doc/src/dihedral_harmonic.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dihedral_style harmonic command :h3
  10 dihedral_style harmonic/intel command :h3
  11 dihedral_style harmonic/omp command :h3
  12
  13 [Syntax:]
  14
  15 dihedral_style harmonic :pre
  16
  17 [Examples:]
  18
  19 dihedral_style harmonic
  20 dihedral_coeff 1 80.0 1 2 :pre
  21
  22 [Description:]
  23
  24 The {harmonic} dihedral style uses the potential
  25
  26 :c,image(Eqs/dihedral_harmonic.jpg)
  27
  28 The following coefficients must be defined for each dihedral type via the
  29 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html command as in the example above, or in
  30 the data file or restart files read by the "read_data"_read_data.html
  31 or "read_restart"_read_restart.html commands:
  32
  33 K (energy)
  34 d (+1 or -1)
  35 n (integer >= 0) :ul
  36
  37 NOTE: Here are important points to take note of when defining LAMMPS
  38 dihedral coefficients for the harmonic style, so that they are
  39 compatible with how harmonic dihedrals are defined by other force
  40 fields:
  41
  42 The LAMMPS convention is that the trans position = 180 degrees, while
  43 in some force fields trans = 0 degrees. :ulb,l
  44
  45 Some force fields reverse the sign convention on {d}. :l
  46
  47 Some force fields let {n} be positive or negative which corresponds to
  48 {d} = 1 or -1 for the harmonic style. :l
  49 :ule
  50
  51 :line
  52
  53 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  54 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  55 They have been optimized to run faster, depending on your available
  56 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  57 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  58 should produce the same results, except for round-off and precision
  59 issues.
  60
  61 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  62 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  63 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  64 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  65
  66 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  67 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  68 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  69 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  70
  71 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
  72 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
  73
  74 :line
  75
  76 [Restrictions:]
  77
  78 This dihedral style can only be used if LAMMPS was built with the
  79 MOLECULE package.  See the "Making
  80 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  81
  82 [Related commands:]
  83
  84 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html
  85
  86 [Default:] none