js/solGS/listTypeTrainingPopulation.js

   1
   2 /**
   3
   4 reference population upload from lists.
   5
   6 Isaak Y Tecle
   7 iyt2@cornell.edu
   8 */
   9
  10 JSAN.use("CXGN.List");
  11 JSAN.use("jquery.blockUI");
  12
  13
  14 jQuery(document).ready( function() {
  15
  16     var list = new CXGN.List();
  17
  18     var listMenu = list.listSelect("list_type_training_pops", ['plots', 'trials']);
  19
  20     if (listMenu.match(/option/) != null) {
  21         jQuery("#list_type_training_pops_list").append(listMenu);
  22     } else {
  23         jQuery("#list_type_training_pops_list").append("<select><option>no lists found</option></select>");
  24     }
  25
  26 });
  27
  28
  29 jQuery(document).ready( function() {
  30
  31     jQuery("<option>", {value: 'select...', selected: true})
  32         .prependTo("#list_type_training_pops_list_select");
  33
  34     jQuery("#list_type_training_pops_list_select")
  35         .change(function() {
  36
  37             var listId = jQuery(this).find("option:selected").val();
  38             if (listId) {
  39                 var listDetail = getListTypeTrainingPopDetail(listId);
  40                 jQuery("#list_type_training_pop_load").click(function() {
  41
  42                     if (listDetail.type.match(/plots/)) {
  43                         askJobQueueing(listId);
  44                     } else {
  45                         var trialsList = listDetail.list;
  46                         var trialsNames = listDetail.elementsNames;
  47
  48                         loadTrialListTypeTrainingPop(trialsNames);
  49                     }
  50                 });
  51             }
  52         });
  53 });
  54
  55
  56 function getListElementsNames (list) {
  57
  58     var names = [];
  59     for (var i = 0; i < list.length; i++) {
  60         names.push(list[i][1]);
  61     }
  62
  63     return names;
  64
  65 }
  66
  67
  68 function getListTypeTrainingPopDetail(listId) {
  69
  70     var list = new CXGN.List();
  71
  72     var listData;
  73     var listType;
  74     var listName;
  75     var listElements;
  76     var listElementsNames;
  77
  78     if (listId) {
  79         listData      = list.getListData(listId);
  80         listType      = list.getListType(listId);
  81         listName      = list.listNameById(listId);
  82         listElements  = listData.elements;
  83
  84         listElementsNames = getListElementsNames(listElements);
  85     }
  86
  87     return {'name'          : listName,
  88             'list'          : listElements,
  89             'type'          : listType,
  90             'elementsNames' : listElementsNames,
  91            };
  92 }
  93
  94
  95 function loadTrialListTypeTrainingPop (trialsNames) {
  96
  97     jQuery.ajax({
  98         type: 'POST',
  99         url: '/solgs/get/trial/id/',
 100         dataType: 'json',
 101         data: { 'trials_names': trialsNames},
 102         success: function (res) {
 103             getCombinedPopsId(res.trials_ids);
 104         },
 105         error: function(response) {
 106             alert('Error occured querying for trials ids');
 107         }
 108     });
 109
 110 }
 111
 112 function askJobQueueing (listId) {
 113
 114     var args = createReqArgs(listId);
 115     var modelId = args.population_id;
 116
 117     var page = '/solgs/population/' + modelId;
 118
 119     solGS.waitPage(page, args);
 120
 121 }
 122
 123
 124 function createReqArgs (listId) {
 125
 126     var genoList  = getListTypeTrainingPopDetail(listId);
 127     var listName  = genoList.name;
 128     var list      = genoList.list;
 129     var popId     = getModelId(listId);
 130
 131     var popType = 'uploaded_reference';
 132
 133     var args = {
 134         'list_name'      : listName,
 135         'list'           : list,
 136         'list_id'        : listId,
 137         'analysis_type'  : 'population download',
 138         'data_set_type'  : 'single population',
 139         'population_id'  : popId,
 140         'population_type': popType,
 141     };
 142
 143     return args;
 144
 145 }
 146
 147
 148 function loadPlotListTypeTrainingPop(listId) {
 149
 150     var args  = createReqArgs(listId);
 151     var len   = args.list.length;
 152     var popId = args.population_id;
 153
 154     if (window.Prototype) {
 155         delete Array.prototype.toJSON;
 156     }
 157
 158     args = JSON.stringify(args);
 159
 160     if (len === 0) {
 161         alert('The list is empty. Please select a list with content.' );
 162     }
 163     else {
 164         jQuery.blockUI.defaults.applyPlatformOpacityRules = false;
 165         jQuery.blockUI({message: 'Please wait..'});
 166
 167         jQuery.ajax({
 168             type: 'POST',
 169             dataType: 'json',
 170             data: {'arguments': args},
 171             url: '/solgs/load/plots/list/training',
 172             success: function(response) {
 173
 174                 if (response.status == 'success') {
 175
 176                     window.location = '/solgs/population/' + popId;
 177                     jQuery.unblockUI();
 178
 179                 } else {
 180                     alert("fail: Error occured while querying for the training data.");
 181                     jQuery.unblockUI();
 182                 }
 183             },
 184             error: function(res) {
 185                 alert("Error occured while querying for the training data.");
 186                 jQuery.unblockUI();
 187             }
 188         });
 189     }
 190 }
 191
 192
 193 jQuery.fn.doesExist = function(){
 194         return jQuery(this).length > 0;
 195  };
 196
 197
 198
 199 function getUserUploadedRefPop (listId) {
 200
 201     var genoList       = getListTypeTrainingPopDetail(listId);
 202     var listName       = genoList.name;
 203     var list           = genoList.list;
 204     var modelId        = getModelId(listId);
 205
 206     var url         =   '\'/solgs/population/'+ modelId + '\'';
 207     var listIdArg   = '\'' + listId +'\'';
 208     var listSource  = '\'from_db\'';
 209     var popIdName   = {id : modelId, name: listName,};
 210     popIdName       = JSON.stringify(popIdName);
 211     var hiddenInput =  '<input type="hidden" value=\'' + popIdName + '\'/>';
 212
 213     var uploadedSelPop ='<table id="uploaded_reference_pops_table" style="width:100%; text-align:left"><tr>'
 214                                 + '<th>List-based training population</th>'
 215                                 + '<th>Models</th>'
 216                                 +'</tr>'
 217                                 + '<tr>'
 218                                 + '<td>'
 219                                 + '<a href="/solgs/population/' + modelId + '\" onclick="javascript:loadPopulationPage(' + url + ','
 220                                 + listIdArg + ',' + listSource + ')">' + '<data>'+ hiddenInput + '</data>'
 221                                 + listName + '</a>'
 222                                 + '</td>'
 223                                 + '<td id="list_reference_page_' + modelId +  '">'
 224                                 + '<a href="/solgs/population/' + modelId + '\" onclick="javascript:loadPopulationPage(' + url + ','
 225                                 + listIdArg + ',' + listSource + ')">'
 226                                 + '[ Build model ]'+ '</a>'
 227                                 + '</td></tr></table>';
 228
 229     return uploadedSelPop;
 230 }
 231
 232
 233 function loadPopulationPage (url, listId, listSource) {
 234
 235     var genoList       = getListTypeTrainingPopDetail(listId);
 236     var listName       = genoList.name;
 237     var modelId        = getModelId(listId);
 238
 239     jQuery.blockUI.defaults.applyPlatformOpacityRules = false;
 240     jQuery.blockUI({message: 'Please wait..'});
 241
 242     jQuery.ajax({
 243             type: 'POST',
 244                 url: url,
 245                 dataType: 'json',
 246                 data: {
 247                        'uploaded_reference': 1,
 248                        'model_id': modelId,
 249                        'list_source': listSource,
 250                        'list_name'  : listName,
 251                       },
 252                 success: function (response) {
 253
 254                 if (response.status == 'success') {
 255                     jQuery.unblockUI();
 256                 }
 257                 else {
 258                     alert('Fail: Error occured calculating GEBVs for the list of selection genotypes.');
 259                     jQuery.unblockUI();
 260                 }
 261             },
 262                 error: function(response) {
 263                 alert('error: ' + res.responseText);
 264
 265             }
 266         });
 267
 268 }
 269
 270
 271 function getModelId (listId) {
 272
 273     var modelId = 'uploaded_' + listId;
 274     return modelId;
 275
 276 }
 277