doc/src/fix_qeq_comb.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix qeq/comb command :h3
  10 fix qeq/comb/omp command :h3
  11
  12 [Syntax:]
  13
  14 fix ID group-ID qeq/comb Nevery precision keyword value ... :pre
  15
  16 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command :ulb,l
  17 qeq/comb = style name of this fix command :l
  18 Nevery = perform charge equilibration every this many steps :l
  19 precision = convergence criterion for charge equilibration :l
  20 zero or more keyword/value pairs may be appended :l
  21 keyword = {file} :l
  22   {file} value = filename
  23     filename = name of file to write QEQ equilibration info to :pre
  24 :ule
  25
  26 [Examples:]
  27
  28 fix 1 surface qeq/comb 10 0.0001 :pre
  29
  30 [Description:]
  31
  32 Perform charge equilibration (QeQ) in conjunction with the COMB
  33 (Charge-Optimized Many-Body) potential as described in
  34 "(COMB_1)"_#COMB_1 and "(COMB_2)"_#COMB_2.  It performs the charge
  35 equilibration portion of the calculation using the so-called QEq
  36 method, whereby the charge on each atom is adjusted to minimize the
  37 energy of the system.  This fix can only be used with the COMB
  38 potential; see the "fix qeq/reax"_fix_qeq_reax.html command for a QeQ
  39 calculation that can be used with any potential.
  40
  41 Only charges on the atoms in the specified group are equilibrated.
  42 The fix relies on the pair style (COMB in this case) to calculate the
  43 per-atom electronegativity (effective force on the charges).  An
  44 electronegativity equalization calculation (or QEq) is performed in an
  45 interative fashion, which in parallel requires communication at each
  46 iteration for processors to exchange charge information about nearby
  47 atoms with each other.  See "Rappe_and_Goddard"_#Rappe_and_Goddard and
  48 "Rick_and_Stuart"_#Rick_and_Stuart for details.
  49
  50 During a run, charge equilibration is peformed every {Nevery} time
  51 steps.  Charge equilibration is also always enforced on the first step
  52 of each run.  The {precision} argument controls the tolerance for the
  53 difference in electronegativity for all atoms during charge
  54 equilibration.  {Precision} is a trade-off between the cost of
  55 performing charge equilibration (more iterations) and accuracy.
  56
  57 If the {file} keyword is used, then information about each
  58 equilibration calculation is written to the specifed file.
  59
  60 :line
  61
  62 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
  63 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  64 They have been optimized to run faster, depending on your available
  65 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  66 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  67 should produce the same results, except for round-off and precision
  68 issues.
  69
  70 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  71 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
  72 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  73 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  74
  75 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  76 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
  77 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
  78 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
  79
  80 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
  81 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
  82
  83 :line
  84
  85 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
  86
  87 No information about this fix is written to "binary restart
  88 files"_restart.html.
  89
  90 The "fix_modify"_fix_modify.html {respa} option is supported by this
  91 fix. This allows to set at which level of the "r-RESPA"_run_style.html
  92 integrator the fix is performing charge equilibration. Default is
  93 the outermost level.
  94
  95 This fix produces a per-atom vector which can be accessed by various
  96 "output commands"_Section_howto.html#howto_15.  The vector stores the
  97 gradient of the charge on each atom.  The per-atom values be accessed
  98 on any timestep.
  99
 100 No parameter of this fix can be used with the {start/stop} keywords of
 101 the "run"_run.html command.
 102
 103 This fix can be invoked during "energy minimization"_minimize.html.
 104
 105 [Restrictions:]
 106
 107 This fix command currently only supports "pair style {comb}"_pair_comb.html.
 108
 109 [Related commands:]
 110
 111 "pair_style comb"_pair_comb.html
 112
 113 [Default:]
 114
 115 No file output is performed.
 116
 117 :line
 118
 119 :link(COMB_1)
 120 [(COMB_1)] J. Yu, S. B. Sinnott, S. R. Phillpot, Phys Rev B, 75, 085311 (2007),
 121
 122 :link(COMB_2)
 123 [(COMB_2)] T.-R. Shan, B. D. Devine, T. W. Kemper, S. B. Sinnott, S. R.
 124 Phillpot, Phys Rev B, 81, 125328 (2010).
 125
 126 :link(Rappe_and_Goddard)
 127 [(Rappe_and_Goddard)] A. K. Rappe, W. A. Goddard, J Phys Chem 95, 3358
 128 (1991).
 129
 130 :link(Rick_and_Stuart)
 131 [(Rick_and_Stuart)] S. W. Rick, S. J. Stuart, B. J. Berne, J Chem Phys
 132 101, 16141 (1994).