doc/src/create_bonds.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 create_bonds command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 create_bonds group-ID group2-ID btype rmin rmax :pre
  14
  15 group-ID = ID of first group
  16 group2-ID = ID of second group, bonds will be between atoms in the 2 groups
  17 btype = bond type of created bonds
  18 rmin = minimum distance between pair of atoms to bond together
  19 rmax = minimum distance between pair of atoms to bond together :ul
  20
  21 [Examples:]
  22
  23 create_bonds all all 1 1.0 1.2
  24 create_bonds surf solvent 3 2.0 2.4 :pre
  25
  26 [Description:]
  27
  28 Create bonds between pairs of atoms that meet specified distance
  29 criteria.  The bond interactions can then be computed during a
  30 simulation by the bond potential defined by the
  31 "bond_style"_bond_style.html and "bond_coeff"_bond_coeff.html
  32 commands.  This command is useful for adding bonds to a system,
  33 e.g. between nearest neighbors in a lattice of atoms, without having
  34 to enumerate all the bonds in the data file read by the
  35 "read_data"_read_data.html command.
  36
  37 Note that the flexibility of this command is limited.  It can be used
  38 several times to create different types of bond at different
  39 distances.  But it cannot typically create all the bonds that would
  40 normally be defined in a complex system of molecules.  Also note that
  41 this command does not add any 3-body or 4-body interactions which,
  42 depending on your model, may be induced by added bonds,
  43 e.g. "angle"_angle_style.html, "dihedral"_dihedral_style.html, or
  44 "improper"_improper_style.html interactions.
  45
  46 All created bonds will be between pairs of atoms I,J where I is in one
  47 of the two specified groups, and J is in the other.  The two groups
  48 can be the same, e.g. group "all".  The created bonds will be of bond
  49 type {btype}, where {btype} must be a value between 1 and the number
  50 of bond types defined.  This maximum value is set by the "bond types"
  51 field in the header of the data file read by the
  52 "read_data"_read_data.html command, or via the optional "bond/types"
  53 argument of the "create_box"_create_box.html command.
  54
  55 For a bond to be created, an I,J pair of atoms must be a distance D
  56 apart such that {rmin} <= D <= {rmax}.
  57
  58 The following settings must have been made in an input
  59 script before this command is used:
  60
  61 special_bonds weight for 1-2 interactions must be 0.0
  62 a "pair_style"_pair_style.html must be defined
  63 no "kspace_style"_kspace_style.html defined
  64 minimum "pair_style"_pair_style.html cutoff + "neighbor"_neighbor.html skin >= {rmax} :ul
  65
  66 These settings are required so that a neighbor list can be created to
  67 search for nearby atoms.  Pairs of atoms that are already bonded
  68 cannot appear in the neighbor list, to avoid creation of duplicate
  69 bonds.  The neighbor list for all atom type pairs must also extend to
  70 a distance that encompasses the {rmax} for new bonds to create.
  71
  72 An additional requirement is that your system must be ready to perform
  73 a simulation.  This means, for example, that all
  74 "pair_style"_pair_style.html coefficients be set via the
  75 "pair_coeff"_pair_coeff.html command.  A "bond_style"_bond_style.html
  76 command and all bond coefficients must also be set, even if no bonds
  77 exist before this command is invoked.  This is because the building of
  78 neighbor list requires initialization and setup of a simulation,
  79 similar to what a "run"_run.html command would require.
  80
  81 Note that you can change any of these settings after this command
  82 executes, e.g. if you wish to use long-range Coulombic interactions
  83 via the "kspace_style"_kspace_style.html command for your subsequent
  84 simulation.
  85
  86 NOTE: If the system has no bonds to begin with, or if more bonds per
  87 atom are being added than currently exist, then you must insure that
  88 the number of bond types and the maximum number of bonds per atom are
  89 set to large enough values.  Otherwise an error may occur when too
  90 many bonds are added to an atom.  If the "read_data"_read_data.html
  91 command is used to define the system, these 2 parameters can be set
  92 via the "bond types" and "extra bond per atom" fields in the header
  93 section of the data file.  If the "create_box"_create_box.html command
  94 is used to define the system, these 2 parameters can be set via its
  95 optional "bond/types" and "extra/bond/per/atom" arguments.  See the
  96 doc pages for the 2 commands for details.
  97
  98 [Restrictions:]
  99
 100 This command cannot be used with molecular systems defined using
 101 molecule template files via the "molecule"_molecule.html and
 102 "atom_style template"_atom_style.html commands.
 103
 104 [Related commands:]
 105
 106 "create_atoms"_create_atoms.html, "delete_bonds"_delete_bonds.html
 107
 108 [Default:] none