doc/src/dump_nc.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 dump nc command :h3
  10 dump nc/mpiio command :h3
  11
  12 [Syntax:]
  13
  14 dump ID group-ID nc N file.nc args
  15 dump ID group-ID nc/mpiio N file.nc args :pre
  16
  17 ID = user-assigned name for the dump :ulb,l
  18 group-ID = ID of the group of atoms to be imaged :l
  19 {nc} or {nc/mpiio}  = style of dump command (other styles {atom} or {cfg} or {dcd} or {xtc} or {xyz} or {local} or {custom} are discussed on the "dump"_dump.html doc page) :l
  20 N = dump every this many timesteps :l
  21 file.nc = name of file to write to :l
  22 args = list of per atom data elements to dump, same as for the 'custom' dump style. :l,ule
  23
  24 [Examples:]
  25
  26 dump 1 all nc 100 traj.nc type x y z vx vy vz
  27 dump_modify 1 append yes at -1 global c_thermo_pe c_thermo_temp c_thermo_press :pre
  28
  29 dump 1 all nc/mpiio 1000 traj.nc id type x y z :pre
  30
  31 [Description:]
  32
  33 Dump a snapshot of atom coordinates every N timesteps in Amber-style
  34 NetCDF file format. NetCDF files are binary, portable and
  35 self-describing.  This dump style will write only one file on the root
  36 node.  The dump style {nc} uses the "standard NetCDF
  37 library"_netcdf-home all data is collected on one processor and then
  38 written to the dump file. Dump style {nc/mpiio} used the "parallel
  39 NetCDF library"_pnetcdf-home and MPI-IO; it has better performance on
  40 a larger number of processors. Note that 'nc' outputs all atoms sorted
  41 by atom tag while 'nc/mpiio' outputs in order of the MPI rank.
  42
  43 In addition to per-atom data, also global (i.e. not per atom, but per
  44 frame) quantities can be included in the dump file. This can be
  45 variables, output from computes or fixes data prefixed with v_, c_ and
  46 f_, respectively.  These properties are included via
  47 "dump_modify"_dump_modify.html {global}.
  48
  49 :link(netcdf-home,http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/)
  50 :link(pnetcdf-home,http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/)
  51
  52 :line
  53
  54 [Restrictions:]
  55
  56 The {nc} and {nc/mpiio} dump styles are part of the USER-NC-DUMP
  57 package.  It is only enabled if LAMMPS was built with that
  58 package. See the "Making LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section
  59 for more info.
  60
  61 :line
  62
  63 [Related commands:]
  64
  65 "dump"_dump.html, "dump_modify"_dump_modify.html, "undump"_undump.html
  66