js/solGS/selectionIndex.js

   1 /**
   2 * selection index form, calculation and presentation
   3 * @author Isaak Y Tecle <iyt2@cornell.edu>
   4 *
   5 */
   6
   7 JSAN.use('jquery.blockUI');
   8
   9
  10 jQuery(document).ready( function () {
  11
  12     setTimeout(function(){listSelectionIndexPopulations()}, 5000);
  13
  14 });
  15
  16
  17 jQuery("#rank_genotypes").live("click", function() {
  18     var modelId        = jQuery("#model_id").val();
  19     var selectionPopId = jQuery("#selected_population_id").val();
  20     var popType        = jQuery("#selected_population_type").val();
  21
  22     selectionIndex(modelId, selectionPopId);
  23 });
  24
  25
  26 function listSelectionIndexPopulations ()  {
  27
  28     var modelData = getTrainingPopulationData();
  29     var trainingPopIdName = JSON.stringify(modelData);
  30
  31     var  popsList =  '<dl id="selected_population" class="si_dropdown">'
  32         + '<dt> <a href="#"><span>Choose a population</span></a></dt>'
  33         + '<dd>'
  34         + '<ul>'
  35         + '<li>'
  36         + '<a href="#">' + modelData.name + '<span class=value>' + trainingPopIdName + '</span></a>'
  37         + '</li>';
  38
  39     popsList += '</ul></dd></dl>';
  40
  41     jQuery("#select_a_population_div").empty().append(popsList).show();
  42
  43     var dbSelPopsList;
  44     if( modelData.id.match(/uploaded/) == null) {
  45         dbSelPopsList = addSelectionPopulations();
  46     }
  47
  48     if (dbSelPopsList) {
  49             jQuery("#select_a_population_div ul").append(dbSelPopsList);
  50     }
  51
  52     var userUploadedSelExists = jQuery("#uploaded_selection_pops_table").doesExist();
  53     if( userUploadedSelExists == true) {
  54         var userSelPops = listUploadedSelPopulations();
  55         if (userSelPops) {
  56
  57             jQuery("#select_a_population_div ul").append(userSelPops);
  58         }
  59     }
  60
  61     getSelectionPopTraits(modelData.id, modelData.id);
  62
  63
  64    jQuery(".si_dropdown dt a").click(function() {
  65             jQuery(".si_dropdown dd ul").toggle();
  66         });
  67
  68     jQuery(".si_dropdown dd ul li a").click(function() {
  69
  70         var text = jQuery(this).html();
  71
  72         jQuery(".si_dropdown dt a span").html(text);
  73         jQuery(".si_dropdown dd ul").hide();
  74
  75         var idPopName = jQuery("#selected_population").find("dt a span.value").html();
  76         idPopName     = JSON.parse(idPopName);
  77         modelId = jQuery("#model_id").val();
  78
  79         selectedPopId   = idPopName.id;
  80         selectedPopName = idPopName.name;
  81         selectedPopType = idPopName.pop_type;
  82
  83         jQuery("#selected_population_name").val(selectedPopName);
  84         jQuery("#selected_population_id").val(selectedPopId);
  85         jQuery("#selected_population_type").val(selectedPopType);
  86
  87         getSelectionPopTraits(modelId, selectedPopId);
  88
  89     });
  90
  91     jQuery(".si_dropdown").bind('click', function(e) {
  92         var clicked = jQuery(e.target);
  93
  94         if (! clicked.parents().hasClass("si_dropdown"))
  95             jQuery(".si_dropdown dd ul").hide();
  96
  97         e.preventDefault();
  98     });
  99 }
 100
 101
 102 function addSelectionPopulations(){
 103
 104     var selPopsTable = jQuery("#selection_pops_list").html();
 105     var selPopsRows  = jQuery(selPopsTable).find("tr");
 106
 107     var predictedPop = [];
 108     var popsList = '';
 109
 110     for (var i = 1; i < selPopsRows.length; i++) {
 111         var row    = selPopsRows[i];
 112         var popRow = row.innerHTML;
 113
 114         predictedPop = popRow.match(/\/solgs\/selection\//g);
 115
 116         if (predictedPop) {
 117             if (predictedPop.length > 1) {
 118                 var selPopsInput  = row.getElementsByTagName("input")[0];
 119                 var idPopName     = selPopsInput.value;
 120                 var idPopNameCopy = idPopName;
 121                 idPopNameCopy     = JSON.parse(idPopNameCopy);
 122                 var popName       = idPopNameCopy.name;
 123
 124                 popsList += '<li>'
 125                     + '<a href="#">' + popName + '<span class=value>' + idPopName + '</span></a>'
 126                     + '</li>';
 127             }
 128         }
 129     }
 130
 131     return popsList;
 132 }
 133
 134
 135 function getSelectionPopTraits (modelId, selectedPopId) {
 136
 137     if (modelId === selectedPopId) {selectedPopId=undefined;}
 138
 139     jQuery.ajax({
 140         type: 'POST',
 141         dataType: "json",
 142         url: '/solgs/selection/index/form',
 143         data: {'pred_pop_id': selectedPopId, 'training_pop_id': modelId},
 144         success: function(res) {
 145
 146             if (res.status == 'success') {
 147                 var table;
 148                 var traits = res.traits;
 149
 150                 if (traits.length > 1) {
 151                     table  = selectionIndexForm(traits);
 152                 } else {
 153                     var msg = 'There is only one trait with valid GEBV predictions.';
 154                     jQuery("#select_a_population_div").empty();
 155                     jQuery("#select_a_population_div_text").empty().append(msg);
 156                 }
 157
 158                 jQuery('#selection_index_form').empty().append(table);
 159
 160             }
 161         }
 162     });
 163 }
 164
 165
 166 function  selectionIndexForm(predictedTraits) {
 167     var cnt = 1;
 168     var row = '';
 169     var totalCount = 1;
 170
 171     for (var i=0; i < predictedTraits.length; i++) {
 172         var tdCell  = '<td>' + predictedTraits[i]  + ':</td>';
 173         var rowTag  = '';
 174
 175         if ( cnt === 3 ) {
 176             rowTag = '</tr><tr>';
 177         }
 178
 179         row += tdCell
 180             + '<td><input type="text" name=' +  predictedTraits[i]
 181             + ' size = 5px '
 182             + '></td>'
 183             + rowTag;
 184
 185         if (cnt === 3 ) { cnt=0;}
 186         cnt++;
 187         totalCount++;
 188     }
 189
 190     var rankButton =  '<tr><td>'
 191         +  '<input style="position:relative;" " class="button" type="submit" value="Calculate" name= "rank" id="rank_genotypes"'
 192         +  '</td></tr>';
 193
 194     var table = '<br /> <table id="selection_index_table" style="align:left;width:90%"><tr>'
 195         +  row + '</tr>'
 196         + rankButton
 197         + '</table>';
 198
 199     return table;
 200 }
 201
 202
 203 function applySelectionIndex(params, legend, trainingPopId, predictionPopId) {
 204
 205     if (params) {
 206         jQuery.blockUI.defaults.applyPlatformOpacityRules = false;
 207         jQuery.blockUI({message: 'Please wait..'});
 208
 209         var action;
 210
 211         if (!predictionPopId) {
 212             predictionPopId = 'undef';
 213         }
 214
 215         var action = '/solgs/calculate/selection/index/' + trainingPopId +  '/' + predictionPopId;
 216
 217         jQuery.ajax({
 218             type: 'POST',
 219             dataType: "json",
 220             url: action,
 221             data: params,
 222             success: function(res){
 223                 var suc = res.status;
 224                 var table;
 225                 if (suc == 'success' ) {
 226
 227                     var genos = new Object();
 228
 229                     genos = res.genotypes;
 230                     var download_link = res.link;
 231                     var indexFile     = res.index_file;
 232
 233                     table = '<table  style="text-align:left; border:0px; padding: 1px; width:75%;">';
 234                     table += '<tr><th>Genotypes</th><th>Selection indices</th></tr>';
 235
 236                     var sorted = [];
 237                     for (var geno in genos) {
 238                         sorted.push([geno, genos[geno]]);
 239                         sorted = sorted.sort(function(a, b) {return b[1] - a[1]});
 240                     }
 241
 242                     for (var i=0; i<sorted.length; i++) {
 243                         table += '<tr>';
 244                         table += '<td>'
 245                             + sorted[i][0] + '</td>' + '<td>'
 246                             + sorted[i][1] + '</td>';
 247                         table += '</tr>';
 248                     }
 249
 250                     table += '</table>';
 251                     table += '<br>[ ' + download_link + ' ]';
 252                     table += '<br>' + legend + '<br/><br/>';
 253                 } else {
 254                     table = res.status + ' Ranking the genotypes failed..Please report the problem.';
 255                 }
 256
 257                 jQuery('#top_genotypes').append(table).show();
 258                 jQuery('#selected_pop').val('');
 259
 260                 var popId;
 261                 var type;
 262                 if (predictionPopId && predictionPopId !== trainingPopId) {
 263                     popId = predictionPopId;
 264                     type  = 'selection';
 265                 } else {
 266                     popId = trainingPopId;
 267                     type  = 'training';
 268                 }
 269
 270                 formatGenCorInputData(popId, type, indexFile);
 271
 272                 jQuery("#si_correlation_message")
 273                     .css({"padding-left": '0px'})
 274                     .html("Running correlation analysis...");
 275
 276             },
 277             error: function(res){
 278                 alert('error occured calculating selection index.');
 279                 jQuery.unblockUI();
 280             }
 281         });
 282     }
 283 }
 284
 285
 286 function validateRelativeWts(nm, val) {
 287
 288      if (isNaN(val) && nm != 'all') {
 289          alert('the relative weight of trait '+nm+
 290                ' must be a number.'
 291                );
 292          return;
 293      } else if (!val && nm != 'all') {
 294          alert('You need to assign a relative weight to trait '+nm+'.'
 295                +' If you want to exclude the trait assign 0 to it.'
 296                );
 297          return;
 298     // }// else if (val < 0 && nm != 'all') {
 299       //   alert('The relative weight to trait '+nm+
 300       //         ' must be a positive number.'
 301       //         );
 302      //    return;
 303      } else if (nm == 'all' && val == 0) {
 304          alert('At least two traits must be assigned relative weight.');
 305          return;
 306      } else {
 307          return true;
 308      }
 309  }
 310
 311
 312 function sumElements (elements) {
 313     var sum = 0;
 314     for (var i=0; i<elements.length; i++) {
 315         if (!isNaN(elements[i])) {
 316             sum = parseFloat(sum) +  parseFloat(elements[i]);
 317         }
 318     }
 319     return sum;
 320 }
 321
 322
 323 function selectionIndex ( trainingPopId, predictionPopId ) {
 324
 325     if (!predictionPopId) {
 326         predictionPopId = jQuery("#default_selected_population_id").val();
 327     }
 328
 329     var legendValues = legendParams();
 330
 331     var legend   = legendValues.legend;
 332     var params   = legendValues.params;
 333     var validate = legendValues.validate;
 334
 335     if (params && validate) {
 336         applySelectionIndex(legendValues.params, legendValues.legend, trainingPopId, predictionPopId);
 337     }
 338 }
 339
 340
 341 function legendParams () {
 342
 343     var predPopName   = jQuery("#selected_population_name").val();
 344
 345     if (!predPopName) {
 346         predPopName = jQuery("#default_selected_population_name").val();
 347     }
 348
 349     var rel_form = document.getElementById('selection_index_form');
 350     var all = rel_form.getElementsByTagName('input');
 351     var params, validate;
 352     var allValues = [];
 353
 354     var legend =  "<div id=\"si_legend_"
 355                     + predPopName.replace(/\s/g, "")
 356                     + "\">";
 357
 358     legend += '<b>Relative weights</b>:';
 359
 360      for (var i = 0; i < all.length; i++) {
 361          var nm = all[i].name;
 362          var val = all[i].value;
 363
 364          if (val != 'Calculate')  {
 365              if (nm != 'prediction_pop_name') {
 366
 367                  allValues.push(val);
 368                  validate = validateRelativeWts(nm, val);
 369
 370                  if (validate) {
 371                      if (i == 0) {
 372                          params = nm+'='+val;
 373                      } else {
 374                          params = params +'&'+ nm + '=' + val;
 375                      }
 376                      legend += '<b> ' + nm + '</b>' + ': '+ val;
 377                  }
 378              }
 379          }
 380      }
 381
 382      var sum = sumElements(allValues);
 383      validate = validateRelativeWts('all', sum);
 384
 385      for (var i=0;  i<allValues.length; i++)  {
 386         // (isNaN(allValues[i]) || allValues[i] < 0)
 387          if (isNaN(allValues[i])) {
 388              params = undefined;
 389          }
 390      }
 391
 392      if (predPopName) {
 393          legend += '<br/><b>Name</b>: ' + predPopName + '<br/></div';
 394      }
 395
 396     return {'legend' : legend,
 397             'params': params,
 398             'validate' : validate
 399            };
 400 }
 401
 402
 403 function listUploadedSelPopulations ()  {
 404
 405     var selPopsDivUploaded   = document.getElementById("uploaded_selection_populations");
 406     var selPopsTableUploaded = selPopsDivUploaded.getElementsByTagName("table");
 407     var selPopsRowsUploaded  = selPopsTableUploaded[0].rows;
 408     var predictedPopUploaded = [];
 409
 410     var popsList ='';
 411     for (var i = 1; i < selPopsRowsUploaded.length; i++) {
 412         var row    = selPopsRowsUploaded[i];
 413         var popRow = row.innerHTML;
 414
 415         predictedPopUploaded = popRow.match(/\/solgs\/selection\//g);
 416
 417         if (predictedPopUploaded) {
 418             var selPopsInput  = row.getElementsByTagName("input")[0];
 419             var idPopName     = selPopsInput.value;
 420             var idPopNameCopy = idPopName;
 421             idPopNameCopy     = JSON.parse(idPopNameCopy);
 422             var popName       = idPopNameCopy.name;
 423
 424             popsList += '<li>'
 425                 + '<a href="#">' + popName + '<span class=value>' + idPopName + '</span></a>'
 426                 + '</li>';
 427         } else {
 428             popsList = undefined;
 429         }
 430     }
 431
 432    return popsList;
 433 }
 434
 435
 436 function getTrainingPopulationData () {
 437
 438     var modelId   = jQuery("#model_id").val();
 439     var modelName = jQuery("#model_name").val();
 440     var popType   = jQuery("#default_selected_population_type").val();
 441
 442     return {'id' : modelId, 'name' : modelName, 'pop_type': popType};
 443 }
 444