tools/lmp2vmd/README.txt

   1 This directory  used    to contain utility  scripts  for   using  VMD to
   2 visualize and analyze LAMMPS  trajectories. As of  April 2010 all of the
   3 scripts and many additional features have been merged into the topotools
   4 plugin that is bundled with VMD. Updates between VMD releases are here:
   5 http://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
   6 This page also contains detailed documentation and some tutorials.
   7
   8 These scripts within VMD and the plugin for native LAMMPS dump files are
   9 are  maintained  by Axel Kohlmeyer <akohlmey@gmail.com>;  please contact
  10 him through the LAMMPS mailing list in case of problems.
  11
  12 Below are a few comments on support for LAMMPS in VMD.
  13
  14 -------------------------
  15
  16 1. File formats and VMD limitations
  17
  18    VMD currently supports reading several but not all file formats
  19    that LAMMPS can generate. Supported are: atom (text mode), custom
  20    (text mode, only some fields are directly supported, please see
  21    below for more details), dcd, xyz and xtc.  Cfg and binary native
  22    dump files are not supported (06/2012). The new molfile dump style
  23    in addition allows to use VMD molfile plugins to write dumps in
  24    any format that is supported by VMD.
  25
  26    However VMD requires all frames of a file to have the same number of
  27    atoms.  If the number of atoms changes between two frames,  the file
  28    reader will stop. The topotools plugin has a special scripted file
  29    reader for .xyz files that can generate the necessary padding so that
  30    the file can still be read into VMD.  Whether an atom is real or
  31    "invisible" is then flagged in the "user" field.  For efficiency
  32    reasons this script will not preserve atom identity between frames.
  33
  34 2. Topology files, a.k.a. as "data" files
  35
  36    The topotools plugin also contains a read and write option for LAMMPS
  37    data files. This reader will try to preserve as much information as
  38    possible and will also store useful information as comments upon
  39    writing. It does not store or read coefficient data.  In combination
  40    with other functionality in topotools complete topologies for rather
  41    complicated systems for LAMMPS can be build with VMD scripting.
  42
  43 3. Reading custom data fields into VMD
  44
  45    At this moment VMD only supports reading coordinates and velocities
  46    (if present) as per timestep data. Everthing else is just taken
  47    from the first frame or whatever file was used to generate this
  48    structure information.  Through setting the environment variable
  49    LAMMPSREMAPFIELDS, custom properties can be mapped to the x, y, z,
  50    vx, vy, vz data fields and then accessed from within VMD. For
  51    example to store radius and charge of a particle in the vx and vy
  52    fields, respectively set this variable to "vx=radius,vy=q".  Future
  53    versions of VMD will allow more flexibility.
  54
  55 4. Recovering information about elements
  56
  57    Colorization in VMD is by default based on atom names, yet LAMMPS
  58    requires identification of atoms by consecutive numbers starting at
  59    1. With the option of reading a LAMMPS data file, additional
  60    information is provided that can help to recover some of this
  61    data. 'topo guessatom element mass' will guess the atom's element
  62    name from it mass (with fuzz, where possible).
  63
  64 5. Reading files from the command line
  65
  66    Converting a LAMMPS data file to a .psf file can be very convenient
  67    for loading trajectories from the command line. This conversion is
  68    done with
  69
  70    topo readlammpsdata data.rhodo full
  71    animate write psf rhodo.psf
  72
  73    In the future you can now load this PSF file first and then the
  74    LAMMPS dump file(s) (or a more compact and faster loading DCD or
  75    XTC file) with:
  76
  77      vmd micelle.psf -lammpstrj dump.micelle
  78
  79    Note how the -lammpstrj flag will tell VMD that dump.micelle is a
  80    lammps trajectory file.