doc/src/dihedral_helix.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dihedral_style helix command :h3
  10 dihedral_style helix/omp command :h3
  11
  12 [Syntax:]
  13
  14 dihedral_style helix :pre
  15
  16 [Examples:]
  17
  18 dihedral_style helix
  19 dihedral_coeff 1 80.0 100.0 40.0 :pre
  20
  21 [Description:]
  22
  23 The {helix} dihedral style uses the potential
  24
  25 :c,image(Eqs/dihedral_helix.jpg)
  26
  27 This coarse-grain dihedral potential is described in "(Guo)"_#Guo.
  28 For dihedral angles in the helical region, the energy function is
  29 represented by a standard potential consisting of three minima, one
  30 corresponding to the trans (t) state and the other to gauche states
  31 (g+ and g-).  The paper describes how the A,B,C parameters are chosen
  32 so as to balance secondary (largely driven by local interactions) and
  33 tertiary structure (driven by long-range interactions).
  34
  35 The following coefficients must be defined for each dihedral type via the
  36 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html command as in the example above, or in
  37 the data file or restart files read by the "read_data"_read_data.html
  38 or "read_restart"_read_restart.html commands:
  39
  40 A (energy)
  41 B (energy)
  42 C (energy) :ul
  43
  44 :line
  45
  46 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  47 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  48 They have been optimized to run faster, depending on your available
  49 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  50 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  51 should produce the same results, except for round-off and precision
  52 issues.
  53
  54 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  55 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  56 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  57 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  58
  59 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  60 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  61 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  62 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  63
  64 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
  65 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
  66
  67 :line
  68
  69 [Restrictions:]
  70
  71 This dihedral style can only be used if LAMMPS was built with the
  72 MOLECULE package.  See the "Making
  73 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  74
  75 [Related commands:]
  76
  77 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html
  78
  79 [Default:] none
  80
  81 :line
  82
  83 :link(Guo)
  84 [(Guo)] Guo and Thirumalai, Journal of Molecular Biology, 263, 323-43 (1996).