doc/src/pair_quip.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 pair_style quip command :h3
  10
  11 [Syntax:]
  12
  13 pair_style quip :pre
  14
  15 [Examples:]
  16
  17 pair_style      quip
  18 pair_coeff      * * gap_example.xml "Potential xml_label=GAP_2014_5_8_60_17_10_38_466" 14
  19 pair_coeff      * * sw_example.xml "IP SW" 14 :pre
  20
  21 [Description:]
  22
  23 Style {quip} provides an interface for calling potential routines from
  24 the QUIP package. QUIP is built separately, and then linked to
  25 LAMMPS. The most recent version of the QUIP package can be downloaded
  26 from GitHub:
  27 "https://github.com/libAtoms/QUIP"_https://github.com/libAtoms/QUIP. The
  28 interface is chiefly intended to be used to run Gaussian Approximation
  29 Potentials (GAP), which are described in the following publications:
  30 "(Bartok et al)"_#Bartok_2010 and "(PhD thesis of
  31 Bartok)"_#Bartok_PhD.
  32
  33 Only a single pair_coeff command is used with the {quip} style that
  34 specifies a QUIP potential file containing the parameters of the
  35 potential for all needed elements in XML format. This is followed by a
  36 QUIP initialization string. Finally, the QUIP elements are mapped to
  37 LAMMPS atom types by specifying N atomic numbers, where N is the
  38 number of LAMMPS atom types:
  39
  40 QUIP filename
  41 QUIP initialization string
  42 N atomic numbers = mapping of QUIP elements to atom types :ul
  43
  44 See the "pair_coeff"_pair_coeff.html doc page for alternate ways
  45 to specify the path for the potential file.
  46
  47 A QUIP potential is fully specified by the filename which contains the
  48 parameters of the potential in XML format, the initialisation string,
  49 and the map of atomic numbers.
  50
  51 GAP potentials can be obtained from the Data repository section of
  52 "http://www.libatoms.org"_http://www.libatoms.org, where the
  53 appropriate initialisation strings are also advised. The list of
  54 atomic numbers must be matched to the LAMMPS atom types specified in
  55 the LAMMPS data file or elsewhere.
  56
  57 Two examples input scripts are provided in the examples/USER/quip
  58 directory.
  59
  60 [Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info]:
  61
  62 This pair style does not support the "pair_modify"_pair_modify.html
  63 mix, shift, table, and tail options.
  64
  65 This pair style does not write its information to "binary restart
  66 files"_restart.html, since it is stored in potential files.  Thus, you
  67 need to re-specify the pair_style and pair_coeff commands in an input
  68 script that reads a restart file.
  69
  70 This pair style can only be used via the {pair} keyword of the
  71 "run_style respa"_run_style.html command.  It does not support the
  72 {inner}, {middle}, {outer} keywords.
  73
  74 [Restrictions:]
  75
  76 This pair style is part of the USER-QUIP package.  It is only enabled
  77 if LAMMPS was built with that package.  See the "Making
  78 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  79
  80 QUIP potentials are parametrized in electron-volts and Angstroms and
  81 therefore should be used with LAMMPS metal "units"_units.html.
  82
  83 [Related commands:]
  84
  85 "pair_coeff"_pair_coeff.html
  86
  87 :line
  88
  89 :link(Bartok_2010)
  90
  91 [(Bartok_2010)] AP Bartok, MC Payne, R Kondor, and G Csanyi, Physical
  92 Review Letters 104, 136403 (2010).
  93
  94 :link(Bartok_PhD)
  95 [(Bartok_PhD)] A Bartok-Partay, PhD Thesis, University of Cambridge,
  96 (2010).