doc/src/pair_oxdna_excv.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 pair_style oxdna_excv command :h3
  10 pair_style oxdna_stk command :h3
  11 pair_style oxdna_hbond command :h3
  12 pair_style oxdna_xstk command :h3
  13 pair_style oxdna_coaxstk command :h3
  14
  15 [Syntax:]
  16
  17 pair_style style :pre
  18
  19 style = {hybrid/overlay oxdna_excv oxdna_stk oxdna_hbond oxdna_xstk oxdna_coaxstk} :ul
  20
  21 [Examples:]
  22
  23 pair_style hybrid/overlay oxdna_excv oxdna_stk oxdna_hbond oxdna_xstk oxdna_coaxstk
  24 pair_coeff * * oxdna_excv    2.0 0.7 0.675 2.0 0.515 0.5 2.0 0.33 0.32
  25 pair_coeff * * oxdna_stk     1.61048 6.0 0.4 0.9 0.32 0.6 1.3 0 0.8 0.9 0 0.95 0.9 0 0.95 2.0 0.65 2.0 0.65
  26 pair_coeff * * oxdna_hbond   0.0   8.0 0.4 0.75 0.34 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 0.46 3.141592653589793 0.7 4.0 1.5707963267948966 0.45 4.0 1.5707963267948966 0.45
  27 pair_coeff 1 4 oxdna_hbond   1.077 8.0 0.4 0.75 0.34 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 0.46 3.141592653589793 0.7 4.0 1.5707963267948966 0.45 4.0 1.5707963267948966 0.45
  28 pair_coeff 2 3 oxdna_hbond   1.077 8.0 0.4 0.75 0.34 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 1.5 0 0.7 0.46 3.141592653589793 0.7 4.0 1.5707963267948966 0.45 4.0 1.5707963267948966 0.45
  29 pair_coeff * * oxdna_xstk    47.5 0.575 0.675 0.495 0.655 2.25 0.791592653589793 0.58 1.7 1.0 0.68 1.7 1.0 0.68 1.5 0 0.65 1.7 0.875 0.68 1.7 0.875 0.68
  30 pair_coeff * * oxdna_coaxstk 46.0 0.4 0.6 0.22 0.58 2.0 2.541592653589793 0.65 1.3 0 0.8 0.9 0 0.95 0.9 0 0.95 2.0 -0.65 2.0 -0.65 :pre
  31
  32 [Description:]
  33
  34 The {oxdna} pair styles compute the pairwise-additive parts of the oxDNA force field
  35 for coarse-grained modelling of DNA. The effective interaction between the nucleotides consists of potentials for the
  36 excluded volume interaction {oxdna_excv}, the stacking {oxdna_stk}, cross-stacking {oxdna_xstk}
  37 and coaxial stacking interaction {oxdna_coaxstk} as well
  38 as the hydrogen-bonding interaction {oxdna_hbond} between complementary pairs of nucleotides on
  39 opposite strands.
  40
  41 The exact functional form of the pair styles is rather complex, which manifests itself in the 144 coefficients
  42 in the above example. The individual potentials consist of products of modulation factors,
  43 which themselves are constructed from a number of more basic potentials
  44 (Morse, Lennard-Jones, harmonic angle and distance) as well as quadratic smoothing and modulation terms.
  45 We refer to "(Ouldridge-DPhil)"_#Ouldridge-DPhil and "(Ouldridge)"_#Ouldridge
  46 for a detailed description of the oxDNA force field.
  47
  48 NOTE: These pair styles have to be used together with the related oxDNA bond style
  49 {oxdna_fene} for the connectivity of the phosphate backbone (see also documentation of
  50 "bond_style oxdna_fene"_bond_oxdna_fene.html). The coefficients
  51 in the above example have to be kept fixed and cannot be changed without reparametrizing the entire model.
  52
  53 Example input and data files can be found in /examples/USER/cgdna/examples/duplex1/ and /duplex2/.
  54 A simple python setup tool which creates single straight or helical DNA strands,
  55 DNA duplexes or arrays of DNA duplexes can be found in /examples/USER/cgdna/util/.
  56 A technical report with more information on the model, the structure of the input file,
  57 the setup tool and the performance of the LAMMPS-implementation of oxDNA
  58 can be found "here"_PDF/USER-CGDNA-overview.pdf.
  59
  60 :line
  61
  62 [Restrictions:]
  63
  64 These pair styles can only be used if LAMMPS was built with the
  65 USER-CGDNA package and the MOLECULE and ASPHERE package.  See the "Making
  66 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info on packages.
  67
  68 [Related commands:]
  69
  70 "bond_style oxdna_fene"_bond_oxdna_fene.html, "fix nve/dotc/langevin"_fix_nve_dotc_langevin.html, "pair_coeff"_pair_coeff.html
  71
  72 [Default:] none
  73
  74 :line
  75
  76 :link(Ouldridge-DPhil)
  77 [(Ouldrigde-DPhil)] T.E. Ouldridge, Coarse-grained modelling of DNA and DNA self-assembly, DPhil. University of Oxford (2011).
  78
  79 :link(Ouldridge)
  80 [(Ouldridge)] T.E. Ouldridge, A.A. Louis, J.P.K. Doye, J. Chem. Phys. 134, 085101 (2011).