doc/src/dihedral_hybrid.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dihedral_style hybrid command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 dihedral_style hybrid style1 style2 ... :pre
  14
  15 style1,style2 = list of one or more dihedral styles :ul
  16
  17 [Examples:]
  18
  19 dihedral_style hybrid harmonic helix
  20 dihedral_coeff 1 harmonic 6.0 1 3
  21 dihedral_coeff 2* helix 10 10 10 :pre
  22
  23 [Description:]
  24
  25 The {hybrid} style enables the use of multiple dihedral styles in one
  26 simulation.  An dihedral style is assigned to each dihedral type.  For
  27 example, dihedrals in a polymer flow (of dihedral type 1) could be
  28 computed with a {harmonic} potential and dihedrals in the wall
  29 boundary (of dihedral type 2) could be computed with a {helix}
  30 potential.  The assignment of dihedral type to style is made via the
  31 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html command or in the data file.
  32
  33 In the dihedral_coeff commands, the name of a dihedral style must be
  34 added after the dihedral type, with the remaining coefficients being
  35 those appropriate to that style.  In the example above, the 2
  36 dihedral_coeff commands set dihedrals of dihedral type 1 to be
  37 computed with a {harmonic} potential with coefficients 6.0, 1, 3 for
  38 K, d, n.  All other dihedral types (2-N) are computed with a {helix}
  39 potential with coefficients 10, 10, 10 for A, B, C.
  40
  41 If dihedral coefficients are specified in the data file read via the
  42 "read_data"_read_data.html command, then the same rule applies.
  43 E.g. "harmonic" or "helix", must be added after the dihedral type, for
  44 each line in the "Dihedral Coeffs" section, e.g.
  45
  46 Dihedral Coeffs :pre
  47
  48 1 harmonic 6.0 1 3
  49 2 helix 10 10 10
  50 ... :pre
  51
  52 If {class2} is one of the dihedral hybrid styles, the same rule holds
  53 for specifying additional AngleTorsion (and EndBondTorsion, etc)
  54 coefficients either via the input script or in the data file.
  55 I.e. {class2} must be added to each line after the dihedral type.  For
  56 lines in the AngleTorsion (or EndBondTorsion, etc) section of the data
  57 file for dihedral types that are not {class2}, you must use an
  58 dihedral style of {skip} as a placeholder, e.g.
  59
  60 AngleTorsion Coeffs :pre
  61
  62 1 skip
  63 2 class2 1.0 1.0 1.0 3.0 3.0 3.0 30.0 50.0
  64 ... :pre
  65
  66 Note that it is not necessary to use the dihedral style {skip} in the
  67 input script, since AngleTorsion (or EndBondTorsion, etc) coefficients
  68 need not be specified at all for dihedral types that are not {class2}.
  69
  70 A dihedral style of {none} with no additional coefficients can be used
  71 in place of a dihedral style, either in a input script dihedral_coeff
  72 command or in the data file, if you desire to turn off interactions
  73 for specific dihedral types.
  74
  75 :line
  76
  77 [Restrictions:]
  78
  79 This dihedral style can only be used if LAMMPS was built with the
  80 MOLECULE package.  See the "Making
  81 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  82
  83 Unlike other dihedral styles, the hybrid dihedral style does not store
  84 dihedral coefficient info for individual sub-styles in a "binary
  85 restart files"_restart.html.  Thus when retarting a simulation from a
  86 restart file, you need to re-specify dihedral_coeff commands.
  87
  88 [Related commands:]
  89
  90 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html
  91
  92 [Default:] none