doc/src/dihedral_coeff.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dihedral_coeff command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 dihedral_coeff N args :pre
  14
  15 N = dihedral type (see asterisk form below)
  16 args = coefficients for one or more dihedral types :ul
  17
  18 [Examples:]
  19
  20 dihedral_coeff 1 80.0 1 3
  21 dihedral_coeff * 80.0 1 3 0.5
  22 dihedral_coeff 2* 80.0 1 3 0.5 :pre
  23
  24 [Description:]
  25
  26 Specify the dihedral force field coefficients for one or more dihedral types.
  27 The number and meaning of the coefficients depends on the dihedral style.
  28 Dihedral coefficients can also be set in the data file read by the
  29 "read_data"_read_data.html command or in a restart file.
  30
  31 N can be specified in one of two ways.  An explicit numeric value can
  32 be used, as in the 1st example above.  Or a wild-card asterisk can be
  33 used to set the coefficients for multiple dihedral types.  This takes the
  34 form "*" or "*n" or "n*" or "m*n".  If N = the number of dihedral types,
  35 then an asterisk with no numeric values means all types from 1 to N.  A
  36 leading asterisk means all types from 1 to n (inclusive).  A trailing
  37 asterisk means all types from n to N (inclusive).  A middle asterisk
  38 means all types from m to n (inclusive).
  39
  40 Note that using a dihedral_coeff command can override a previous setting
  41 for the same dihedral type.  For example, these commands set the coeffs
  42 for all dihedral types, then overwrite the coeffs for just dihedral type 2:
  43
  44 dihedral_coeff * 80.0 1 3
  45 dihedral_coeff 2 200.0 1 3 :pre
  46
  47 A line in a data file that specifies dihedral coefficients uses the exact
  48 same format as the arguments of the dihedral_coeff command in an input
  49 script, except that wild-card asterisks should not be used since
  50 coefficients for all N types must be listed in the file.  For example,
  51 under the "Dihedral Coeffs" section of a data file, the line that
  52 corresponds to the 1st example above would be listed as
  53
  54 1 80.0 1 3 :pre
  55
  56 The "dihedral_style class2"_dihedral_class2.html is an exception to
  57 this rule, in that an additional argument is used in the input script
  58 to allow specification of the cross-term coefficients.  See its doc
  59 page for details.
  60
  61 NOTE: When comparing the formulas and coefficients for various LAMMPS
  62 dihedral styles with dihedral equations defined by other force fields,
  63 note that some force field implementations divide/multiply the energy
  64 prefactor {K} by the multiple number of torsions that contain the J-K
  65 bond in an I-J-K-L torsion.  LAMMPS does not do this, i.e. the listed
  66 dihedral equation applies to each individual dihedral.  Thus you need
  67 to define {K} appropriately to account for this difference if
  68 necessary.
  69
  70 :line
  71
  72 Here is an alphabetic list of dihedral styles defined in LAMMPS.  Click on
  73 the style to display the formula it computes and coefficients
  74 specified by the associated "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html command.
  75
  76 Note that there are also additional dihedral styles submitted by users
  77 which are included in the LAMMPS distribution.  The list of these with
  78 links to the individual styles are given in the dihedral section of
  79 "this page"_Section_commands.html#cmd_5.
  80
  81 "dihedral_style none"_dihedral_none.html - turn off dihedral interactions
  82 "dihedral_style hybrid"_dihedral_hybrid.html - define multiple styles of dihedral interactions :ul
  83
  84 "dihedral_style charmm"_dihedral_charmm.html - CHARMM dihedral
  85 "dihedral_style class2"_dihedral_class2.html - COMPASS (class 2) dihedral
  86 "dihedral_style harmonic"_dihedral_harmonic.html - harmonic dihedral
  87 "dihedral_style helix"_dihedral_helix.html - helix dihedral
  88 "dihedral_style multi/harmonic"_dihedral_multi_harmonic.html - multi-harmonic dihedral
  89 "dihedral_style opls"_dihedral_opls.html - OPLS dihedral :ul
  90
  91 :line
  92
  93 [Restrictions:]
  94
  95 This command must come after the simulation box is defined by a
  96 "read_data"_read_data.html, "read_restart"_read_restart.html, or
  97 "create_box"_create_box.html command.
  98
  99 A dihedral style must be defined before any dihedral coefficients are
 100 set, either in the input script or in a data file.
 101
 102 [Related commands:]
 103
 104 "dihedral_style"_dihedral_style.html
 105
 106 [Default:] none