doc/src/pair_nm.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 pair_style nm/cut command :h3
  10 pair_style nm/cut/coul/cut command :h3
  11 pair_style nm/cut/coul/long command :h3
  12 pair_style nm/cut/omp command :h3
  13 pair_style nm/cut/coul/cut/omp command :h3
  14 pair_style nm/cut/coul/long/omp command :h3
  15
  16 [Syntax:]
  17
  18 pair_style style args :pre
  19
  20 style = {nm/cut} or {nm/cut/coul/cut} or {nm/cut/coul/long} :ulb,l
  21 args = list of arguments for a particular style :l
  22   {nm/cut} args = cutoff
  23     cutoff = global cutoff for Pair interactions (distance units)
  24   {nm/cut/coul/cut} args = cutoff (cutoff2)
  25     cutoff = global cutoff for Pair (and Coulombic if only 1 arg) (distance units)
  26     cutoff2 = global cutoff for Coulombic (optional) (distance units)
  27   {nm/cut/coul/long} args = cutoff (cutoff2)
  28     cutoff = global cutoff for Pair (and Coulombic if only 1 arg) (distance units)
  29     cutoff2 = global cutoff for Coulombic (optional) (distance units) :pre
  30 :ule
  31
  32 [Examples:]
  33
  34 pair_style nm/cut 12.0
  35 pair_coeff * * 0.01 5.4 8.0 7.0
  36 pair_coeff 1 1 0.01 4.4 7.0 6.0 :pre
  37
  38 pair_style nm/cut/coul/cut 12.0 15.0
  39 pair_coeff * * 0.01 5.4 8.0 7.0
  40 pair_coeff 1 1 0.01 4.4 7.0 6.0 :pre
  41
  42 pair_style nm/cut/coul/long 12.0 15.0
  43 pair_coeff * * 0.01 5.4 8.0 7.0
  44 pair_coeff 1 1 0.01 4.4 7.0 6.0 :pre
  45
  46 [Description:]
  47
  48 Style {nm} computes site-site interactions based on the N-M potential
  49 by "Clarke"_#Clarke, mainly used for ionic liquids.  A site can
  50 represent a single atom or a united-atom site.  The energy of an
  51 interaction has the following form:
  52
  53 :c,image(Eqs/pair_nm.jpg)
  54
  55 Rc is the cutoff.
  56
  57 Style {nm/cut/coul/cut} adds a Coulombic pairwise interaction given by
  58
  59 :c,image(Eqs/pair_coulomb.jpg)
  60
  61 where C is an energy-conversion constant, Qi and Qj are the charges on
  62 the 2 atoms, and epsilon is the dielectric constant which can be set
  63 by the "dielectric"_dielectric.html command.  If one cutoff is
  64 specified in the pair_style command, it is used for both the NM and
  65 Coulombic terms.  If two cutoffs are specified, they are used as
  66 cutoffs for the NM and Coulombic terms respectively.
  67
  68 Styles {nm/cut/coul/long} compute the same
  69 Coulombic interactions as style {nm/cut/coul/cut} except that an
  70 additional damping factor is applied to the Coulombic term so it can
  71 be used in conjunction with the "kspace_style"_kspace_style.html
  72 command and its {ewald} or {pppm} option.  The Coulombic cutoff
  73 specified for this style means that pairwise interactions within this
  74 distance are computed directly; interactions outside that distance are
  75 computed in reciprocal space.
  76
  77 For all of the {nm} pair styles, the following coefficients must
  78 be defined for each pair of atoms types
  79 via the "pair_coeff"_pair_coeff.html command as in the
  80 examples above, or in the data file or restart files read by the
  81 "read_data"_read_data.html or "read_restart"_read_restart.html
  82 commands.
  83
  84 E0 (energy units)
  85 r0 (distance units)
  86 n (unitless)
  87 m (unitless)
  88 cutoff1 (distance units)
  89 cutoff2 (distance units) :ul
  90
  91 The latter 2 coefficients are optional.  If not specified, the global
  92 NM and Coulombic cutoffs specified in the pair_style command are used.
  93 If only one cutoff is specified, it is used as the cutoff for both NM
  94 and Coulombic interactions for this type pair.  If both coefficients
  95 are specified, they are used as the NM and Coulombic cutoffs for this
  96 type pair.  You cannot specify 2 cutoffs for style {nm}, since it
  97 has no Coulombic terms.
  98
  99 For {nm/cut/coul/long} only the NM cutoff can be specified since a
 100 Coulombic cutoff cannot be specified for an individual I,J type pair.
 101 All type pairs use the same global Coulombic cutoff specified in the
 102 pair_style command.
 103
 104 :line
 105
 106 [Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info]:
 107
 108 These pair styles do not support mixing. Thus, coefficients for all
 109 I,J pairs must be specified explicitly.
 110
 111 All of the {nm} pair styles supports the
 112 "pair_modify"_pair_modify.html shift option for the energy of the pair
 113 interaction.
 114
 115 The {nm/cut/coul/long} pair styles support the
 116 "pair_modify"_pair_modify.html table option since they can tabulate
 117 the short-range portion of the long-range Coulombic interaction.
 118
 119 All of the {nm} pair styles support the "pair_modify"_pair_modify.html
 120 tail option for adding a long-range tail correction to the energy and
 121 pressure for the NM portion of the pair interaction.
 122
 123 All of the {nm} pair styles write their information to "binary restart
 124 files"_restart.html, so pair_style and pair_coeff commands do not need
 125 to be specified in an input script that reads a restart file.
 126
 127 All of the {nm} pair styles can only be used via the {pair} keyword of
 128 the "run_style respa"_run_style.html command.  They do not support the
 129 {inner}, {middle}, {outer} keywords.
 130
 131 :line
 132
 133 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp}, or {opt} suffix are
 134 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
 135 They have been optimized to run faster, depending on your available
 136 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
 137 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
 138 should produce the same results, except for round-off and precision
 139 issues.
 140
 141 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
 142 USER-OMP and OPT packages, respectively.  They are only enabled if
 143 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
 144 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 145
 146 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
 147 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
 148 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
 149 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
 150
 151 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
 152 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
 153
 154 [Restrictions:]
 155
 156 These pair styles are part of the MISC package.  It is only enabled if
 157 LAMMPS was built with that package.  See the "Making
 158 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 159
 160 [Related commands:]
 161
 162 "pair_coeff"_pair_coeff.html
 163
 164 [Default:] none
 165
 166 :line
 167
 168 :link(Clarke)
 169 [(Clarke)] Clarke and Smith, J Chem Phys, 84, 2290 (1986).