doc/src/fix_nph_asphere.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix nph/asphere command :h3
  10 fix nph/asphere/omp command :h3
  11
  12 [Syntax:]
  13
  14 fix ID group-ID nph/asphere args keyword value ... :pre
  15
  16 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command
  17 nph/asphere = style name of this fix command
  18 additional barostat related keyword/value pairs from the "fix nph"_fix_nh.html command can be appended :ul
  19
  20 [Examples:]
  21
  22 fix 1 all nph/asphere iso 0.0 0.0 1000.0
  23 fix 2 all nph/asphere x 5.0 5.0 1000.0
  24 fix 2 all nph/asphere x 5.0 5.0 1000.0 drag 0.2
  25 fix 2 water nph/asphere aniso 0.0 0.0 1000.0 dilate partial :pre
  26
  27 [Description:]
  28
  29 Perform constant NPH integration to update position, velocity,
  30 orientation, and angular velocity each timestep for aspherical or
  31 ellipsoidal particles in the group using a Nose/Hoover pressure
  32 barostat.  P is pressure; H is enthalpy.  This creates a system
  33 trajectory consistent with the isenthalpic ensemble.
  34
  35 This fix differs from the "fix nph"_fix_nh.html command, which assumes
  36 point particles and only updates their position and velocity.
  37
  38 Additional parameters affecting the barostat are specified by keywords
  39 and values documented with the "fix nph"_fix_nh.html command.  See,
  40 for example, discussion of the {aniso}, and {dilate} keywords.
  41
  42 The particles in the fix group are the only ones whose velocities and
  43 positions are updated by the velocity/position update portion of the
  44 NPH integration.
  45
  46 Regardless of what particles are in the fix group, a global pressure is
  47 computed for all particles.  Similarly, when the size of the simulation
  48 box is changed, all particles are re-scaled to new positions, unless the
  49 keyword {dilate} is specified with a value of {partial}, in which case
  50 only the particles in the fix group are re-scaled.  The latter can be
  51 useful for leaving the coordinates of particles in a solid substrate
  52 unchanged and controlling the pressure of a surrounding fluid.
  53
  54 :line
  55
  56 This fix computes a temperature and pressure each timestep.  To do
  57 this, the fix creates its own computes of style "temp/asphere" and
  58 "pressure", as if these commands had been issued:
  59
  60 compute fix-ID_temp all temp/asphere
  61 compute fix-ID_press all pressure fix-ID_temp :pre
  62
  63 See the "compute temp/asphere"_compute_temp_asphere.html and "compute
  64 pressure"_compute_pressure.html commands for details.  Note that the
  65 IDs of the new computes are the fix-ID + underscore + "temp" or fix_ID
  66 + underscore + "press", and the group for the new computes is "all"
  67 since pressure is computed for the entire system.
  68
  69 Note that these are NOT the computes used by thermodynamic output (see
  70 the "thermo_style"_thermo_style.html command) with ID = {thermo_temp}
  71 and {thermo_press}.  This means you can change the attributes of this
  72 fix's temperature or pressure via the
  73 "compute_modify"_compute_modify.html command or print this temperature
  74 or pressure during thermodynamic output via the "thermo_style
  75 custom"_thermo_style.html command using the appropriate compute-ID.
  76 It also means that changing attributes of {thermo_temp} or
  77 {thermo_press} will have no effect on this fix.
  78
  79 :line
  80
  81 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  82 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  83 They have been optimized to run faster, depending on your available
  84 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  85 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  86 should produce the same results, except for round-off and precision
  87 issues.
  88
  89 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  90 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  91 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  92 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  93
  94 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  95 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  96 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  97 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  98
  99 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
 100 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
 101
 102 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
 103
 104 This fix writes the state of the Nose/Hoover barostat to "binary
 105 restart files"_restart.html.  See the "read_restart"_read_restart.html
 106 command for info on how to re-specify a fix in an input script that
 107 reads a restart file, so that the operation of the fix continues in an
 108 uninterrupted fashion.
 109
 110 The "fix_modify"_fix_modify.html {temp} and {press} options are
 111 supported by this fix.  You can use them to assign a
 112 "compute"_compute.html you have defined to this fix which will be used
 113 in its thermostatting or barostatting procedure.  If you do this, note
 114 that the kinetic energy derived from the compute temperature should be
 115 consistent with the virial term computed using all atoms for the
 116 pressure.  LAMMPS will warn you if you choose to compute temperature
 117 on a subset of atoms.
 118
 119 The "fix_modify"_fix_modify.html {energy} option is supported by this
 120 fix to add the energy change induced by Nose/Hoover barostatting to
 121 the system's potential energy as part of "thermodynamic
 122 output"_thermo_style.html.
 123
 124 This fix computes the same global scalar and global vector of
 125 quantities as does the "fix nph"_fix_nh.html command.
 126
 127 This fix can ramp its target pressure over multiple runs, using the
 128 {start} and {stop} keywords of the "run"_run.html command.  See the
 129 "run"_run.html command for details of how to do this.
 130
 131 This fix is not invoked during "energy minimization"_minimize.html.
 132
 133 [Restrictions:]
 134
 135 This fix is part of the ASPHERE package.  It is only enabled if LAMMPS
 136 was built with that package.  See the "Making
 137 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 138
 139 This fix requires that atoms store torque and angular momementum and a
 140 quaternion as defined by the "atom_style ellipsoid"_atom_style.html
 141 command.
 142
 143 All particles in the group must be finite-size.  They cannot be point
 144 particles, but they can be aspherical or spherical as defined by their
 145 shape attribute.
 146
 147 [Related commands:]
 148
 149 "fix nph"_fix_nh.html, "fix nve_asphere"_fix_nve_asphere.html, "fix
 150 nvt_asphere"_fix_nvt_asphere.html, "fix
 151 npt_asphere"_fix_npt_asphere.html, "fix_modify"_fix_modify.html
 152
 153 [Default:] none