examples/colloid/log.5Oct16.colloid.g++.4

   1 LAMMPS (5 Oct 2016)
   2 # Big colloid particles and small LJ particles
   3
   4 units           lj
   5 atom_style      sphere
   6 dimension       2
   7
   8 lattice         sq 0.01
   9 Lattice spacing in x,y,z = 10 10 10
  10 region          box block 0 30 0 30 -0.5 0.5
  11 create_box      2 box
  12 Created orthogonal box = (0 0 -5) to (300 300 5)
  13   2 by 2 by 1 MPI processor grid
  14 create_atoms    1 box
  15 Created 900 atoms
  16
  17 set             group all type/fraction 2 0.96 23984
  18   861 settings made for type/fraction
  19
  20 set             type 1 mass 9
  21   39 settings made for mass
  22 set             type 2 mass 1
  23   861 settings made for mass
  24
  25 velocity        all create 1.44 87287 loop geom
  26
  27 # multi neighbor and comm for efficiency
  28
  29 neighbor        1 multi
  30 neigh_modify    delay 0
  31 comm_modify     mode multi
  32
  33 # colloid potential
  34
  35 pair_style      colloid 12.5
  36 pair_coeff      1 1  1.0 1.0 5.0 5.0 12.5
  37 pair_coeff      1 2  5.0 1.0 5.0 0.0 7.0
  38 pair_coeff      2 2 10.0 1.0 0.0 0.0 2.5
  39
  40 fix             1 all npt temp 2.0 2.0 1.0 iso 0.0 1.0 10.0 drag 1.0            mtk no pchain 0 tchain 1
  41 fix             2 all enforce2d
  42
  43 #dump           1 all atom 1000 dump.colloid
  44
  45 #dump           2 all image 1000 image.*.jpg type type #                zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
  46 #dump_modify    2 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5
  47
  48 #dump           3 all movie 1000 movie.mpg type type #          zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
  49 #dump_modify    3 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5
  50
  51 thermo_style    custom step temp epair etotal press vol
  52 thermo          1000
  53
  54 timestep        0.005
  55
  56 run             50000
  57 Neighbor list info ...
  58   1 neighbor list requests
  59   update every 1 steps, delay 0 steps, check yes
  60   max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
  61   master list distance cutoff = 13.5
  62   ghost atom cutoff = 13.5
  63   binsize = 1.75 -> bins = 172 172 6
  64 Memory usage per processor = 3.76692 Mbytes
  65 Step Temp E_pair TotEng Press Volume
  66        0         1.44 -2.2136534e-06    1.4383978  0.014383923        90000
  67     1000    1.9572355 -0.00037176804     1.954689  0.017979461    98945.011
  68     2000    2.0686234 -0.0010137498    2.0653112   0.01947028    96310.014
  69     3000    2.1785689 0.0049562211    2.1811045  0.029298361     68537.78
  70     4000     2.200053 0.00039100896    2.1979995  0.048071724    42672.579
  71     5000    2.1407629  0.016107891    2.1544922  0.076141723      28576.1
  72     6000    2.1131348 0.00051000844    2.1112968  0.095061489    21598.174
  73     7000    2.0735911  0.011894403    2.0831815   0.11729552    17864.933
  74     8000    2.0619661 0.0060168177    2.0656919    0.1295732    15547.781
  75     9000    2.0595354 0.0024157411    2.0596627   0.14657861    13836.694
  76    10000    2.0425447  0.018278949    2.0585541    0.1740235    12474.354
  77    11000    2.0460068  0.012079252    2.0558127   0.19227728    11392.874
  78    12000    2.0372027  0.019110617    2.0540498   0.21648482    10523.896
  79    13000    2.0416804  0.015790699    2.0552026   0.24604625    9785.1314
  80    14000    2.0466943 0.0064454505    2.0508656   0.22777839    9165.8411
  81    15000    2.0436536  0.015576669    2.0569595   0.28266826    8582.5053
  82    16000    2.0335541   0.01998798    2.0512825    0.2894612    8114.5044
  83    17000    2.0109406  0.039132968    2.0478392   0.34665262    7758.9312
  84    18000     2.016964  0.038362354    2.0530852   0.37108874    7399.6774
  85    19000    2.0399584  0.012731426    2.0504232   0.32979629    7081.8066
  86    20000    2.0260154  0.027880228    2.0516445   0.36371005    6812.6037
  87    21000    2.0321966  0.023814364     2.053753   0.36376888    6556.4552
  88    22000    1.9850947  0.072749763    2.0556388   0.52542507    6293.5003
  89    23000    2.0360536   0.02395391    2.0577452   0.42540507    6061.6557
  90    24000    2.0237181  0.032711377    2.0541809   0.43998497    5883.2886
  91    25000    2.0145711  0.042376354    2.0547091   0.54706192    5715.4423
  92    26000      2.00533  0.049986982    2.0530888   0.55453953    5564.0132
  93    27000    2.0266398  0.035044901    2.0594329   0.51842026    5431.0259
  94    28000    2.0321757  0.029913711    2.0598314   0.49663872    5305.2909
  95    29000    1.9964359  0.066498777    2.0607164   0.56461185    5174.9947
  96    30000     1.982908  0.082624709    2.0633294   0.65815484    5046.1903
  97    31000    2.0141773  0.049027808    2.0609671   0.58512256    4980.1474
  98    32000    1.9938427  0.076695158    2.0683225   0.64309333    4844.0907
  99    33000     2.012869  0.054851302    2.0654838   0.63073652    4749.9868
 100    34000    1.9867827  0.083467738    2.0680429    0.7840696    4656.3038
 101    35000    2.0013706  0.067630614    2.0667775   0.72991936    4566.7052
 102    36000    2.0106349  0.063148106     2.071549   0.73927159    4495.7351
 103    37000    2.0245299  0.053399546      2.07568    0.7189467     4423.018
 104    38000    2.0133929  0.062427506    2.0735833   0.74002573    4351.9277
 105    39000    1.9874796  0.088021324    2.0732926   0.79349127    4293.1815
 106    40000    2.0240342  0.057908137    2.0796935   0.75182186    4235.9306
 107    41000    1.9973584  0.077969812    2.0731089   0.83868109    4218.8397
 108    42000    2.0034131  0.079826384    2.0810134   0.78010078    4179.2254
 109    43000    2.0438594  0.047617472    2.0892059   0.77402823    4089.0577
 110    44000     2.021871  0.066506327    2.0861308   0.82593265    3999.9932
 111    45000    2.0052391   0.07876379    2.0817748   0.84100298    3958.8163
 112    46000    2.0163501  0.073621087    2.0877308    0.8621767    3920.4982
 113    47000     2.020619  0.067706551    2.0860804   0.92651509     3885.827
 114    48000    2.0168306  0.082111421    2.0967011    0.9214563    3829.1155
 115    49000    2.0007804  0.098241181    2.0967985   0.93140657    3755.3901
 116    50000    2.0213773  0.071280328    2.0904116    0.9408025    3734.5105
 117 Loop time of 3.66837 on 4 procs for 50000 steps with 900 atoms
 118
 119 Performance: 5888181.024 tau/day, 13630.049 timesteps/s
 120 98.8% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
 121
 122 MPI task timing breakdown:
 123 Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
 124 ---------------------------------------------------------------
 125 Pair    | 1.0038     | 1.0256     | 1.0441     |   1.4 | 27.96
 126 Neigh   | 0.33784    | 0.35406    | 0.36994    |   2.1 |  9.65
 127 Comm    | 0.82073    | 0.85742    | 0.88285    |   2.5 | 23.37
 128 Output  | 0.00096369 | 0.0010209  | 0.0011663  |   0.3 |  0.03
 129 Modify  | 1.178      | 1.1807     | 1.1825     |   0.1 | 32.19
 130 Other   |            | 0.2496     |            |       |  6.80
 131
 132 Nlocal:    225 ave 234 max 208 min
 133 Histogram: 1 0 0 0 0 0 1 0 0 2
 134 Nghost:    305.25 ave 313 max 299 min
 135 Histogram: 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1
 136 Neighs:    1501.75 ave 1627 max 1408 min
 137 Histogram: 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1
 138
 139 Total # of neighbors = 6007
 140 Ave neighs/atom = 6.67444
 141 Neighbor list builds = 3071
 142 Dangerous builds = 0
 143
 144 Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
 145
 146 Total wall time: 0:00:03