doc/src/pair_list.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 pair_style list command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 pair_style list listfile cutoff keyword :pre
  14
  15 listfile = name of file with list of pairwise interactions
  16 cutoff = global cutoff (distance units)
  17 keyword = optional flag {nocheck} or {check} (default is {check}) :ul
  18
  19 [Examples:]
  20
  21 pair_style list restraints.txt 200.0
  22 pair_coeff * * :pre
  23
  24 pair_style hybrid/overlay lj/cut 1.1225 list pair_list.txt 300.0
  25 pair_coeff * * lj/cut 1.0 1.0
  26 pair_coeff 3* 3* list :pre
  27
  28 [Description:]
  29
  30 Style {list} computes interactions between explicitly listed pairs of
  31 atoms with the option to select functional form and parameters for
  32 each individual pair.  Because the parameters are set in the list
  33 file, the pair_coeff command has no parameters (but still needs to be
  34 provided).  The {check} and {nocheck} keywords enable/disable a test
  35 that checks whether all listed bonds were present and computed.
  36
  37 This pair style can be thought of as a hybrid between bonded,
  38 non-bonded, and restraint interactions.  It will typically be used as
  39 an additional interaction within the {hybrid/overlay} pair style.  It
  40 currently supports three interaction styles: a 12-6 Lennard-Jones, a
  41 Morse and a harmonic potential.
  42
  43 The format of the list file is as follows:
  44
  45 one line per pair of atoms :ulb,l
  46 empty lines will be ignored :l
  47 comment text starts with a '#' character :l
  48 line syntax: {ID1 ID2 style coeffs cutoff} :l
  49   ID1 = atom ID of first atom
  50   ID2 = atom ID of second atom
  51   style = style of interaction
  52   coeffs = list of coeffs
  53   cutoff = cutoff for interaction (optional) :pre
  54 :ule
  55
  56 The cutoff parameter is optional. If not specified, the global cutoff
  57 is used.
  58
  59 Here is an example file:
  60
  61 # this is a comment :pre
  62
  63 15 259 lj126     1.0 1.0      50.0
  64 15 603 morse    10.0 1.2 2.0  10.0 # and another comment
  65 18 470 harmonic 50.0 1.2       5.0  :pre
  66
  67 The style {lj126} computes pairwise interactions with the formula
  68
  69 :c,image(Eqs/pair_lj.jpg)
  70
  71 and the coefficients:
  72
  73 epsilon (energy units)
  74 sigma (distance units) :ul
  75
  76 The style {morse} computes pairwise interactions with the formula
  77
  78 :c,image(Eqs/pair_morse.jpg)
  79
  80 and the coefficients:
  81
  82 D0 (energy units)
  83 alpha (1/distance units)
  84 r0 (distance units) :ul
  85
  86 The style {harmonic} computes pairwise interactions with the formula
  87
  88 :c,image(Eqs/bond_harmonic.jpg)
  89
  90 and the coefficients:
  91
  92 K (energy units)
  93 r0 (distance units) :ul
  94
  95 Note that the usual 1/2 factor is included in K.
  96
  97 :line
  98
  99 [Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info]:
 100
 101 This pair style does not support mixing since all parameters are
 102 explicit for each pair.
 103
 104 The "pair_modify"_pair_modify.html shift option is supported by this
 105 pair style.
 106
 107 The "pair_modify"_pair_modify.html table and tail options are not
 108 relevant for this pair style.
 109
 110 This pair style does not write its information to "binary restart
 111 files"_restart.html, so pair_style and pair_coeff commands need
 112 to be specified in an input script that reads a restart file.
 113
 114 This pair style can only be used via the {pair} keyword of the
 115 "run_style respa"_run_style.html command.  It does not support the
 116 {inner}, {middle}, {outer} keywords.
 117
 118 :line
 119
 120 [Restrictions:]
 121
 122 This pair style does not use a neighbor list and instead identifies
 123 atoms by their IDs. This has two consequences: 1) The cutoff has to be
 124 chosen sufficiently large, so that the second atom of a pair has to be
 125 a ghost atom on the same node on which the first atom is local;
 126 otherwise the interaction will be skipped. You can use the {check}
 127 option to detect, if interactions are missing. 2) Unlike other pair
 128 styles in LAMMPS, an atom I will not interact with multiple images of
 129 atom J (assuming the images are within the cutoff distance), but only
 130 with the nearest image.
 131
 132 This style is part of the USER-MISC package. It is only enabled if
 133 LAMMPS is build with that package. See the "Making of
 134 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 135
 136 [Related commands:]
 137
 138 "pair_coeff"_pair_coeff.html,
 139 "pair_style hybrid/overlay"_pair_hybrid.html,
 140 "pair_style lj/cut"_pair_lj.html,
 141 "pair_style morse"_pair_morse.html,
 142 "bond_style harmonic"_bond_harmonic.html
 143
 144 [Default:] none