doc/src/fix_spring_rg.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix spring/rg command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 fix ID group-ID spring/rg K RG0 :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command
  16 spring/rg = style name of this fix command
  17 K = harmonic force constant (force/distance units)
  18 RG0 = target radius of gyration to constrain to (distance units) :ul
  19   if RG0 = NULL, use the current RG as the target value :pre
  20
  21 [Examples:]
  22
  23 fix 1 protein spring/rg 5.0 10.0
  24 fix 2 micelle spring/rg 5.0 NULL :pre
  25
  26 [Description:]
  27
  28 Apply a harmonic restraining force to atoms in the group to affect
  29 their central moment about the center of mass (radius of gyration).
  30 This fix is useful to encourage a protein or polymer to fold/unfold
  31 and also when sampling along the radius of gyration as a reaction
  32 coordinate (i.e. for protein folding).
  33
  34 The radius of gyration is defined as RG in the first formula.  The
  35 energy of the constraint and associated force on each atom is given by
  36 the second and third formulas, when the group is at a different RG
  37 than the target value RG0.
  38
  39 :c,image(Eqs/fix_spring_rg.jpg)
  40
  41 The (xi - center-of-mass) term is computed taking into account
  42 periodic boundary conditions, m_i is the mass of the atom, and M is
  43 the mass of the entire group.  Note that K is thus a force constant
  44 for the aggregate force on the group of atoms, not a per-atom force.
  45
  46 If RG0 is specified as NULL, then the RG of the group is computed at
  47 the time the fix is specified, and that value is used as the target.
  48
  49 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
  50
  51 No information about this fix is written to "binary restart
  52 files"_restart.html.  None of the "fix_modify"_fix_modify.html options
  53 are relevant to this fix.  No global or per-atom quantities are stored
  54 by this fix for access by various "output
  55 commands"_Section_howto.html#howto_15.  No parameter of this fix can
  56 be used with the {start/stop} keywords of the "run"_run.html command.
  57 This fix is not invoked during "energy minimization"_minimize.html.
  58
  59 The "fix_modify"_fix_modify.html {respa} option is supported by this
  60 fix. This allows to set at which level of the "r-RESPA"_run_style.html
  61 integrator the fix is adding its forces. Default is the outermost level.
  62
  63 [Restrictions:] none
  64
  65 [Related commands:]
  66
  67 "fix spring"_fix_spring.html, "fix spring/self"_fix_spring_self.html
  68 "fix drag"_fix_drag.html, "fix smd"_fix_smd.html
  69
  70 [Default:] none