doc/src/fix_nve_dot.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix nve/dot command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 fix ID group-ID nve/dot :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command :ulb,l
  16 nve/dot = style name of this fix command :l
  17 :ule
  18
  19 [Examples:]
  20
  21 fix 1 all nve/dot :pre
  22
  23 [Description:]
  24
  25 Apply a rigid-body integrator as described in "(Davidchack)"_#Davidchack
  26 to a group of atoms, but without Langevin dynamics.
  27 This command performs Molecular dynamics (MD)
  28 via a velocity-Verlet algorithm and an evolution operator that rotates
  29 the quaternion degrees of freedom, similar to the scheme outlined in "(Miller)"_#Miller.
  30
  31 This command is the equivalent of the "fix nve/dotc/langevin"_fix_nve_dotc_langevin.html
  32 without damping and noise and can be used to determine the stability range
  33 in a NVE ensemble prior to using the Langevin-type DOTC-integrator
  34 (see also "fix nve/dotc/langevin"_fix_nve_dotc_langevin.html).
  35 The command is equivalent to the "fix nve"_fix_nve.html.
  36 The particles are always considered to have a finite size.
  37
  38 An example input file can be found in /examples/USER/cgdna/examples/duplex1/.
  39 A technical report with more information on this integrator can be found
  40 "here"_PDF/USER-CGDNA-overview.pdf.
  41
  42 :line
  43
  44 [Restrictions:]
  45
  46 These pair styles can only be used if LAMMPS was built with the
  47 USER-CGDNA package and the MOLECULE and ASPHERE package.  See the "Making
  48 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  49
  50 [Related commands:]
  51
  52 "fix nve/dotc/langevin"_fix_nve_dotc_langevin.html, "fix nve"_fix_nve.html
  53
  54 [Default:] none
  55
  56 :line
  57
  58 :link(Davidchack)
  59 [(Davidchack)] R.L Davidchack, T.E. Ouldridge, and M.V. Tretyakov. J. Chem. Phys. 142, 144114 (2015).
  60 :link(Miller)
  61 [(Miller)] T. F. Miller III, M. Eleftheriou, P. Pattnaik, A. Ndirango, G. J. Martyna, J. Chem. Phys., 116, 8649-8659 (2002).