bio-intern-09/README.txt

   1 All the data and scripts used to analyze the data of Dr Thomas Waibels PhD project.
   2
   3 File:                     Description:
   4 archive                   Backup of all the data/script files
   5 archive/data              Backup of data files
   6 archive/data/depreciated  Data no longer useful
   7 archive/scripts           Backup of script files
   8
   9 R-packages                Packages used for analysis of data
  10
  11 data                      Data used for bioinformatics analysis
  12 data/clustered_tags       Clustered tags data
  13 data/common_tags          Common tags data
  14 data/normalized_tags      Normalized tags data
  15
  16 scripts                   Scripts used
  17 scripts/reads             Returns the number of total/single reads from clustered tags data files
  18 scripts/common_tags       Compares and outputs the common sequence of two sample data files
  19 scripts/analysis.rb       Ruby class for all the analysis involved for this project
  20 scripts/main.rb           Main ruby script for analyzing the data