doc/src/fix_append_atoms.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix append/atoms command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 fix ID group-ID append/atoms face ... keyword value ... :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command :ulb,l
  16 append/atoms = style name of this fix command :l
  17 face = {zhi} :l
  18 zero or more keyword/value pairs may be appended :l
  19 keyword = {basis} or {size} or {freq} or {temp} or {random} or {units}  :l
  20   {basis} values = M itype
  21     M = which basis atom
  22     itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom
  23   {size} args = Lz
  24     Lz = z size of lattice region appended in a single event(distance units)
  25   {freq} args = freq
  26     freq = the number of timesteps between append events
  27   {temp} args = target damp seed extent
  28     target = target temperature for the region between zhi-extent and zhi (temperature units)
  29     damp = damping parameter (time units)
  30     seed = random number seed for langevin kicks
  31     extent = extent of thermostated region (distance units)
  32   {random} args = xmax ymax zmax seed
  33     {xmax}, {ymax}, {zmax} = maximum displacement in particular direction (distance units)
  34     {seed} = random number seed for random displacement
  35   {units} value = {lattice} or {box}
  36     {lattice} = the wall position is defined in lattice units
  37     {box} = the wall position is defined in simulation box units :pre
  38 :ule
  39
  40 [Examples:]
  41
  42 fix 1 all append/atoms zhi size 5.0 freq 295 units lattice
  43 fix 4 all append/atoms zhi size 15.0 freq 5 units box
  44 fix A all append/atoms zhi size 1.0 freq 1000 units lattice :pre
  45
  46 [Description:]
  47
  48 This fix creates atoms on a lattice, appended on the zhi edge of the
  49 system box.  This can be useful when a shock or wave is propagating
  50 from zlo.  This allows the system to grow with time to accommodate an
  51 expanding wave.  A simulation box must already exist, which is
  52 typically created via the "create_box"_create_box.html command.
  53 Before using this command, a lattice must also be defined using the
  54 "lattice"_lattice.html command.
  55
  56 This fix will automatically freeze atoms on the zhi edge of the
  57 system, so that overlaps are avoided when new atoms are appended.
  58
  59 The {basis} keyword specifies an atom type that will be assigned to
  60 specific basis atoms as they are created.  See the
  61 "lattice"_lattice.html command for specifics on how basis atoms are
  62 defined for the unit cell of the lattice.  By default, all created
  63 atoms are assigned type = 1 unless this keyword specifies differently.
  64
  65 The {size} keyword defines the size in z of the chunk of material to
  66 be added.
  67
  68 The {random} keyword will give the atoms random displacements around
  69 their lattice points to simulate some initial temperature.
  70
  71 The {temp} keyword will cause a region to be thermostated with a
  72 Langevin thermostat on the zhi boundary.  The size of the region is
  73 measured from zhi and is set with the {extent} argument.
  74
  75 The {units} keyword determines the meaning of the distance units used
  76 to define a wall position, but only when a numeric constant is used.
  77 A {box} value selects standard distance units as defined by the
  78 "units"_units.html command, e.g. Angstroms for units = real or metal.
  79 A {lattice} value means the distance units are in lattice spacings.
  80 The "lattice"_lattice.html command must have been previously used to
  81 define the lattice spacings.
  82
  83 :line
  84
  85 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
  86
  87 No information about this fix is written to "binary restart
  88 files"_restart.html.  None of the "fix_modify"_fix_modify.html options
  89 are relevant to this fix.  No global or per-atom quantities are stored
  90 by this fix for access by various "output
  91 commands"_Section_howto.html#howto_15.  No parameter of this fix can
  92 be used with the {start/stop} keywords of the "run"_run.html command.
  93 This fix is not invoked during "energy minimization"_minimize.html.
  94
  95 [Restrictions:]
  96
  97 This fix style is part of the SHOCK package.  It is only enabled if
  98 LAMMPS was built with that package. See the "Making
  99 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 100
 101 The boundary on which atoms are added with append/atoms must be
 102 shrink/minimum.  The opposite boundary may be any boundary type other
 103 than periodic.
 104
 105 [Related commands:]
 106
 107 "fix wall/piston"_fix_wall_piston.html command
 108
 109 [Default:]
 110
 111 The keyword defaults are size = 0.0, freq = 0, units = lattice.  All
 112 added atoms are of type 1 unless the basis keyword is used.