js/CXGN/Blast.js

   1
   2 function run_blast(database_types, input_option_types) {
   3   clear_status();
   4   update_status("Initializing run... ");
   5
   6   jQuery('#prereqs').html('');
   7   // jQuery('#blast_report').html('');
   8   jQuery('#Basic_output').html('');
   9   jQuery('#Overview_output').html('');
  10   jQuery('#Coverage_output').html('');
  11   jQuery('#Table_output').html('');
  12   jQuery('#SGN_output').html('');
  13   jQuery('#Bioperl_output').html('');
  14
  15   var program  = jQuery('#program_select').val();
  16   var sequence = jQuery('#sequence').val();
  17
  18   var msie = window.navigator.userAgent.indexOf("MSIE ");
  19
  20   if (msie) {
  21     sequence = sequence.replace(/\s+/g, "\n");
  22   }
  23
  24
  25   var database = jQuery('#database').val();
  26   var evalue   = jQuery('#evalue').val();
  27   var matrix   = jQuery('#matrix').val();
  28   // var graphics = jQuery('#graphics').val(); //graphics?
  29   var maxhits  = jQuery('#maxhits').val();
  30   var filterq  = jQuery('#filterq').val();
  31   var input_option = jQuery('#input_options').val(); //input option is the format of the pasted sequenced
  32
  33   if (sequence === '') {
  34     alert("Please enter a sequence :-)");
  35     return;
  36   }
  37
  38   if (!blast_program_ok(program,  input_option_types[input_option], database_types[database])) {
  39     alert("The BLAST program does not match the selected database and query.");
  40     return;
  41   }
  42
  43   update_status("Submitting job... ");
  44
  45   var jobid ="";
  46   var seq_count = 0;
  47   disable_ui();
  48
  49   jQuery.ajax( {
  50     //async: false,
  51     url: '/tools/blast/run/',
  52
  53     method: 'POST',
  54     data: { 'sequence': sequence, 'matrix': matrix, 'evalue': evalue, 'maxhits': maxhits, 'filterq': filterq, 'database': database, 'program': program, 'input_options': input_option, 'db_type': database_types[database]},
  55     success: function(response) {
  56       if (response.error) {
  57         enable_ui();
  58         alert(response.error);
  59         return;
  60       }
  61       else{
  62         jobid = response.jobid;
  63         seq_count = response.seq_count;
  64         //alert("SEQ COUNT = "+seq_count);
  65         wait_result(jobid, seq_count);
  66       }
  67     },
  68     error: function(response) {
  69       alert("An error occurred. The service may not be available right now.");
  70       enable_ui();
  71       return;
  72     }
  73   });
  74 }
  75
  76 function wait_result(jobid, seq_count) {
  77   update_status('id='+jobid+' ');
  78   var done = false;
  79   var error = false;
  80
  81   while (done == false) {
  82
  83     jQuery.ajax({
  84       async: false,
  85       url: '/tools/blast/check/'+jobid,
  86       success: function(response) {
  87         if (response.status === "complete") {
  88           //alert("DONE!!!!");
  89           done = true;
  90           finish_blast(jobid, seq_count);
  91         }
  92         else {
  93           update_status('.');
  94         }
  95       },
  96       error: function(response) {
  97         alert("An  error occurred. ");
  98         enable_ui();
  99         done=true;
 100         error=true;
 101       }
 102     });
 103
 104   }
 105 }
 106
 107 function finish_blast(jobid, seq_count) {
 108
 109   update_status('Run complete.<br />');
 110
 111   var format   =  jQuery('#parse_options').val();
 112
 113   // alert("FORMAT IS: "+format + " seqcount ="+ seq_count + "jobid = "+jobid);
 114
 115   var blast_reports = new Array();
 116   var prereqs = new Array();
 117   var database = jQuery('#database').val();
 118
 119   if (seq_count > 1) {
 120     format = [ "Table", "Basic" ];
 121     alert("Multiple sequences were detected. The output will be shown in the tabular and basic format");
 122   } else {
 123
 124     // get BLAST Graph
 125     jQuery.ajax( {
 126       url: '/tools/blast/render_graph/'+jobid,
 127       data: { 'db_id': database },
 128
 129       success: function(response) {
 130         var sgn_graph_array = response.desc_array;
 131         var seq_length = response.sequence_length;
 132
 133         // alert("descriptions: "+response.sequence_length);
 134         // jQuery('#blast_query_length').html("Query length ("+seq_length+")");
 135         // alert(response.sgn_html);
 136
 137         draw_blast_graph(sgn_graph_array, seq_length);
 138         jQuery('#sgn_blast_graph').css("display", "inline");
 139
 140         jQuery("#SGN_output").html(response.sgn_html);
 141
 142         if (response.prereqs) {
 143           prereqs.push(response.prereqs);
 144           jQuery('#prereqs').html(prereqs.join("\n\n<br />\n\n"));
 145         }
 146
 147         jQuery('#jobid').html(jobid);
 148
 149         Effects.swapElements('input_parameter_section_offswitch', 'input_parameter_section_onswitch');
 150         Effects.hideElement('input_parameter_section_content');
 151         jQuery('#download_basic').css("display", "inline");
 152
 153         jQuery('#notes').css("width","75%")
 154
 155         enable_ui();
 156       },
 157       error: function(response) { alert("SGN BLAST Graph: An error occurred. "+response.error); enable_ui();}
 158     });
 159
 160   } //else closed
 161
 162   if (format) {
 163
 164     for (var n in format) {
 165       update_status('Formatting output ('+format[n]+')<br />');
 166
 167       jQuery.ajax( {
 168         url: '/tools/blast/result/'+jobid,
 169         data: { 'format': format[n], 'db_id': database },
 170
 171         success: function(response) {
 172
 173           // alert("output format: "+response.blast_format);
 174
 175           if (response.blast_report) {
 176             var out_id = "#"+response.blast_format+"_output";
 177             // var out_id = "#"+response.blast_format.replace(" graph", "")+"_output";
 178             // alert("out_id: "+out_id);
 179             // alert("blast_report: "+response.blast_report);
 180
 181             jQuery(out_id).html(response.blast_report+"<br><br>\n");
 182           }
 183           if (response.prereqs) {
 184               prereqs.push(response.prereqs);
 185               jQuery('#prereqs').html(prereqs.join("\n\n<br />\n\n"));
 186           }
 187
 188           jQuery('#jobid').html(jobid);
 189
 190           Effects.swapElements('input_parameter_section_offswitch', 'input_parameter_section_onswitch');
 191           Effects.hideElement('input_parameter_section_content');
 192           jQuery('#download_basic').css("display", "inline");
 193
 194           if (response.blast_format == "Table") {
 195             jQuery('#download_table').css("display", "inline");
 196           }
 197           jQuery('#notes').css("width","75%")
 198           enable_ui();
 199         },
 200         error: function(response) { alert("Parse BLAST: An error occurred. "+response.error); enable_ui();}
 201       });
 202     } // for close
 203
 204   } // if format closed
 205
 206 }
 207
 208 function disable_ui() {
 209   jQuery('#myModal').modal({
 210     show: true,
 211     keyboard: false,
 212     backdrop: 'static'
 213   })
 214     // jQuery('#working').dialog("open");
 215 }
 216
 217 function enable_ui() {
 218   jQuery('#myModal').modal('hide');
 219     // jQuery('#working').dialog("close");
 220     clear_status();
 221 }
 222
 223 function clear_input_sequence() {
 224    jQuery('#sequence').val('');
 225 }
 226
 227 function blast_program_ok(program, query_type, database_type) {
 228   var ok = new Array();
 229   // query database program
 230
 231   ok = { 'protein': { nucleotide : { tblastn: 1 }, protein : { blastp: 1 } },
 232           'nucleotide' : { nucleotide : { blastn: 1, tblastx: 1}, protein: { blastx: 1 } },
 233           'autodetect' : { nucleotide : { blastn: 1, tblastx: 1, tblastn: 1}, protein: { blastx: 1, blastp: 1 } } };
 234
 235   return ok[query_type][database_type][program];
 236 }
 237
 238 function download() {
 239   var jobid = jQuery('#jobid').html();
 240   window.location.href= '/documents/tempfiles/blast/'+jobid+'.out';
 241 }
 242
 243 function download_table() {
 244   var jobid = jQuery('#jobid').html();
 245   window.location.href= '/documents/tempfiles/blast/'+jobid+'.out_tabular.txt';
 246 }
 247
 248 function update_status(message) {
 249   jQuery('#bs_working_msg').html(message);
 250 }
 251
 252 function clear_status() {
 253   jQuery('#bs_working_msg').html('');
 254 }