doc/src/pair_sdk.txt

   1 "LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
   2
   3 :link(lws,http://lammps.sandia.gov)
   4 :link(ld,Manual.html)
   5 :link(lc,Section_commands.html#comm)
   6
   7 :line
   8
   9 pair_style lj/sdk command :h3
  10 pair_style lj/sdk/gpu command :h3
  11 pair_style lj/sdk/kk command :h3
  12 pair_style lj/sdk/omp command :h3
  13 pair_style lj/sdk/coul/long command :h3
  14 pair_style lj/sdk/coul/long/gpu command :h3
  15 pair_style lj/sdk/coul/long/omp command :h3
  16
  17 [Syntax:]
  18
  19 pair_style style args :pre
  20
  21 style = {lj/sdk} or {lj/sdk/coul/long}
  22 args = list of arguments for a particular style :ul
  23   {lj/sdk} args = cutoff
  24     cutoff = global cutoff for Lennard Jones interactions (distance units)
  25   {lj/sdk/coul/long} args = cutoff (cutoff2)
  26     cutoff = global cutoff for LJ (and Coulombic if only 1 arg) (distance units)
  27     cutoff2 = global cutoff for Coulombic (optional) (distance units) :pre
  28
  29 [Examples:]
  30
  31 pair_style lj/sdk 2.5
  32 pair_coeff 1 1 lj12_6 1 1.1 2.8 :pre
  33
  34 pair_style lj/sdk/coul/long 10.0
  35 pair_style lj/sdk/coul/long 10.0 12.0
  36 pair_coeff 1 1 lj9_6 100.0 3.5 12.0 :pre
  37
  38 [Description:]
  39
  40 The {lj/sdk} styles compute a 9/6, 12/4, or 12/6 Lennard-Jones potential,
  41 given by
  42
  43 :c,image(Eqs/pair_cmm.jpg)
  44
  45 as required for the SDK Coarse-grained MD parametrization discussed in
  46 "(Shinoda)"_#Shinoda and "(DeVane)"_#DeVane.  Rc is the cutoff.
  47
  48 Style {lj/sdk/coul/long} computes the adds Coulombic interactions
  49 with an additional damping factor applied so it can be used in
  50 conjunction with the "kspace_style"_kspace_style.html command and
  51 its {ewald} or {pppm} or {pppm/cg} option.  The Coulombic cutoff
  52 specified for this style means that pairwise interactions within
  53 this distance are computed directly; interactions outside that
  54 distance are computed in reciprocal space.
  55
  56 The following coefficients must be defined for each pair of atoms
  57 types via the "pair_coeff"_pair_coeff.html command as in the examples
  58 above, or in the data file or restart files read by the
  59 "read_data"_read_data.html or "read_restart"_read_restart.html
  60 commands, or by mixing as described below:
  61
  62 cg_type (lj9_6, lj12_4, or lj12_6)
  63 epsilon (energy units)
  64 sigma (distance units)
  65 cutoff1 (distance units) :ul
  66
  67 Note that sigma is defined in the LJ formula as the zero-crossing
  68 distance for the potential, not as the energy minimum. The prefactors
  69 are chosen so that the potential minimum is at -epsilon.
  70
  71 The latter 2 coefficients are optional.  If not specified, the global
  72 LJ and Coulombic cutoffs specified in the pair_style command are used.
  73 If only one cutoff is specified, it is used as the cutoff for both LJ
  74 and Coulombic interactions for this type pair.  If both coefficients
  75 are specified, they are used as the LJ and Coulombic cutoffs for this
  76 type pair.
  77
  78 For {lj/sdk/coul/long} only the LJ cutoff can be specified since a
  79 Coulombic cutoff cannot be specified for an individual I,J type pair.
  80 All type pairs use the same global Coulombic cutoff specified in the
  81 pair_style command.
  82
  83 :line
  84
  85 Styles with a {gpu}, {intel}, {kk}, {omp} or {opt} suffix are
  86 functionally the same as the corresponding style without the suffix.
  87 They have been optimized to run faster, depending on your available
  88 hardware, as discussed in "Section 5"_Section_accelerate.html
  89 of the manual.  The accelerated styles take the same arguments and
  90 should produce the same results, except for round-off and precision
  91 issues.
  92
  93 These accelerated styles are part of the GPU, USER-INTEL, KOKKOS,
  94 USER-OMP, and OPT packages respectively.  They are only enabled if
  95 LAMMPS was built with those packages.  See the "Making
  96 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
  97
  98 You can specify the accelerated styles explicitly in your input script
  99 by including their suffix, or you can use the "-suffix command-line
 100 switch"_Section_start.html#start_7 when you invoke LAMMPS, or you can
 101 use the "suffix"_suffix.html command in your input script.
 102
 103 See "Section 5"_Section_accelerate.html of the manual for
 104 more instructions on how to use the accelerated styles effectively.
 105
 106 :line
 107
 108 [Mixing, shift, table, tail correction, restart, and rRESPA info]:
 109
 110 For atom type pairs I,J and I != J, the epsilon and sigma coefficients
 111 and cutoff distance for all of the lj/sdk pair styles {cannot} be mixed,
 112 since different pairs may have different exponents. So all parameters
 113 for all pairs have to be specified explicitly through the "pair_coeff"
 114 command. Defining then in a data file is also not supported, due to
 115 limitations of that file format.
 116
 117 All of the lj/sdk pair styles support the
 118 "pair_modify"_pair_modify.html shift option for the energy of the
 119 Lennard-Jones portion of the pair interaction.
 120
 121 The {lj/sdk/coul/long} pair styles support the
 122 "pair_modify"_pair_modify.html table option since they can tabulate
 123 the short-range portion of the long-range Coulombic interaction.
 124
 125 All of the lj/sdk pair styles write their information to "binary
 126 restart files"_restart.html, so pair_style and pair_coeff commands do
 127 not need to be specified in an input script that reads a restart file.
 128
 129 The lj/sdk and lj/cut/coul/long pair styles do not support
 130 the use of the {inner}, {middle}, and {outer} keywords of the "run_style
 131 respa"_run_style.html command.
 132
 133 :line
 134
 135 [Restrictions:]
 136
 137 All of the lj/sdk pair styles are part of the USER-CG-CMM package.
 138 The {lj/sdk/coul/long} style also requires the KSPACE package to be
 139 built (which is enabled by default).  They are only enabled if LAMMPS
 140 was built with that package.  See the "Making
 141 LAMMPS"_Section_start.html#start_3 section for more info.
 142
 143 [Related commands:]
 144
 145 "pair_coeff"_pair_coeff.html, "angle_style sdk"_angle_sdk.html
 146
 147 [Default:] none
 148
 149 :line
 150
 151 :link(Shinoda)
 152 [(Shinoda)] Shinoda, DeVane, Klein, Mol Sim, 33, 27 (2007).
 153
 154 :link(DeVane)
 155 [(DeVane)]  Shinoda, DeVane, Klein, Soft Matter, 4, 2453-2462 (2008).
 156