
  29 [Description:]
  30
  31 Define a computation that calculates the temperature of a group of
  32 atoms, after subtracting out an ramped velocity profile before
  33 computing the kinetic energy.  A compute of this style can be used by
  34 any command that computes a temperature,
  35 e.g. "thermo_modify"_thermo_modify.html, "fix
  36 temp/rescale"_fix_temp_rescale.html, "fix npt"_fix_nh.html, etc.
  37
  38 The meaning of the arguments for this command which define the
  39 velocity ramp are the same as for the "velocity ramp"_velocity.html
  40 command which was presumably used to impose the velocity.
  41
  42 After the ramp velocity has been subtracted from the specified
  43 dimension for each atom, the temperature is calculated by the formula
  44 KE = dim/2 N k T, where KE = total kinetic energy of the group of
  45 atoms (sum of 1/2 m v^2), dim = 2 or 3 = dimensionality of the
  46 simulation, N = number of atoms in the group, k = Boltzmann constant,
  47 and T = temperature.
  48
  49 The {units} keyword determines the meaning of the distance units used
  50 for coordinates (c1,c2) and velocities (vlo,vhi).  A {box} value
  51 selects standard distance units as defined by the "units"_units.html
  52 command, e.g. Angstroms for units = real or metal.  A {lattice} value
  53 means the distance units are in lattice spacings; e.g. velocity =
  54 lattice spacings / tau.  The "lattice"_lattice.html command must have
  55 been previously used to define the lattice spacing.
  56
  57 A kinetic energy tensor, stored as a 6-element vector, is also
  58 calculated by this compute for use in the computation of a pressure
  59 tensor.  The formula for the components of the tensor is the same as
  60 the above formula, except that v^2 is replaced by vx*vy for the xy
  61 component, etc.  The 6 components of the vector are ordered xx, yy,
  62 zz, xy, xz, yz.
  63
  64 The number of atoms contributing to the temperature is assumed to be
  65 constant for the duration of the run; use the {dynamic} option of the
  66 "compute_modify"_compute_modify.html command if this is not the case.
  67
  68 The removal of the ramped velocity component by this fix is
  69 essentially computing the temperature after a "bias" has been removed
  70 from the velocity of the atoms.  If this compute is used with a fix
  71 command that performs thermostatting then this bias will be subtracted
  72 from each atom, thermostatting of the remaining thermal velocity will
  73 be performed, and the bias will be added back in.  Thermostatting
  74 fixes that work in this way include "fix nvt"_fix_nh.html, "fix
  75 temp/rescale"_fix_temp_rescale.html, "fix
  76 temp/berendsen"_fix_temp_berendsen.html, and "fix
  77 langevin"_fix_langevin.html.
  78
  79 This compute subtracts out degrees-of-freedom due to fixes that
  80 constrain molecular motion, such as "fix shake"_fix_shake.html and
  81 "fix rigid"_fix_rigid.html.  This means the temperature of groups of
  82 atoms that include these constraints will be computed correctly.  If
  83 needed, the subtracted degrees-of-freedom can be altered using the
  84 {extra} option of the "compute_modify"_compute_modify.html command.
  85
  86 See "this howto section"_Section_howto.html#howto_16 of the manual for
  87 a discussion of different ways to compute temperature and perform
  88 thermostatting.
  89
  90 [Output info:]
  91
  92 This compute calculates a global scalar (the temperature) and a global
  93 vector of length 6 (KE tensor), which can be accessed by indices 1-6.
  94 These values can be used by any command that uses global scalar or
  95 vector values from a compute as input.  See "this
  96 section"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
  97 options.
  98
  99 The scalar value calculated by this compute is "intensive".  The
 100 vector values are "extensive".
 101
 102 The scalar value will be in temperature "units"_units.html.  The
 103 vector values will be in energy "units"_units.html.
 104
 105 [Restrictions:] none
 106
 107 [Related commands:]
 108
 109 "compute temp"_compute_temp.html, "compute
 110 temp/profie"_compute_temp_profile.html, "compute
 111 temp/deform"_compute_temp_deform.html, "compute
 112 pressure"_compute_pressure.html
 113
 114 [Default:]
 115
 116 The option default is units = lattice.