js/anova.js

   1 /**
   2 * ANOVA analysis
   3 * Isaak Y Tecle <iyt2@cornell.edu>
   4 *
   5 */
   6
   7
   8 jQuery(document).ready( function() {
   9
  10     var url = document.URL;
  11
  12     if (url.match(/\/breeders_toolbox\/trial|breeders\/trial|\/solgs\/population\//)) {
  13             allowAnova();
  14         }
  15
  16 });
  17
  18
  19 function allowAnova () {
  20
  21     checkDesign();
  22
  23 }
  24
  25
  26 function checkDesign () {
  27
  28     var trialId = getTrialId();
  29
  30     jQuery.ajax({
  31         type: 'POST',
  32         dataType: 'json',
  33         data: {'trial_id': trialId},
  34         url: '/anova/check/design/',
  35         success: function(response) {
  36
  37             if (response.Error) {
  38                 showMessage(response.Error);
  39                 jQuery("#run_anova").hide();
  40             } else {
  41
  42                 listAnovaTraits();
  43             }
  44         },
  45         error: function(response) {
  46             showMessage("Error occured running the ANOVA.");
  47             jQuery("#run_anova").show();
  48         }
  49     });
  50
  51 }
  52
  53
  54 jQuery(document).ready(function () {
  55     jQuery(document).on("click", "#run_anova", function() {
  56
  57         var traitId    =  jQuery("#anova_selected_trait_id").val();
  58
  59         if (traitId) {
  60
  61             queryPhenoData(traitId);
  62
  63             jQuery("#run_anova").hide();
  64
  65             showMessage("Running anova analysis...");
  66         } else {
  67             var msg = 'You need to select a trait first.'
  68             anovaAlert(msg);
  69         }
  70
  71     });
  72
  73 });
  74
  75
  76 function anovaAlert(msg) {
  77
  78         jQuery('<div />')
  79         .html(msg)
  80             .dialog({
  81                 modal  : true,
  82                 title  : 'Alert',
  83                 buttons: {
  84                     OK: {
  85                         click: function () {
  86                             jQuery(this).dialog('close');
  87                         },
  88                         class: 'btn btn-success',
  89                         text : 'OK',
  90                     },
  91                 }
  92             });
  93
  94
  95 }
  96
  97 function queryPhenoData(traitId) {
  98
  99     var trialId = getTrialId();
 100
 101     jQuery.ajax({
 102         type: 'POST',
 103         dataType: 'json',
 104         data: {'trial_id': trialId, 'traits_ids': [traitId]},
 105         url: '/anova/phenotype/data/',
 106         success: function(response) {
 107
 108             if (response.Error) {
 109                 showMessage(response.Error);
 110                 jQuery("#run_anova").show();
 111             } else {
 112                 var traitsAbbrs = response.traits_abbrs;
 113                 runAnovaAnalysis(traitsAbbrs);
 114             }
 115         },
 116         error: function(response) {
 117             showMessage("Error occured running the ANOVA.");
 118             jQuery("#run_anova").show();
 119         }
 120     });
 121 }
 122
 123
 124 function showMessage (msg) {
 125      jQuery("#anova_message")
 126         .css({"padding-left": '0px'})
 127         .html(msg);
 128
 129 }
 130
 131
 132 function runAnovaAnalysis(traits) {
 133
 134     var trialId = getTrialId();
 135
 136     var captions       = jQuery('#anova_table table').find('caption').text();
 137     var analyzedTraits = captions.replace(/ANOVA result:/g, ' ');
 138
 139     for (var i = 0; i < traits.length; i++) {
 140         var traitAbbr = traits[i].trait_abbr;
 141
 142         if (analyzedTraits.match(traitAbbr) == null) {
 143             var anovaTraits = JSON.stringify(traits);
 144
 145             jQuery.ajax({
 146                 type: 'POST',
 147                 dataType: 'json',
 148                 data: {'trial_id': trialId, 'traits': [anovaTraits]},
 149                 url: '/anova/analysis/',
 150                 success: function(response) {
 151
 152                     if(response.Error) {
 153                         jQuery("#anova_message").empty();
 154                         showMessage(response.Error);
 155                         jQuery("#run_anova").show();
 156                     } else {
 157
 158                         var anovaTable = response.anova_html_table;
 159
 160                         jQuery("#anova_table").append('<div style="margin-top: 20px">' + anovaTable + '</div>').show();
 161
 162                         var anovaFile = response.anova_table_file;
 163                         var modelFile = response.anova_model_file;
 164                         var meansFile = response.adj_means_file;
 165                         var diagnosticsFile = response.anova_diagnostics_file;
 166
 167                         var fileNameAnova = anovaFile.split('/').pop();
 168                         var fileNameModel = modelFile.split('/').pop();
 169                         var fileNameMeans = meansFile.split('/').pop();
 170                         var fileNameDiagnostics = diagnosticsFile.split('/').pop()
 171
 172                         anovaFile = "<a href=\"" + anovaFile +  "\" download=" + fileNameAnova + ">[Anova table]</a>";
 173                         modelFile = "<a href=\"" + modelFile +  "\" download=" + fileNameModel + ">[Model Summary]</a>";
 174                         meansFile = "<a href=\"" + meansFile +  "\" download=" + fileNameMeans + ">[Adjusted Means]</a>";
 175
 176                         diagnosticsFile = "<a href=\"" + diagnosticsFile
 177                             +  "\" download=" + fileNameDiagnostics + ">[Model Diagnostics]</a>";
 178
 179                         jQuery("#anova_table")
 180                             .append('<br /> <strong>Download:</strong> '
 181                                     + anovaFile + ' | '
 182                                     + modelFile + ' | '
 183                                     + meansFile + ' | '
 184                                     + diagnosticsFile)
 185                             .show();
 186
 187                         jQuery("#anova_message").empty();
 188
 189                         jQuery("#run_anova").show();
 190                     }
 191                     //} else {
 192                 //      showMessage("There is no anova output for this dataset.");
 193                     jQuery("#run_anova").show();
 194                  //   }
 195                     clearTraitSelection();
 196
 197                 },
 198                 error: function(response) {
 199                     showMessage("Error occured running the anova analysis.");
 200                     jQuery("#run_anova").show();
 201                     clearTraitSelection();
 202                 }
 203             });
 204         } else {
 205             jQuery("#anova_message").empty();
 206             jQuery("#run_anova").show();
 207             clearTraitSelection();
 208         }
 209     }
 210
 211 }
 212
 213
 214 function listAnovaTraits ()  {
 215
 216     var trialId = getTrialId();
 217
 218      jQuery.ajax({
 219         type: 'POST',
 220         dataType: 'json',
 221         data: {'trial_id': trialId},
 222         url: '/anova/traits/list/',
 223          success: function(response) {
 224              var traits = response.anova_traits;
 225
 226              if (traits.length) {
 227                  formatAnovaTraits(traits);
 228                  jQuery("#run_anova").show();
 229              } else {
 230                  showMessage('This trial has no phenotyped traits.');
 231                  jQuery("#run_anova").hide();
 232              }
 233         },
 234         error: function(response) {
 235             showMessage("Error occured listing anova traits.");
 236             jQuery("#run_anova").hide();
 237         }
 238     });
 239
 240
 241 }
 242
 243 function formatAnovaTraits(traits) {
 244
 245     var traitsList = '';
 246
 247     for (var i = 0; i < traits.length; i++) {
 248         var traitName = traits[i].trait_name;
 249
 250         var idName = JSON.stringify(traits[i]);
 251         traitsList +='<li>'
 252         + '<a href="#">' + traitName + '<span class=value>' + idName + '</span></a>'
 253         + '</li>';
 254     }
 255
 256     var  traitsList =  '<dl id="anova_selected_trait" class="anova_dropdown">'
 257         + '<dt> <a href="#"><span>Select a trait</span></a></dt>'
 258         + '<dd>'
 259         + '<ul>'
 260         + traitsList
 261         + '</ul></dd></dl>';
 262
 263     jQuery("#anova_select_a_trait_div").empty().append(traitsList).show();
 264
 265     jQuery(".anova_dropdown dt a").click(function() {
 266         jQuery(".anova_dropdown dd ul").toggle();
 267     });
 268
 269     jQuery(".anova_dropdown dd ul li a").click(function() {
 270
 271         var text = jQuery(this).html();
 272
 273         jQuery(".anova_dropdown dt a span").html(text);
 274         jQuery(".anova_dropdown dd ul").hide();
 275
 276         var traitIdName = jQuery("#anova_selected_trait").find("dt a span.value").html();
 277         traitIdName     = JSON.parse(traitIdName);
 278
 279         var traitId   = traitIdName.trait_id;
 280         var traitName = traitIdName.trait_name;
 281
 282         console.log('id ' + traitId + ' name ' + traitName)
 283
 284         jQuery("#anova_selected_trait_name").val(traitName);
 285         jQuery("#anova_selected_trait_id").val(traitId);
 286
 287     });
 288
 289     jQuery(".anova_dropdown").bind('click', function(e) {
 290         var clicked = jQuery(e.target);
 291
 292         if (!clicked.parents().hasClass("anova_dropdown"))
 293             jQuery(".anova_dropdown dd ul").hide();
 294
 295         e.preventDefault();
 296
 297
 298     });
 299
 300 }
 301
 302
 303 function clearTraitSelection () {
 304
 305     jQuery("#anova_selected_trait_name").val('');
 306     jQuery("#anova_selected_trait_id").val('');
 307
 308 }
 309
 310
 311 function getTrialId () {
 312
 313     var trialId    =  jQuery("#trial_id").val();
 314
 315     if (!trialId) {
 316
 317         trialId = jQuery("#population_id").val();
 318     }
 319
 320     return trialId;
 321
 322 }