doc/src/fix_spring_self.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 fix spring/self command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 fix ID group-ID spring/self K dir :pre
  14
  15 ID, group-ID are documented in "fix"_fix.html command
  16 spring/self = style name of this fix command
  17 K = spring constant (force/distance units)
  18 dir = xyz, xy, xz, yz, x, y, or z (optional, default: xyz) :ul
  19
  20 [Examples:]
  21
  22 fix tether boundary-atoms spring/self 10.0
  23 fix zrest  move spring/self 10.0 z :pre
  24
  25 [Description:]
  26
  27 Apply a spring force independently to each atom in the group to tether
  28 it to its initial position.  The initial position for each atom is its
  29 location at the time the fix command was issued.  At each timestep,
  30 the magnitude of the force on each atom is -Kr, where r is the
  31 displacement of the atom from its current position to its initial
  32 position.  The distance r correctly takes into account any crossings
  33 of periodic boundary by the atom since it was in its intitial
  34 position.
  35
  36 With the (optional) dir flag, one can select in which direction the
  37 spring force is applied. By default, the restraint is applied in all
  38 directions, but it can be limited to the xy-, xz-, yz-plane and the
  39 x-, y-, or z-direction, thus restraining the atoms to a line or a
  40 plane, respectively.
  41
  42 [Restart, fix_modify, output, run start/stop, minimize info:]
  43
  44 This fix writes the original coordinates of tethered atoms to "binary
  45 restart files"_restart.html, so that the spring effect will be the
  46 same in a restarted simulation.  See the
  47 "read_restart"_read_restart.html command for info on how to re-specify
  48 a fix in an input script that reads a restart file, so that the
  49 operation of the fix continues in an uninterrupted fashion.
  50
  51 The "fix_modify"_fix_modify.html {energy} option is supported by this
  52 fix to add the energy stored in the per-atom springs to the system's
  53 potential energy as part of "thermodynamic output"_thermo_style.html.
  54
  55 The "fix_modify"_fix_modify.html {respa} option is supported by
  56 this fix. This allows to set at which level of the "r-RESPA"_run_style.html
  57 integrator the fix is adding its forces. Default is the outermost level.
  58
  59 This fix computes a global scalar which can be accessed by various
  60 "output commands"_Section_howto.html#howto_15.  The scalar is an
  61 energy which is the sum of the spring energy for each atom, where the
  62 per-atom energy is 0.5 * K * r^2.  The scalar value calculated by this
  63 fix is "extensive".
  64
  65 No parameter of this fix can be used with the {start/stop} keywords of
  66 the "run"_run.html command.
  67
  68 The forces due to this fix are imposed during an energy minimization,
  69 invoked by the "minimize"_minimize.html command.
  70
  71 NOTE: If you want the per-atom spring energy to be included in the
  72 total potential energy of the system (the quantity being minimized),
  73 you MUST enable the "fix_modify"_fix_modify.html {energy} option for
  74 this fix.
  75
  76 [Restrictions:] none
  77
  78 [Related commands:]
  79
  80 "fix drag"_fix_drag.html, "fix spring"_fix_spring.html,
  81 "fix smd"_fix_smd.html, "fix spring/rg"_fix_spring_rg.html
  82
  83 [Default:] none