ground/gcs/src/libs/eigen/bench/BenchSparseUtil.h

   1
   2 #include <Eigen/Sparse>
   3 #include <bench/BenchTimer.h>
   4 #include <set>
   5
   6 using namespace std;
   7 using namespace Eigen;
   8 using namespace Eigen;
   9
  10 #ifndef SIZE
  11 #define SIZE 1024
  12 #endif
  13
  14 #ifndef DENSITY
  15 #define DENSITY 0.01
  16 #endif
  17
  18 #ifndef SCALAR
  19 #define SCALAR double
  20 #endif
  21
  22 typedef SCALAR Scalar;
  23 typedef Matrix<Scalar,Dynamic,Dynamic> DenseMatrix;
  24 typedef Matrix<Scalar,Dynamic,1> DenseVector;
  25 typedef SparseMatrix<Scalar> EigenSparseMatrix;
  26
  27 void fillMatrix(float density, int rows, int cols,  EigenSparseMatrix& dst)
  28 {
  29   dst.reserve(double(rows)*cols*density);
  30   for(int j = 0; j < cols; j++)
  31   {
  32     for(int i = 0; i < rows; i++)
  33     {
  34       Scalar v = (internal::random<float>(0,1) < density) ? internal::random<Scalar>() : 0;
  35       if (v!=0)
  36         dst.insert(i,j) = v;
  37     }
  38   }
  39   dst.finalize();
  40 }
  41
  42 void fillMatrix2(int nnzPerCol, int rows, int cols,  EigenSparseMatrix& dst)
  43 {
  44 //   std::cout << "alloc " << nnzPerCol*cols << "\n";
  45   dst.reserve(nnzPerCol*cols);
  46   for(int j = 0; j < cols; j++)
  47   {
  48     std::set<int> aux;
  49     for(int i = 0; i < nnzPerCol; i++)
  50     {
  51       int k = internal::random<int>(0,rows-1);
  52       while (aux.find(k)!=aux.end())
  53         k = internal::random<int>(0,rows-1);
  54       aux.insert(k);
  55
  56       dst.insert(k,j) = internal::random<Scalar>();
  57     }
  58   }
  59   dst.finalize();
  60 }
  61
  62 void eiToDense(const EigenSparseMatrix& src, DenseMatrix& dst)
  63 {
  64   dst.setZero();
  65   for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
  66     for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
  67       dst(it.index(),j) = it.value();
  68 }
  69
  70 #ifndef NOGMM
  71 #include "gmm/gmm.h"
  72 typedef gmm::csc_matrix<Scalar> GmmSparse;
  73 typedef gmm::col_matrix< gmm::wsvector<Scalar> > GmmDynSparse;
  74 void eiToGmm(const EigenSparseMatrix& src, GmmSparse& dst)
  75 {
  76   GmmDynSparse tmp(src.rows(), src.cols());
  77   for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
  78     for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
  79       tmp(it.index(),j) = it.value();
  80   gmm::copy(tmp, dst);
  81 }
  82 #endif
  83
  84 #ifndef NOMTL
  85 #include <boost/numeric/mtl/mtl.hpp>
  86 typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::col_major> > MtlSparse;
  87 typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::row_major> > MtlSparseRowMajor;
  88 void eiToMtl(const EigenSparseMatrix& src, MtlSparse& dst)
  89 {
  90   mtl::matrix::inserter<MtlSparse> ins(dst);
  91   for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
  92     for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
  93       ins[it.index()][j] = it.value();
  94 }
  95 #endif
  96
  97 #ifdef CSPARSE
  98 extern "C" {
  99 #include "cs.h"
 100 }
 101 void eiToCSparse(const EigenSparseMatrix& src, cs* &dst)
 102 {
 103   cs* aux = cs_spalloc (0, 0, 1, 1, 1);
 104   for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
 105     for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
 106       if (!cs_entry(aux, it.index(), j, it.value()))
 107       {
 108         std::cout << "cs_entry error\n";
 109         exit(2);
 110       }
 111    dst = cs_compress(aux);
 112 //    cs_spfree(aux);
 113 }
 114 #endif // CSPARSE
 115
 116 #ifndef NOUBLAS
 117 #include <boost/numeric/ublas/vector.hpp>
 118 #include <boost/numeric/ublas/matrix.hpp>
 119 #include <boost/numeric/ublas/io.hpp>
 120 #include <boost/numeric/ublas/triangular.hpp>
 121 #include <boost/numeric/ublas/vector_sparse.hpp>
 122 #include <boost/numeric/ublas/matrix_sparse.hpp>
 123 #include <boost/numeric/ublas/vector_of_vector.hpp>
 124 #include <boost/numeric/ublas/operation.hpp>
 125
 126 typedef boost::numeric::ublas::compressed_matrix<Scalar,boost::numeric::ublas::column_major> UBlasSparse;
 127
 128 void eiToUblas(const EigenSparseMatrix& src, UBlasSparse& dst)
 129 {
 130   dst.resize(src.rows(), src.cols(), false);
 131   for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
 132     for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
 133       dst(it.index(),j) = it.value();
 134 }
 135
 136 template <typename EigenType, typename UblasType>
 137 void eiToUblasVec(const EigenType& src, UblasType& dst)
 138 {
 139   dst.resize(src.size());
 140   for (int j=0; j<src.size(); ++j)
 141       dst[j] = src.coeff(j);
 142 }
 143 #endif
 144
 145 #ifdef OSKI
 146 extern "C" {
 147 #include <oski/oski.h>
 148 }
 149 #endif