doc/src/dihedral_opls.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dihedral_style opls command :h3
  10 dihedral_style opls/intel command :h3
  11 dihedral_style opls/kk command :h3
  12 dihedral_style opls/omp command :h3
  13
  14 [Syntax:]
  15
  16 dihedral_style opls :pre
  17
  18 [Examples:]
  19
  20 dihedral_style opls
  21 dihedral_coeff 1 1.740 -0.157 0.279 0.00   # CT-CT-CT-CT
  22 dihedral_coeff 2 0.000 0.000 0.366 0.000   # CT-CT-CT-HC
  23 dihedral_coeff 3 0.000 0.000 0.318 0.000   # HC-CT-CT-HC :pre
  24
  25 [Description:]
  26
  27 The {opls} dihedral style uses the potential
  28
  29 :c,image(Eqs/dihedral_opls.jpg)
  30
  31 Note that the usual 1/2 factor is not included in the K values.
  32
  33 This dihedral potential is used in the OPLS force field and is
  34 described in "(Watkins)"_#Watkins.
  35
  36 The following coefficients must be defined for each dihedral type via the
  37 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html command as in the example above, or in
  38 the data file or restart files read by the "read_data"_read_data.html
  39 or "read_restart"_read_restart.html commands:
  40
  41 K1 (energy)
  42 K2 (energy)
  43 K3 (energy)
  44 K4 (energy) :ul
  45
  46 :line
  47
  48 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  49 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  50 They have been optimized to run faster, depending on your available
  51 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  52 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  53 should produce the same results, except for round-off and precision
  54 issues.
  55
  56 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  57 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  58 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  59 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  60
  61 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  62 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  63 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  64 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  65
  66 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
  67 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
  68
  69 :line
  70
  71 [Restrictions:]
  72
  73 This dihedral style can only be used if LAMMPS was built with the
  74 MOLECULE package.  See the "Making
  75 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  76
  77 [Related commands:]
  78
  79 "dihedral_coeff"_dihedral_coeff.html
  80
  81 [Default:] none
  82
  83 :line
  84
  85 :link(Watkins)
  86 [(Watkins)] Watkins and Jorgensen, J Phys Chem A, 105, 4118-4125 (2001).