doc/src/compute_torque_chunk.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 compute torque/chunk command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 compute ID group-ID torque/chunk chunkID :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command
  16 torque/chunk = style name of this compute command
  17 chunkID = ID of "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command :ul
  18
  19 [Examples:]
  20
  21 compute 1 fluid torque/chunk molchunk :pre
  22
  23 [Description:]
  24
  25 Define a computation that calculates the torque on multiple chunks of
  26 atoms.
  27
  28 In LAMMPS, chunks are collections of atoms defined by a "compute
  29 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command, which assigns each atom
  30 to a single chunk (or no chunk).  The ID for this command is specified
  31 as chunkID.  For example, a single chunk could be the atoms in a
  32 molecule or atoms in a spatial bin.  See the "compute
  33 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html doc page and "Section
  34 6.23"_Section_howto.html#howto_23 for details of how chunks can be
  35 defined and examples of how they can be used to measure properties of
  36 a system.
  37
  38 This compute calculates the 3 components of the torque vector for eqch
  39 chunk, due to the forces on the individual atoms in the chunk around
  40 the center-of-mass of the chunk.  The calculation includes all effects
  41 due to atoms passing thru periodic boundaries.
  42
  43 Note that only atoms in the specified group contribute to the
  44 calculation.  The "compute chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command
  45 defines its own group; atoms will have a chunk ID = 0 if they are not
  46 in that group, signifying they are not assigned to a chunk, and will
  47 thus also not contribute to this calculation.  You can specify the
  48 "all" group for this command if you simply want to include atoms with
  49 non-zero chunk IDs.
  50
  51 NOTE: The coordinates of an atom contribute to the chunk's torque in
  52 "unwrapped" form, by using the image flags associated with each atom.
  53 See the "dump custom"_dump.html command for a discussion of
  54 "unwrapped" coordinates.  See the Atoms section of the
  55 "read_data"_read_data.html command for a discussion of image flags and
  56 how they are set for each atom.  You can reset the image flags
  57 (e.g. to 0) before invoking this compute by using the "set
  58 image"_set.html command.
  59
  60 The simplest way to output the results of the compute torque/chunk
  61 calculation to a file is to use the "fix ave/time"_fix_ave_time.html
  62 command, for example:
  63
  64 compute cc1 all chunk/atom molecule
  65 compute myChunk all torque/chunk cc1
  66 fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myChunk\[*\] file tmp.out mode vector :pre
  67
  68 [Output info:]
  69
  70 This compute calculates a global array where the number of rows = the
  71 number of chunks {Nchunk} as calculated by the specified "compute
  72 chunk/atom"_compute_chunk_atom.html command.  The number of columns =
  73 3 for the 3 xyz components of the torque for each chunk.  These values
  74 can be accessed by any command that uses global array values from a
  75 compute as input.  See "Section 6.15"_Section_howto.html#howto_15
  76 for an overview of LAMMPS output options.
  77
  78 The array values are "intensive".  The array values will be in
  79 force-distance "units"_units.html.
  80
  81 [Restrictions:] none
  82
  83 [Related commands:]
  84
  85 "variable torque() function"_variable.html
  86
  87 [Default:] none