doc/src/fix_nve_manifold_rattle.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix nve/manifold/rattle command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 fix ID group-ID nve/manifold/rattle tol maxit manifold manifold-args keyword value ... :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command :ulb,l
  16 nve/manifold/rattle = style name of this fix command  :l
  17 tol = tolerance to which Newton iteration must converge :l
  18 maxit = maximum number of iterations to perform :l
  19 manifold = name of the manifold :l
  20 manifold-args = parameters for the manifold :l
  21 one or more keyword/value pairs may be appended :l
  22 keyword = {every}
  23   {every} values = N
  24     N = print info about iteration every N steps. N = 0 means no output :pre
  25 :ule
  26
  27 [Examples:]
  28
  29 fix 1 all nve/manifold/rattle 1e-4 10 sphere 5.0
  30 fix step all nve/manifold/rattle 1e-8 100 ellipsoid 2.5 2.5 5.0 every 25 :pre
  31
  32 [Description:]
  33
  34 Perform constant NVE integration to update position and velocity for
  35 atoms constrained to a curved surface (manifold) in the group each
  36 timestep. The constraint is handled by RATTLE "(Andersen)"_#Andersen
  37 written out for the special case of single-particle constraints as
  38 explained in "(Paquay)"_#Paquay2.  V is volume; E is energy. This way,
  39 the dynamics of particles constrained to curved surfaces can be
  40 studied. If combined with "fix langevin"_fix_langevin.html, this
  41 generates Brownian motion of particles constrained to a curved
  42 surface. For a list of currently supported manifolds and their
  43 parameters, see "manifolds"_manifolds.html.
  44
  45 Note that the particles must initially be close to the manifold in
  46 question. If not, RATTLE will not be able to iterate until the
  47 constraint is satisfied, and an error is generated. For simple
  48 manifolds this can be achieved with {region} and {create_atoms}
  49 commands, but for more complex surfaces it might be more useful to
  50 write a script.
  51
  52 The manifold args may be equal-style variables, like so:
  53
  54 variable R equal "ramp(5.0,3.0)"
  55 fix shrink_sphere all nve/manifold/rattle 1e-4 10 sphere v_R :pre
  56
  57 In this case, the manifold parameter will change in time according to
  58 the variable.  This is not a problem for the time integrator as long
  59 as the change of the manifold is slow with respect to the dynamics of
  60 the particles.  Note that if the manifold has to exert work on the
  61 particles because of these changes, the total energy might not be
  62 conserved.
  63
  64 :line
  65
  66 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
  67
  68 No information about this fix is written to "binary restart
  69 files"_restart.html.  None of the "fix_modify"_fix_modify.html options
  70 are relevant to this fix.  No global or per-atom quantities are stored
  71 by this fix for access by various "output
  72 commands"_Section_howto.html#howto_15.  No parameter of this fix can
  73 be used with the {start/stop} keywords of the "run"_run.html command.
  74 This fix is not invoked during "energy minimization"_minimize.html.
  75
  76 :line
  77
  78 [Restrictions:]
  79
  80 This fix is part of the USER-MANIFOLD package. It is only enabled if
  81 LAMMPS was built with that package. See the "Making
  82 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  83
  84 :line
  85
  86 [Related commands:]
  87
  88 "fix nvt/manifold/rattle"_fix_nvt_manifold_rattle.html, "fix
  89 manifoldforce"_fix_manifoldforce.html
  90
  91 [Default:] every = 0, tchain = 3
  92
  93 :line
  94
  95 :link(Andersen)
  96 [(Andersen)] Andersen, J. Comp. Phys. 52, 24, (1983).
  97
  98 :link(Paquay2)
  99 [(Paquay)] Paquay and Kusters, Biophys. J., 110, 6, (2016).
 100 preprint available at "arXiv:1411.3019"_http://arxiv.org/abs/1411.3019/.
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